COVID-19 : Potentiel infectieux de l'excrétion intestinale du SRAS-CoV-2 chez les patients pédiatriques (INPOSIS) (INPOSIS)

Arrière-plan:

Overt COVID-19 serait beaucoup moins fréquent chez les enfants. Dans une étude chinoise, les enfants de moins de 10 ans ne représentaient que 0,9 % et les enfants de 10 à 19 ans seulement 1,2 % des cas confirmés par diagnostic1. Des données très similaires ont été publiées par le registre italien, indiquant respectivement 0,5 % et 0,7 %2. Dans la plus grande étude pédiatrique publiée à ce jour, incluant > 2000 enfants, 4 % avaient des évolutions asymptomatiques, 90 % avaient des évolutions cliniques légères ou modérées et des manifestations sévères ont été documentées dans 6 % des cas, impliquant principalement des nourrissons de moins de 1 an3. Certains rapports ont indiqué des évolutions asymptomatiques chez jusqu'à 16 à 30 % des enfants affectés au sein de groupes d'âge individuels3,4. Outre les symptômes courants tels que la fièvre et la toux sèche (40 à 100 % des cas), la diarrhée était une observation fréquente chez les enfants atteints de COVID-19 (10 à 30 % des cas), contrairement aux adultes atteints d'une maladie manifeste (4 % des cas) 5-11. L'excrétion du virus dans les selles a été fréquemment observée chez les enfants pendant plus d'un mois après la résolution de l'infection aiguë7,10. Cependant, le potentiel infectieux de l'excrétion de virus intestinaux, qui a été démontré pour les virus apparentés SARS-CoV et MERS-CoV (coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient), n'est actuellement pas clair pour le SARS-CoV-212,13. En raison de l'évolution bénigne ou même asymptomatique de la COVID-19, les enfants pourraient représenter une source importante de transmission de la maladie. Avec l'augmentation du nombre d'adultes vaccinés et l'apparition de nouvelles variantes du virus présentant des propriétés différentes, la situation chez les enfants pourrait certainement changer et nécessiter une réévaluation. L'étude proposée en collaboration avec différentes installations pédiatriques dans les hôpitaux autrichiens offre donc une excellente occasion d'aborder différents aspects de COVID-19 concernant la population pédiatrique.

Hypothèses:

• L'excrétion du SRAS-CoV-2 dans les selles est détectable chez une proportion d'enfants asymptomatiques
• Chez les patients atteints de COVID-19, la fréquence d'excrétion du virus intestinal est plus élevée et persiste pendant des périodes prolongées après l'infection
• Les virus excrétés avec les selles peuvent présenter un potentiel infectieux

Étudier le design:

Au cours de la période d'étude de 12 mois, il est prévu d'enquêter sur environ 500 patients pédiatriques admis à l'hôpital pour des raisons non liées au COVID-19, dans le but de dépister l'apparition de l'excrétion du SRAS-CoV-2 dans les selles chez les enfants qui ne sont pas suspectés d'être porteurs du virus. Le nombre indiqué de patients pédiatriques à recruter est basé sur le nombre maximal pouvant être atteint au cours de la période d'étude décrite. Actuellement, il n'est pas possible de prédire la proportion de patients présentant une excrétion intestinale du SRAS-CoV-2. De plus, les enquêteurs dépisteront environ 100 patients pédiatriques atteints de COVID-19 pour déterminer la fréquence et la durée de l'excrétion du virus intestinal. La majorité des patients ne feront l'objet d'une enquête qu'à leur admission à l'hôpital et des échantillons de suivi seront obtenus chez les patients qui ont été testés positifs lors de la première analyse pour documenter la durée de détectabilité du virus. De plus, le biomatériel stocké dans une bioréserve, y compris des échantillons de selles de patients pédiatriques hospitalisés pour diverses indications, sera analysé pour déterminer la détectabilité du SRAS-CoV-2 par dépistage moléculaire, et les cas positifs seront soumis à une analyse plus approfondie, comme spécifié ci-dessous.

Les tests moléculaires du SRAS-CoV-2 seront effectués par un test RTQ-PCR validé et certifié établi selon les directives du centre de référence allemand, l'Institut Robert Koch de Berlin. Le traitement des échantillons cliniques sera effectué conformément aux réglementations pertinentes en matière de biosécurité. Le test des propriétés infectieuses des agents pathogènes du SRAS-CoV-2 détectés dans des échantillons cliniques, notamment des selles (et potentiellement des écouvillons nasopharyngés) sera effectué dans une installation BSL3 (en collaboration avec le Prof. Dr. Willinger, Université médicale de Vienne) en utilisant lignées cellulaires permissives (VeroE6, CaCo2 ou HCT116) dans des conditions de culture appropriées. La lecture sera basée sur la documentation des effets cytopathiques cellulaires et de l'expression de l'ARNm sous-génomique à l'aide de tests RTQ-PCR établis.

Logistique de collecte et de traitement des échantillons :

Analyses prospectives - des échantillons de selles (et divers échantillons de contrôle provenant d'autres sites, y compris des écouvillons du pharynx, de la cavité buccale, du nez et des paumes) seront collectés et stockés à 4 °C jusqu'au transfert au laboratoire central, Labdia Labordiagnostik. Les échantillons seront transférés conformément à la réglementation sur la biosécurité (UN3373) par un service de livraison rapide (EMS ou similaire), afin d'assurer l'arrivée des échantillons dans les trois jours (généralement le même jour). Dès réception, les échantillons seront traités immédiatement (élution du virus dans une solution saline tamponnée au phosphate) et soumis à une analyse moléculaire. Dans les cas positifs, des extraits de selles seront utilisés le plus rapidement possible pour inoculer des cellules permissives (par ex. VeroE6) dans des conditions de sécurité BSL3, et le potentiel infectieux des virus sera déterminé. La lecture sera basée sur l'évaluation des effets cytopathiques cellulaires et sur l'expression de l'ARNm sous-génomique. Les échantillons primaires et l'ARN isolé seront stockés à Labdia dans un congélateur dédié à -80 °C jusqu'à la fin de l'étude, et seront jetés après.

Analyses rétrospectives - biomatériau collecté et stocké dans un biodépôt de Labdia Labordiagnostik

Considérations éthiques et statistiques :

L'approbation éthique pour l'étude et le consentement éclairé pour la participation à l'étude des patients et/ou de leurs représentants légaux ainsi que des membres du personnel ont été obtenus.

Les données personnelles seront disponibles exclusivement dans le laboratoire clinique certifié, Labdia Labordiagnostik, effectuant les tests de diagnostic. Le traitement des données pour la présente étude se fera de manière pseudonymisée en attribuant des numéros de série.

Conformément aux principaux objectifs de l'étude, le test exact de Fisher sera utilisé pour comparer l'incidence de la détectabilité du SRAS-CoV-2 dans les échantillons de pharynx et de selles, et pour évaluer la présence de virus infectieux dans les échantillons de selles.

Résultat attendu et plans futurs :

En raison de la rareté relative des données sur le COVID-19 dans des contextes pédiatriques spécifiques, l'étude proposée fournira des informations importantes sur les sujets cliniquement et épidémiologiquement pertinents décrits ci-dessus. Les données obtenues serviront de base aux études à grande échelle qui s'ensuivront sur le potentiel infectieux de l'excrétion intestinale du virus et sur les mesures requises pour diverses installations pour enfants.

Les tests des propriétés infectieuses des agents pathogènes du SRAS-CoV-2 détectés dans des échantillons cliniques, notamment des selles (et potentiellement des écouvillons nasopharyngés), seront effectués en utilisant des lignées cellulaires permissives (VeroE6, CaCo2 ou HCT116) dans des conditions de culture appropriées. La lecture sera basée sur la documentation des effets cytopathiques cellulaires et de l'expression de l'ARNm sous-génomique à l'aide de tests RTQ-PCR établis

En général, le prélèvement d'échantillons sera effectué à un moment unique chez chaque patient, lors de son admission à l'hôpital. Dans la partie prospective de l'étude, des échantillons de suivi seront prélevés sur des patients atteints de COVID-19 présentant une élimination du virus dans les selles. Pour l'évaluation des effets cytopathiques et de l'expression de l'ARNm sous-génomique, des échantillons frais seront utilisés, dans la mesure du possible. Dans tous les autres cas, les échantillons seront congelés à -80 °C et analysés ultérieurement selon un protocole établi.

Signification clinique:

En raison de la survenue apparemment courante d'une excrétion intestinale prolongée du SRAS-CoV-2 chez les enfants, qui peuvent ne présenter aucun symptôme de la maladie, il est d'une importance primordiale de comprendre si cette voie putative de transmission du virus a une pertinence clinique et épidémiologique, comme base pour développer des mesures de protection appropriées. L'élucidation des modes de transmission est essentielle pour les approches actuelles et futures de confinement de la propagation du SRAS-CoV-2.