Impact du développement précoce du virome sur la dysplasie bronchopulmonaire chez les nouveau-nés prématurés (ELVIRE)
Impact du développement du virome précoce sur la dysplasie bronchopulmonaire chez les nouveau-nés prématurés
La dysplasie bronchopulmonaire (DBP) est la complication respiratoire la plus fréquente chez les nourrissons extrêmement prématurés. Elle entraîne une mortalité significative et une morbidité à long terme. La physiopathologie de la DBP est multifactorielle, impliquant une inflammation et un stress oxydatif dus à des expositions néonatales telles que la ventilation mécanique et les infections.
Des études antérieures ont mis en évidence le rôle du microbiote bactérien respiratoire dans le développement de la DBP, des effets causaux ayant été démontrés dans des modèles murins. De plus, l'axe intestin-poumon est impliqué dans la DBP, avec des altérations du bactériome et du mycobiome intestinal observées chez les nourrissons prématurés au cours des premières semaines de vie qui développent ultérieurement une DBP.
Malgré son rôle crucial dans la formation de l'immunité et de l'écologie microbienne, le virome a été largement sous-étudié chez les nourrissons prématurés. Nos observations récentes ont révélé l'existence d'un virome respiratoire détectable à la naissance chez la plupart des nourrissons très prématurés, et certains profils de virome et de bactériome se sont avérés associés à différents risques de développer une DBP.
Hypothèse :
L'acquisition précoce et la dynamique du virome respiratoire et intestinal au cours des premières semaines de vie influencent la structure du microbiome et le développement immunitaire pulmonaire, contribuant à la pathogenèse de la DBP. Ces dynamiques peuvent définir des endotypes distincts de DBP avec des implications pour le pronostic et la thérapie.
Objectifs :
- Primaire : Caractériser l'évolution du virome respiratoire et intestinal au cours des 3 premières semaines de vie chez les nourrissons nés à <30 semaines de gestation, en comparant ceux qui développent une DBP à ceux qui n'en développent pas.
Secondaire :
- Définir différents endotypes de DBP et évaluer leur association avec les caractéristiques démographiques et cliniques.
- Caractériser la structure du microbiome au sein de chaque endotype.
- Comparer l'évolution du virome, du bactériome et du mycobiome au sein et entre les sites anatomiques.
Conception de l'étude :
Une cohorte observationnelle prospective monocentrique de 40 nourrissons prématurés (<30 semaines d'âge gestationnel) nécessitant un support respiratoire à la naissance. Les nourrissons sont classés à 36 semaines d'âge post-menstruel (APM) en groupes DBP et non-DBP en fonction de la dépendance à l'oxygène.
Collecte d'échantillons :
- Aspirats oropharyngés : Collectés aux jours 0, 7, 14 et 21.
- Échantillons de selles : Collectés aux jours 7, 14 et 21.
Méthodes :
- Analyse du virome : Métagénomique virale
- Métatranscriptomique : Évaluer les bactéries/champignons transcriptionnellement actifs et l'expression des gènes de l'hôte.
- Intégration des données : Analyse factorielle multi-omique et clustering non supervisé pour identifier les endotypes de DBP ; analyse de réseau écologique pour évaluer la structure et les interactions du microbiome.
Résultats :
- Primaire : Évaluation qualitative et quantitative de la composition et de la diversité du virome, y compris la dynamique et la persistance à travers les points temporels.
- Secondaire : Définition d'endotypes basés sur le microbiome ; réseaux d'interaction entre virus, bactéries et champignons ; et comparaisons longitudinales de la diversité et de la composition microbiennes entre les sites anatomiques.
Aperçu de l'étude
Statut
Les conditions
Intervention / Traitement
Description détaillée
La dysplasie bronchopulmonaire (DBP) est la complication respiratoire la plus fréquente chez les grands prématurés. Elle entraîne une mortalité significative et une morbidité à long terme. La physiopathologie de la DBP est multifactorielle, impliquant une inflammation et un stress oxydatif dus à des expositions néonatales telles que la ventilation mécanique et les infections.
Des études antérieures ont mis en évidence le rôle du microbiote bactérien respiratoire dans le développement de la DBP, des effets causaux ayant été démontrés dans des modèles murins. De plus, l'axe intestin-poumon est impliqué dans la DBP, avec des altérations du bactériome et du mycobiome intestinal observées chez les prématurés dans les premières semaines de vie qui développent ultérieurement une DBP.
Malgré son rôle crucial dans la formation de l'immunité et de l'écologie microbienne, le virotome a été largement sous-étudié chez les prématurés. Nos observations récentes ont révélé l'existence d'un virotome respiratoire détectable à la naissance chez la plupart des grands prématurés, et certains profils de virotome et de bactériome se sont avérés associés à différents risques de développer une DBP.
Hypothèse :
L'acquisition précoce et la dynamique du virotome respiratoire et intestinal dans les premières semaines de vie influencent la structure du microbiome et le développement immunitaire pulmonaire, contribuant à la pathogenèse de la DBP. Ces dynamiques peuvent définir des endotypes distincts de DBP avec des implications pour le pronostic et la thérapie.
Objectifs :
- Primaire : Caractériser l'évolution du virotome respiratoire et intestinal au cours des 3 premières semaines de vie chez les nourrissons nés à <30 semaines de gestation, en comparant ceux qui développent une DBP à ceux qui n'en développent pas.
Secondaire :
- Définir différents endotypes de DBP et évaluer leur association avec les caractéristiques démographiques et cliniques
- Caractériser la structure du microbiome au sein de chaque endotype.
- Comparer l'évolution du virotome, du bactériome et du mycobiome au sein et entre les sites anatomiques.
Conception de l'étude :
Cohorte observationnelle prospective monocentrique de 40 prématurés (<30 semaines d'âge gestationnel) nécessitant un support respiratoire à la naissance. Les nourrissons sont classés à 36 semaines d'âge post-menstruel (APM) en groupes DBP et non-DBP sur la base de la dépendance à l'oxygène.
Collecte d'échantillons :
- Aspirats oropharyngés : Collectés aux jours 0, 7, 14 et 21.
- Échantillons de selles : Collectés aux jours 7, 14 et 21.
Méthodes :
- Analyse du virotome : Métagénomique virale
- Métatranscriptomique : Évaluer les bactéries/champignons transcriptionnellement actifs et l'expression des gènes de l'hôte.
- Intégration des données : Analyse factorielle multi-omique et clustering non supervisé pour identifier les endotypes de DBP ; analyse de réseau écologique pour évaluer la structure et les interactions du microbiome.
Résultats :
- Primaire : Évaluation qualitative et quantitative de la composition et de la diversité du virotome, y compris la dynamique et la persistance au cours des différents temps.
- Secondaire : Définition d'endotypes basés sur le microbiome ; réseaux d'interaction entre virus, bactéries et champignons ; et comparaisons longitudinales de la diversité et de la composition microbiennes entre les sites anatomiques.
Type d'étude
Inscription (Estimé)
Contacts et emplacements
Coordonnées de l'étude
- Nom: JOSSET L Pr, MD
- Numéro de téléphone: 33 04 72 07 10 22
- E-mail: laurence.josset@chu-lyon.fr
Critères de participation
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
- Enfant
Accepte les volontaires sains
Méthode d'échantillonnage
Population étudiée
La description
Critères d'inclusion :
- Naissance < 30 SA
- Assistance respiratoire à la naissance (ventilation invasive ou non invasive, ou oxygénothérapie).
Critères d'exclusion :
- - Anomalies congénitales majeures des poumons ou des voies respiratoires.
- Décès, transfert ou sortie avant 36 semaines d'âge post-menstruel (PMA) (ne permettant pas de connaître l'évolution vers la DBP).
- Nombre d'échantillons respiratoires collectés < 3
Plan d'étude
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
Cohortes et interventions
Groupe / Cohorte |
Intervention / Traitement |
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Groupe TBP
Le groupe BPD est défini comme les nourrissons atteints de BPD modérée ou sévère, évalués à 36 semaines d'âge post-menstruel en fonction de la dépendance à l'oxygène.
La BPD est modérée lorsque le nourrisson nécessite une supplémentation en O2 avec une FiO2 < 30 % à 36 semaines d'APM et sévère lorsque le nourrisson nécessite une supplémentation en O2 avec une FiO2 ≥ 30 % et/ou une ventilation en pression positive.
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La métagénomique et la métatranscriptomique virales seront réalisées selon un protocole standardisé (publié https://doi.org/10.1186/s12879-018-3446-5 et https://doi.org/10.3389/fmicb.2025.1685035) sur des aspirations oropharyngées collectées aux jours 0, 7, 14 et 21 et sur des échantillons de selles collectés aux jours 7, 14 et 21.
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Groupe témoin
Le groupe témoin est défini comme les nourrissons qui n'ont pas développé de BPD (c'est-à-dire ceux qui n'étaient pas dépendants de l'oxygène à 36 semaines d'âge postmenstruel (APM)).
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La métagénomique et la métatranscriptomique virales seront réalisées selon un protocole standardisé (publié https://doi.org/10.1186/s12879-018-3446-5 et https://doi.org/10.3389/fmicb.2025.1685035) sur des aspirations oropharyngées collectées aux jours 0, 7, 14 et 21 et sur des échantillons de selles collectés aux jours 7, 14 et 21.
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Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Variations qualitatives et quantitatives de la composition et de la diversité des viromes oropharyngés et digestifs chez les patients DBP et les témoins.
Délai: jusqu’à la fin de l’étude, en moyenne 1 an
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La composition est définie comme l'abondance relative et absolue des espèces virales, incluant à la fois les virus procaryotes (par ex. les bactériophages) et eucaryotes (par ex. les Anelloviridae et Herpesviridae). L'analyse de la dynamique compositionnelle est définie par les variations de l'abondance de chaque espèce entre les échantillons, ainsi que par le temps de persistance de chaque espèce virale pour chaque patient. La diversité est définie par la richesse (le nombre d'espèces présentes) et l'indice de Shannon. L'analyse de la diversité est réalisée sur l'ensemble du virome et sur les virus eucaryotes, les bactériophages tempérés et les bactériophages virulents séparément. La présence de DBP est définie comme la dépendance à l'oxygène à 36 semaines d'âge post-menstruel. |
jusqu’à la fin de l’étude, en moyenne 1 an
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Collaborateurs et enquêteurs
Parrainer
Dates d'enregistrement des études
Dates principales de l'étude
Début de l'étude (Estimé)
Achèvement primaire (Estimé)
Achèvement de l'étude (Estimé)
Dates d'inscription aux études
Première soumission
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
Première publication (Réel)
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (Réel)
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
Dernière vérification
Plus d'information
Termes liés à cette étude
Termes MeSH pertinents supplémentaires
Autres numéros d'identification d'étude
- 25-5465
Plan pour les données individuelles des participants (IPD)
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