遺伝子変異と整形外科的症状 複数の遺伝性外骨腫の相関：多施設プロジェクト

被験者募集:

HME を呈する新しい患者は、ブリティッシュ コロンビア小児病院の整形外科部門のオフィスおよび診療所を通じて特定されます。 すべての潜在的な参加者は、研究の理論的根拠、目的、および手順について教育を受け、インフォームド コンセントが得られます。

人口統計:

すべての発端者（罹患患者）、彼らの一親等の家族、および研究への参加を希望する大家族がインタビューされます。 年齢、性別、民族、家族歴、症状、合併症、以前の手術などの情報が明らかになります。

表現型:

罹患した患者は、骨軟骨腫の位置、大きさ、形態、および症状がマッピングされます。 4 つの主要なデータ カテゴリに分類される合計 75 の表現型パラメーターが収集されます。 最初の 2 つのカテゴリは身体検査から蓄積され、身長と四肢の長さ (15 (左右 x2)) が含まれます。 他の 2 つのカテゴリ、病変の質 (19 パラメーター) と四肢の配置と変形 (26 パラメーター) は、患者の現在のケアの一部である X 線検査から導き出されます。 利用可能なすべての X 線写真が見直され、X 線写真で外骨腫が特徴付けられます。 これにより、患者の遺伝子型が確立されます。

遺伝子型:

遺伝子型が不明な各参加者には、10 cc が割り当てられます。 BC小児病院で採取された血液サンプル。 このサンプルは、BC 小児病院の臨床分子診断研究所で突然変異分析 (血液サンプルからの DNA 抽出、突然変異分析) のために処理されます。 パイロット研究で使用された技術は、コストを節約するためにマイクロサテライト マーカーが使用されないことを除いて実装されます。

EXT 1 および EXT 2 プライマー (付録 1) を使用して、DNA セグメントの両方の鎖を ABI Big Dye ケミストリー バージョン 2 を使用して配列決定します。得られた配列決定反応産物は、ABI 3100 Avant 遺伝子分析装置で実行されます。 シーケンスが取得されると、参照シーケンスとの比較を可能にする SeqScape バージョン 2 ソフトウェアで分析されます。

データ解析：

この調査研究から得られたすべての情報は、極秘に保管されます。 すべての文書は ID 番号で識別され、施錠されたファイリング キャビネットに保管されます。 参加者は、完了した研究のレポートで名前で識別されることはありません。 データベースは研究室に鍵のかかったプロジェクト専用のノートパソコンに保管されます。

収集された表現型データは、家族の学位 (キリル文字のソフトウェアを使用して設計)、影響を受けた個人の表現型、および対象の外骨腫遺伝子の変異 (変異の部位と種類) を記述するために使用されます。 被験者の身長と体節の長さはパーセンタイル値に変換され、年齢と性別で標準化され、グループ間の比較が可能になります。

血液サンプルの突然変異分析からの遺伝子型データには、突然変異の位置（遺伝子の初期と遺伝子の後期）、突然変異のタイプ（ミスセンス、フレームシフト、ナンセンスまたはスプライス部位としての遺伝子の変化）、およびアミノ酸の変化が含まれます。それは突然変異によって引き起こされました。 データは次のように分析されます。

予備分析

1. EXT 1 と EXT 2
2. 男性対女性

3. EXT 1 オス 対 EXT 1 メス 対 EXT 2 オス 対 EXT 2 メス

   二次分析

4. 変異のタイプ (ミスセンス、ナンセンス、スプライス部位、フレームシフト)
5. 初期変異または後期変異 (1700 塩基対未満 vs 1700 塩基対超)

2 因子分析では対応のない t 検定が計算され、2 因子分析よりも大きい場合は ANOVA が計算されます。 サンプルサイズの変動が大きいため、検出力は比較ごとに計算されます。 統計的有意性は、事前に 0.05 および累乗 0.8 に設定されます。