シーケンシングで謎を解く (SIRIUS)

1. 背景と理論的根拠 血液疾患の治療は、造血系に起因する悪性疾患の広範なスペクトル内での正しい分類という 1 つの基本的な前提条件に依存しています。 明確でありながら補完的な診断ツールの利用可能性が拡大し続けているため、血液疾患の状況に対する理解は着実に深まっています。 そのため、WHO 分類 (2017 年) によってまとめられた現在のコンセンサス分類は、診断アルゴリズムを正しい診断に導くコンパスを表しています。 今日、日常的な診断プロセスのゴールド スタンダードは、細胞形態学、組織学、染色体細胞遺伝学、免疫表現型検査、分子遺伝学的検査の 5 つの方法論的柱に依存しています。 これにより、大多数の症例で診断を可能にする治療が可能になります。 しかし、症例の約 10% は診断の観点から未解決のままであり、現在の WHO 基準 (2017) によると満足のいく診断には至りません。 研究者は、この問題を解決して、可能な限り最良の患者ケアのための照明的な診断ガイダンスを提供するつもりです.
2. 目的 この問題に対処するために、研究者らは、全ゲノムおよび/または全トランスクリプトームシーケンシングなどの新しいハイスループットシーケンシング法が、腫瘍サンプルのより繊細な遺伝的肖像画を描くことによって、より正確な診断を提供できるという仮説を立てています。

この目的のために、研究者は血液悪性腫瘍の全スペクトルを含む 5,500 サンプルの参照コレクションを作成し、研究者は全ゲノム配列決定と全トランスクリプトーム配列決定を行いました。 さらに、すべての必要な技術を使用した WHO 分類によるゴールド スタンダード診断、すべて MLL で実行されるもの、臨床データ、および治療反応データは、これらのケースで完全に利用可能です。 この参照コレクションの主な利点は、各診断が明確であることであり、特に困難なケースでさらに分類および診断するための参照フレームワークを提供します。

したがって、SIRIUS は、WGS または WTS の診断上の優位性を、ゴールド スタンダードの結果と組み合わせたアプローチと比較し、得られた結果を 5,500 を超える WGS および WTS の参照コホート内の最も近い「デジタル兄弟」と照合します (両方とも 93% のケース）。 この目的のために、研究者は社内で開発されたマッチング アルゴリズムを使用します。このアルゴリズムは、ゲノムまたはトランスクリプトーム プロファイルを、この研究の時点からの類似のケースおよびゴールド スタンダードの結果のグループに一致させることができます。 最先端の認定 (ISO 15189) を満たしながら、患者サンプルから WTS/WGS データを生成することを目的とした現在のワークフローでは、最大 5 ～ 7 日かかります。 これは、従来の方法にほぼ匹敵しますが、方法論的な作業におけるエラーが発生しやすく困難な反復に取って代わる可能性があります。 目的は、WTS および/または WGS ベースのアプローチが、診断の精度とルーチンの信頼性に関して従来の方法を超えることができるかどうかをテストすることです。 ここで研究者は、診断が困難な状況下で、将来の現実世界の設定でこの仮説をテストします。