余剰の qFIT サンプルを使用して腸内細菌叢を調査する実現可能性。 (FUTURISTIC)

私たちは、qFIT カセット内の緩衝試薬に懸濁した 2 mg の糞便が 16S rRNA 遺伝子配列決定を行うのに十分であり、従来の方法で収集された糞便サンプルと同等の結果が得られるという仮説を検証することを目的としています。これにより、多数の患者の研究が可能になります。 ' 将来の研究では、全国腸スクリーニングプログラムからサンプルが利用可能になります。

これらの糞便からの DNA が従来の方法で収集された標本からの DNA と同様の結果をもたらすことを実証できれば (例: 15 ～ 20 ml の糞便を 30 ml の便サンプルポットに採取）、これにより、将来の研究で全国腸スクリーニングプログラムから入手できる多数の患者のサンプルを研究できる可能性があります。

他の研究では、2 ml に 10 mg の糞便を加える OC-Auto FIT カートリッジ (Polymedco Inc) を使用して、16S rRNA 遺伝子配列決定によって糞便微生物の特徴を測定するために、無傷の糞便サンプルの代わりに新鮮または凍結残留 FIT テストバッファーを使用する可能性を調査しました。ただし、バッファーの安定性は EXTEL コレクション ピッカー カートリッジよりも低くなります (室温で 7 日対 32 日、2 ～ 8oC で 28 日対 120 日)。

我々は、qFIT カセット内の緩衝試薬に懸濁された少量の糞便で 16S rRNA 遺伝子配列決定を行うのに十分であり、従来の方法で収集された糞便サンプルと同等の結果が得られると仮説を立てています。

私たちはしなければならない：

1. qFIT コレクションカセットからの 500 μl の緩衝液/糞便混合物で 16S rRNA 遺伝子配列決定に十分な DNA が得られるか、または 1.5 ～ 2 ml が必要かどうかを決定します。
2. qFITカセットと従来の糞便収集方法を使用した、16人のボランティアからの新鮮な糞便（24時間以内に処理されたもの）の16S rRNA遺伝子配列決定を比較します。
3. qFIT によって収集された糞便の適合性を判断します。スコットランド腸スクリーニング プログラムで処理されるサンプルに応じた期間、最長 14 日間カセットに保持されます。
4. アバディーン王立診療所からの症状のある患者からの要件を超えた 100 個の qFIT サンプルに存在する DNA を定量し、16S rRNA 遺伝子配列決定に適切な DNA を含むサンプルの割合を決定します。