マルチオミクス統合解析に基づく神経内分泌腫瘍
マルチオミクス統合解析に基づく一施設での神経内分泌腫瘍研究
調査の概要
詳細な説明
近年、ハイスループットシーケンシング技術の革新により、分子レベルでの疾患メカニズムの理解が大幅に促進されました。 臨床的に同じ病型、病期の腫瘍でも予後に大きな差があることは紛れもない事実です。 多数の研究により、予後の違いが腫瘍の不均一性と密接に関連していることが証明されています。 ここ数年、個別化された精密治療により、患者の予後が大幅に改善されています。 TCGAデータベースの体細胞変異とシグナル経路の活性化に基づく結腸直腸癌のサブグループ分類により、診断の精度と治療の有効性が大幅に改善されたことが研究で示されています。 Lehmann のチームは、トリプルネガティブ乳がんの遺伝子発現プロファイルに基づいて、サンプルを 6 つのタイプに分類しました。 このタイピング法は、腫瘍の微小環境における正常なマトリックスと免疫細胞の転写レベルの役割を組み合わせ、さまざまなサブタイプに応じてそれらの臨床的特徴と治療戦略を探ります。 しかし、腫瘍の複雑な病因を解明するのに十分な単一のオミクスはありません。 したがって、複数のオミクスの統合分析は開発トレンドであり、腫瘍の病因を明らかにし、潜在的な薬物治療標的を発見するのに役立ちます。 表現型データと分子オミクス データの対話型分析は、生物学的表現型と分子表現型の間の相関関係を分析するのに役立つだけでなく、マクロ生物学的表現型の微視的な分子メカニズムを理解することも可能にします。 たとえば、CT および MRI に基づくイメージング表現型を使用して、それらに関連する重要なタンパク質マーカーを探索できます。これは、将来の臨床薬物標的療法および薬物耐性メカニズム研究を導くための実験的および理論的基礎を提供します。 さらに興味深いのは、分子オミクスに基づく腫瘍の分子分類と、イメージング オミクスなどの表現型認識モデルの確立との関係により、イメージング オミクスなどの表現型が腫瘍標的療法のガイドになる可能性があることです。 重要な方法です。 したがって、異質性の高い神経内分泌腫瘍については、複数のオミクスの観点からそれらを分析することが非常に必要です。 しかし、現在公開されている TCGA や GEO のデータベースでは、独自の NEN ゲノミクス データは極めて少なく、プロテオミクス、エピオミクス、メタボロミクス、イメージングオミクスなどのデータはほとんどありません。 したがって、神経内分泌腫瘍の発生と発生メカニズムを包括的かつ詳細に研究するために、排他的なNENマルチオミクスビッグデータ分析を実施することが急務です。
このプロジェクトは、マルチオミクス解析に基づいてNENの分子生物学的特性を分析し、独自のNENマルチオミクスビッグデータプラットフォームを開発し、分子サブタイプを実行することを目的としています。 この研究がNENの再発と転移の分子メカニズムと潜在的な介入標的を見つけ、臨床医に安全で効果的な治療戦略を提供し、それによって神経内分泌腫瘍の治療効果を改善できることを願っています。
研究の種類
入学 (予想される)
連絡先と場所
研究連絡先
- 名前:Xianjun Yu, MD, PhD
- 電話番号:+86-13801669875
- メール:yuxianjun@fudanpci.org
研究場所
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Shanghai
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Shanghai、Shanghai、中国、200032
- Department of Pancreatic Surgery, Fudan University Shanghai Cancer Center; Pancreatic Cancer Institute, Fudan University
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参加基準
適格基準
就学可能な年齢
健康ボランティアの受け入れ
受講資格のある性別
サンプリング方法
調査対象母集団
説明
包含基準:
- 2010年1月から2021年1月まで復旦大学付属がん病院で外科治療を受けた。
- 術後の病理は神経内分泌腫瘍であることが判明しました。
- 組織バンクのサンプル収集に関するインフォームド コンセント フォームに署名し、標本および関連する臨床データを科学研究に使用することに同意します。
除外基準:
- 他の悪性腫瘍をマージします。
- 臨床データがありません。
研究計画
研究はどのように設計されていますか?
デザインの詳細
- 観測モデル:ケースのみ
- 時間の展望:回顧
コホートと介入
グループ/コホート |
介入・治療 |
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胃腸膵臓神経内分泌腫瘍
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組織バンクに保存されている標本を取得します。サンプルの主な種類は、RNAlater 標本、液体窒素凍結標本、末梢血標本です。
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この研究は何を測定していますか?
主要な結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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マルチオミクスによるNENメカニズム解析
時間枠:1年
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ゲノミクス、トランスクリプトミクス、プロテオミクス、リン酸化、メタボロミクス、およびその他の複数のオミクス配列分析のために NEN 組織標本および末梢血標本を収集し、これらの分子オミクスと表現型の間の関係を見つけ、ドライバー遺伝子、シグナル経路の活性化を含む NEN メカニズムを調査します。など、潜在的なターゲットに基づいて敏感な薬をスクリーニングします。
マルチオミクスデータを使用して、高感度ターゲット予測、関連遺伝子予測、生存分析などを含む NEN ビッグデータ分析プラットフォームを確立します。
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1年
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二次結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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NEN免疫微小環境分析
時間枠:1年
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GSVA ソフトウェアと CIBORSORT メソッドを使用して、NEN mRNA 発現に基づいて、さまざまな免疫細胞サブタイプの含有量と比率を予測します。
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1年
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協力者と研究者
スポンサー
捜査官
- 主任研究者:Xianjun Yu, MD, PhD、Fudan University
出版物と役立つリンク
一般刊行物
- Lehmann BD, Jovanovic B, Chen X, Estrada MV, Johnson KN, Shyr Y, Moses HL, Sanders ME, Pietenpol JA. Refinement of Triple-Negative Breast Cancer Molecular Subtypes: Implications for Neoadjuvant Chemotherapy Selection. PLoS One. 2016 Jun 16;11(6):e0157368. doi: 10.1371/journal.pone.0157368. eCollection 2016.
- Cancer Genome Atlas Network. Comprehensive molecular characterization of human colon and rectal cancer. Nature. 2012 Jul 18;487(7407):330-7. doi: 10.1038/nature11252.
- Pavel M, Baudin E, Couvelard A, Krenning E, Oberg K, Steinmuller T, Anlauf M, Wiedenmann B, Salazar R; Barcelona Consensus Conference participants. ENETS Consensus Guidelines for the management of patients with liver and other distant metastases from neuroendocrine neoplasms of foregut, midgut, hindgut, and unknown primary. Neuroendocrinology. 2012;95(2):157-76. doi: 10.1159/000335597. Epub 2012 Feb 15. No abstract available.
- Alizadeh AA, Aranda V, Bardelli A, Blanpain C, Bock C, Borowski C, Caldas C, Califano A, Doherty M, Elsner M, Esteller M, Fitzgerald R, Korbel JO, Lichter P, Mason CE, Navin N, Pe'er D, Polyak K, Roberts CW, Siu L, Snyder A, Stower H, Swanton C, Verhaak RG, Zenklusen JC, Zuber J, Zucman-Rossi J. Toward understanding and exploiting tumor heterogeneity. Nat Med. 2015 Aug;21(8):846-53. doi: 10.1038/nm.3915.
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- Taber A, Christensen E, Lamy P, Nordentoft I, Prip F, Lindskrog SV, Birkenkamp-Demtroder K, Okholm TLH, Knudsen M, Pedersen JS, Steiniche T, Agerbaek M, Jensen JB, Dyrskjot L. Molecular correlates of cisplatin-based chemotherapy response in muscle invasive bladder cancer by integrated multi-omics analysis. Nat Commun. 2020 Sep 25;11(1):4858. doi: 10.1038/s41467-020-18640-0. Erratum In: Nat Commun. 2022 Apr 4;13(1):1916.
- Sailem HZ, Bakal C. Identification of clinically predictive metagenes that encode components of a network coupling cell shape to transcription by image-omics. Genome Res. 2017 Feb;27(2):196-207. doi: 10.1101/gr.202028.115. Epub 2016 Nov 18.
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- Frilling A, Modlin IM, Kidd M, Russell C, Breitenstein S, Salem R, Kwekkeboom D, Lau WY, Klersy C, Vilgrain V, Davidson B, Siegler M, Caplin M, Solcia E, Schilsky R; Working Group on Neuroendocrine Liver Metastases. Recommendations for management of patients with neuroendocrine liver metastases. Lancet Oncol. 2014 Jan;15(1):e8-21. doi: 10.1016/S1470-2045(13)70362-0.
- Mayo SC, de Jong MC, Pulitano C, Clary BM, Reddy SK, Gamblin TC, Celinksi SA, Kooby DA, Staley CA, Stokes JB, Chu CK, Ferrero A, Schulick RD, Choti MA, Mentha G, Strub J, Bauer TW, Adams RB, Aldrighetti L, Capussotti L, Pawlik TM. Surgical management of hepatic neuroendocrine tumor metastasis: results from an international multi-institutional analysis. Ann Surg Oncol. 2010 Dec;17(12):3129-36. doi: 10.1245/s10434-010-1154-5. Epub 2010 Jun 29.
- Rindi G, D'Adda T, Froio E, Fellegara G, Bordi C. Prognostic factors in gastrointestinal endocrine tumors. Endocr Pathol. 2007 Fall;18(3):145-9. doi: 10.1007/s12022-007-0020-x.
研究記録日
主要日程の研究
研究開始 (予想される)
一次修了 (予想される)
研究の完了 (予想される)
試験登録日
最初に提出
QC基準を満たした最初の提出物
最初の投稿 (実際)
学習記録の更新
投稿された最後の更新 (実際)
QC基準を満たした最後の更新が送信されました
最終確認日
詳しくは
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