Biooneer Accupower Q-RFIA PCR キットの臨床評価

タイトル 第 II 相：INH、RIF、FQ、および AG 耐性検出のための IRON qPCR における Biooneer Accupower Q-RFIA PCR キットの性能を評価するための多施設臨床研究

背景と理論的根拠 IRON qPCR での Bioneer Accupower Q-RFIA PCR キットの臨床診断精度と操作特性の証拠は、Bioneer RFIA の有効性を包括的に評価し、世界的および国家的な政策決定に情報を提供するために必要です。

Bioneer Accupower Q-RFIA アッセイ。 Investigational Use Only (IUO) 製品は、RIF、INH、FQ、および AMG 薬剤耐性に関連する MTB および変異の検出を目的としています。 キット カートリッジとして実行されるアッセイは、物理的に 2 つの部分で構成されます。核抽出体部分と PCR プレート。 このカートリッジは、IRON qPCR システムで使用することを目的としています。

この研究のために提供された IRON qPCR システムは、IUO 製品および研究サンプルのテストにのみ使用する必要があります。 Bioneer が開発した IRON qPCR 装置は、下位の医療システムで使用することを目的としています。 計器の設置面積は小さい ((30.5(W) x 27(D) x 39.5(H) cm)、重量 (< 15 kg)、バッテリー充電で動作可能。 このシステムには、40 のターゲットの検出を完全に自動化し、サンプルから結果までを 30 分以内に提供する機能があります。) 研究製品は、この研究の研究マニュアルに詳述されているように、受領と在庫、保管、試験中の使用、および返品または廃棄を含め、厳密に説明されます。

この試験で使用するために提供されるその他の診断テスト (2 番目の比較テストと参照テスト) は次のとおりです。

• Xpert MTB/RIF Ultra アッセイ
• Xpert MTB/XDR アッセイ
• Hain MTBDRplus アッセイ
• Hain MTBDRsl アッセイ 治験薬の使用説明書は、IP 添付文書に記載されています。

Bioneer Accupower Q-RFIA アッセイは、喀痰から直接、INH、RIF、FQ、およびアミノグリコシド耐性に関連する Mtb および変異を検出します。 この使用目的に沿って、臨床サンプルは Bioneer Accupower Q-RFIA アッセイによって直接テストされます。 ただし、このアッセイは、培養分離株のテストにも使用されます。 この追加の Bioneer Accupower RFIA アッセイ テストにより、サンプルから直接テストする場合と培養分離株からテストする場合のパフォーマンスと非決定要因の割合を比較できます。 また、これらのテストは培養分離株からも実行されるため、最初の Bioneer Accupower Q-RFIA テスト結果からの潜在的な不一致の LPA および NGS 結果の解決もサポートします (不一致は、異なる菌株の混合による感染の結果として生じる可能性があります。培養で増殖するのは 1 つの菌株のみです)。 さらに、すべてのアッセイは同じ培養物で行われるため、異なる品質のサンプルでアッセイがテストされるリスクもありません。

IRON qPCRでのBioneer Accupower Q-RFIA PCRキットの診断性能を効率的に評価するために、参加者は3ml以上の喀痰を提供するよう求められます(1つの喀痰または2つの連続して収集およびプールされた喀痰のいずれか)。 スポット喀痰をプールし、均質化する必要があります。 参加者から 1 つの検体のみが採取されたサンプルの場合、サンプルを均質化する必要があります。 簡単に言えば、機械的均質化ステップに続いて、喀痰サンプルを分割し、次のテストを実行します。

• 蛍光スミア顕微鏡（FMスミア）
• Xpert MTB/RIF ウルトラ
• Xpert MTB/XDR アッセイ
• バイオニア アキュパワー Q-RFIA

• NALC-NaOHによる液化/除染、続いてPBSでの再懸濁およびMGITおよびLöwenstein-Jensen培養培地への接種

  • 各陽性培養物からの MPT64/MPB64 抗原検出または PCR (遺伝子型) による陽性培養物の MTB 複合体の確認。
  • INH、RIF、フルオロキノロン（モキシフロキサシンおよびレボフロキサシン）、AMK、およびKAN耐性をテストするための表現型DSTは、患者ごとにMTB複合体が陽性の最初の培養で行われます。
  • GenoType MTBDRplus および MTBDRsl を使用した、すべての MTB 複合体が確認された培養物からの分子検査
  • 全ゲノム配列決定は、Bioneer の結果 (喀痰または培養検査のいずれかから) が表現型 DST と一致しないサンプルからのみ行われます。
  • MTBCで確認されたすべての培養物からのBioneer Accupower Q-RFIA

すべての診断テスト結果 (塗抹標本、直接サンプルの Bioneer Accupower Q-RFIA、直接サンプルの Xpert MTB/RIF Ultra、直接サンプルの Xpert MTB/XDR、MGIT、LJ、培養分離株の Biooneer Accupower RFIA、MTBDRplus、MTBDRsl、および表現型DST の結果) は、検査室の CRF の各サイトの検査技師によって記録されます。

異なるバイオバンクから選択されたレトロスペクティブ標本は、図 2 で指定されているように処理されます。レトロスペクティブ標本に対してルーチン テストが既に行われている場合は、FM スミアと Xpert MTB/RIF または Ultra を繰り返す必要はありません。 研究開始前に、FIND研究マネージャーは、各検体に関連付けられた診断データを評価して、各部位でどの検査を行う必要があるか、または繰り返す必要があるかを判断します。 Xpert MTB/XDR テストは、選択したすべての標本に対して実行されます。

参照標準検査および指標検査手順 培養 (LJ および MGIT)、表現型 DST および塗抹顕微鏡検査は、地域の SOP に基づいて検査サイトで実施されます。 全ゲノム配列決定は、FIND が提供する標準化されたプロトコルに従って、中央の場所で行われます。

参加している各検査室は、検査室の品質管理システムを評価するために遠隔検査室評価を受け、より具体的には、スミア、培養、DST を含む定期検査の標準化された高品質のパフォーマンスを確保します。 参照標準テストの結果は、インデックス テスト結果を知らされていない技術者によって記録されるため、レビュー バイアスのリスクが排除されます。 MTB複合体の存在は、MPT64ベースの迅速検査または培養分離株に対するWHO承認のNAATを使用して、陽性培養からのすべての患者について確認されます。

少数菌性（塗抹陰性）の結核では、培養参照基準が不完全な場合があります。 これは、指数検査の精度推定値に偏りをもたらす可能性があります。 (ii)参照基準では陰性である結核患者に指数検査で陽性結​​果が得られた場合、特異性は過小評価される可能性があります。 偏った感度推定値は、依然として意味のあるパラメーター (インデックス テストでも検出される培養陽性結核の割合) を表しているため、許容されます。 ただし、結核アッセイでは通常、ほぼ完全な特異性が必要とされるため、特異性の偏りが問題になる可能性があります。 スプリアス インデックス テストの「偽陽性」結果のリスクを軽減するために、すべてのケースで合計 2 つの培養 (1 つの MGIT と 1 つの LJ 培養) が行われます。

表現型 DST と NGS の複合参照標準を耐性検出に使用して、この研究の参照標準の高い信頼性を確保します。 参照標準として表現型 DST を使用することは、それぞれの薬物のブレークポイント付近で最小の阻害濃度を持つ変異には不完全な場合があります。 これは、指数試験の精度推定値に偏りをもたらす可能性があります。(i) 指数試験と参照標準の両方が耐性について否定的な結果をもたらす場合、感度が過大評価される可能性があります。 (ii) 表現型 DST が陰性の結果を与えるのに対し、指数試験が抵抗性について陽性の結果を与える場合、特異性は過小評価される可能性があります。 このリスクを軽減するために、すべてのサンプルに対してシーケンシングが行われ、インデックス アッセイと表現型 DST の間で結果が一致しません。 この研究の一環として、配列決定の結果は、インデックス アッセイと pDST の間で一致しない結果に対してのみ利用可能になります。 矛盾するサンプルに対してのみシーケンスを使用すると、インデックスと表現型 DST の両方の結果が耐性について陰性であり、シーケンスによって変異の存在が示された場合のインデックス アッセイの精度推定に偏りが生じる可能性があります。 ただし、感受性表現型の結果を伴う臨床的に耐性のある突然変異はまれであり、それらの遺伝子型の基礎はよく理解されていないため、このリスクは最小限です。 このような場合、表現型 DST の結果は依然としてゴールド スタンダードと見なされます。 したがって、複合参照標準の使用は全体的にバイアスのリスクが最も低いアプローチであると考え、これを一次分析に使用します。

表現型MGIT DSTは、各臨床サンプルの培養分離株で行われます。 MGIT DST は、改訂された WHO 臨界濃度での INH、RIF、モキシフロキサシン、レボフロキサシン、AMK、および KAN に対する培養薬剤感受性を決定するために現場で行われます 15。 全ゲノム配列決定は、Bioneer アッセイ結果 (喀痰または培養検査のいずれかから) が表現型 DST と一致しないサンプルに対して行われます。 培養サンプルから抽出されたDNAに対して全ゲノム配列決定が行われます。 表現型 DST と NGS の両方の結果の出力は自動化されており、オペレーターによる手動解釈は必要ありません。 検査結果が得られたら、検査室の CRF に入力されます。

インデックステストは、直接の臨床サンプルと陽性培養の両方で実行され、喀痰から直接Bioneer Accupower RFIAの高い診断性能を確保し、最初のBioneer Accupower RFIAの結果と表現型 DST および追加の分子検査結果 (NGS および LPA)。 IRON qPCR 上の Bioneer Accupower Q-RFIA PCR キットの出力は自動化されており、手作業による解釈は必要ありません。 参照テストと同様に、Bioneer Accupower RFIA のすべてのテスト結果は、ラボの CRF に記載されます。

GCP 声明 この研究は、プロトコル、ヘルシンキ宣言、ICH-GCP、ISO 13485: 2016 (該当する場合)、およびすべての国の法律および規制要件に従って実施されます。