Bioneer Accupower Q-RFIA PCR Kit klinisk evaluering

Titel Fase II: Multicenter klinisk undersøgelse for at vurdere ydeevnen af ​​Bioneer Accupower Q-RFIA PCR kit på IRON qPCR til INH-, RIF-, FQ- og AG-resistensdetektion

Baggrund og rationale Beviser for den kliniske diagnostiske nøjagtighed og operationelle karakteristika af Bioneer Accupower Q-RFIA PCR-sættet på IRON qPCR er nødvendig for en omfattende evaluering af Bioneer RFIA-validiteten og informere global og national politisk beslutningstagning.

Bioneer Accupower Q-RFIA-analysen. Produktet kun til undersøgelsesbrug (IUO) er beregnet til påvisning af MTB og mutationer forbundet med RIF-, INH-, FQ- og AMG-resistens. Assayet, der køres som en kit-patron, består fysisk af to dele; en nukleinekstraktionslegemedel og PCR-pladen. Patronen er beregnet til at blive brugt sammen med IRON qPCR-systemet.

IRON qPCR-systemet, der leveres til denne undersøgelse, bør kun bruges til at teste IUO-produkt og undersøgelsesprøver. IRON qPCR-instrumentet udviklet af Bioneer er beregnet til at blive brugt i lavere sundhedssystemer. Instrumentet har et lille fodaftryk ((30,5(W) x 27(D) x 39,5(H) cm), vægt (< 15 kg) og kan drives på batteriopladning. Systemet har evnen til fuldt ud at automatisere detektionen af ​​40 mål og levere prøve-til-resultat inden for 30 minutter.) Afprøvningsproduktet vil blive nøje redegjort for, herunder modtagelse og inventar, opbevaring, brug under forsøget og returnering eller bortskaffelse, som beskrevet i undersøgelsesmanualen til denne undersøgelse.

Andre diagnostiske tests (2. komparatorer og referencetest) til brug i dette forsøg er:

• Xpert MTB/RIF Ultra-assay
• Xpert MTB/XDR-assay
• Hain MTBDRplus assay
• Hain MTBDRsl-assay Instruktioner til brug af forsøgsproduktet/-erne findes i IP-indlægssedlerne.

Bioneer Accupower Q-RFIA-analysen detekterer Mtb og mutationer forbundet med INH, RIF, FQ og aminoglykosidresistens direkte fra opspyt. I overensstemmelse med denne tilsigtede anvendelse vil kliniske prøver blive testet direkte af Bioneer Accupower Q-RFIA-analysen. Assayet vil dog også blive brugt til at teste kulturisolatet. Denne yderligere Bioneer Accupower RFIA-assaytestning vil give mulighed for en sammenligning af ydeevne og ikke-determinante rater mellem test direkte fra prøven og test fra kulturisolatet. Det vil også understøtte opløsning af potentielle uoverensstemmelser LPA- og NGS-resultater fra det indledende Bioneer Accupower Q-RFIA-testresultat, da disse tests også vil blive udført fra kulturisolatet (uoverensstemmelse kan opstå som følge af infektioner med en blanding af forskellige stammer, med kun én stamme, der dyrkes ud i kultur). Da alle assays vil blive udført på den samme kultur, er der desuden ingen risiko for, at et assay bliver testet på en anden kvalitetsprøve.

For effektivt at vurdere den diagnostiske ydeevne af Bioneer Accupower Q-RFIA PCR-kittet på IRON qPCR, vil deltagerne blive bedt om at give ≥3 ml sputum (enten et enkelt sputum eller to fortløbende opsamlet og poolet sputa). Spot sputa bør samles og homogeniseres. For prøver, hvor kun én prøve blev indsamlet fra deltageren, skal prøven homogeniseres. Kort fortalt, efter et mekanisk homogeniseringstrin vil sputumprøven blive opdelt, og følgende tests vil blive udført:

• Fluorescens-smear-mikroskopi (FM-smear)
• Xpert MTB/RIF Ultra
• Xpert MTB/XDR-assay
• Bioneer Accupower Q-RFIA

• Likvefaktion/dekontaminering med NALC-NaOH efterfulgt af re-suspension på PBS og inokulering på MGIT og Löwenstein-Jensen kulturmedier

  • MTB kompleks bekræftelse af positive kulturer ved enten MPT64/MPB64 antigen detektion eller PCR (GenoType) fra hver positiv kultur.
  • Fænotypisk DST til at teste INH, RIF, fluoroquinolon (moxifloxacin og levofloxacin), AMK og KAN resistens vil blive udført på den første kultur, der er positiv for MTB kompleks pr. patient.
  • Molekylær testning fra alle MTB-kompleks bekræftede kulturer ved hjælp af GenoType MTBDRplus og MTBDRsl
  • Helgenomsekventering vil kun blive udført fra prøver, hvor Bioneer-resultatet (fra enten sputum- eller kulturtestning) er uoverensstemmende med fænotypisk sommertid
  • Bioneer Accupower Q-RFIA fra alle MTBC-bekræftede kulturer

Alle diagnostiske testresultater (smear, Bioneer Accupower Q-RFIA på direkte prøve, Xpert MTB/RIF Ultra på direkte prøve, Xpert MTB/XDR på direkte prøve, MGIT, LJ, Bioneer Accupower RFIA på kulturisolat, MTBDRplus, MTBDRsl og fænotypisk DST-resultater) vil blive registreret af laboratorieteknikerne for hvert sted på laboratoriets CRF.

Retrospektive prøver udvalgt fra forskellige biobanker vil blive behandlet som angivet i figur 2. I tilfælde af, hvor rutinetestning allerede er blevet udført på de retrospektive prøver, skal FM-udstrygning og Xpert MTB/RIF eller Ultra ikke gentages. Før studiestart vil FIND-studielederen evaluere de diagnostiske data, der er knyttet til hver prøve for at bestemme, hvilke test der skal udføres eller gentages for hvert sted. Xpert MTB/XDR-test vil blive udført for hver udvalgt prøve.

Referencestandardtest- og indekstestprocedurer Kultur (LJ og MGIT), fænotypisk DST og smearmikroskopi vil blive udført på teststederne baseret på lokale SOP'er. Helgenomsekventering vil blive udført på et centralt sted efter en standardiseret protokol, der skal leveres af FIND.

Hvert deltagende laboratorium vil gennemgå en fjernlaboratorieevaluering for at vurdere laboratoriets kvalitetsstyringssystem og mere specifikt for at sikre standardiseret og højkvalitetsudførelse af rutinetests inklusive smear, dyrkning og sommertid. Resultater fra referencestandardtestning vil blive registreret af teknikere, der er blindet for indekstestresultater, hvilket eliminerer risikoen for gennemgangsbias. Tilstedeværelse af MTB-kompleks vil blive bekræftet for alle patienter fra en positiv kultur ved hjælp af en MPT64-baseret hurtigtest eller WHO-godkendt NAAT på kulturisolatet.

En kulturreferencestandard kan være ufuldkommen ved paucibacillær (smear-negativ) TB. Dette kan føre til skævhed i nøjagtighedsestimaterne af indekstesten: (i) følsomhed kan være overvurderet, når indekstest og referencestandard begge giver negative resultater hos en patient med TB; og (ii) specificitet kan være undervurderet, når indekstesten giver et positivt resultat hos en patient med TB, som tester negativt med referencestandarden. Et skævt sensitivitetsestimat er acceptabelt, da det stadig repræsenterer en meningsfuld parameter (andelen af ​​kulturpositiv TB, der også påvises af indekstesten). Men da næsten perfekt specificitet normalt kræves af TB-assays, kan skævhed i specificitet være problematisk. For at mindske risikoen for "falsk-positive" resultater af falske indekstest, vil der i alle tilfælde blive udført to kulturer (en MGIT- og en LJ-kultur).

En sammensat referencestandard af fænotypisk DST og NGS vil blive brugt til resistensdetektion for at sikre høj tillid til referencestandarden for denne undersøgelse. Brug af fænotypisk DST som referencestandard kan være ufuldkommen til mutationer med minimale hæmmende koncentrationer omkring brudpunktet for det respektive lægemiddel. Dette kan føre til skævhed i nøjagtighedsestimaterne af indekstesten, hvor (i) følsomhed kan være overvurderet, når indekstest og referencestandard begge giver negative resultater for resistens; og (ii) specificitet kan være undervurderet, når indekstesten giver et positivt resultat for resistens, hvor fænotypisk DST giver et negativt resultat. For at afbøde denne risiko vil sekventering blive udført for alle prøver med et uoverensstemmende resultat mellem indeksanalysen og fænotypisk sommertid. Som en del af denne undersøgelse vil sekventeringsresultater kun være tilgængelige for resultater, der er uoverensstemmelser mellem indeksanalysen og pDST. Brug af kun sekventering til uoverensstemmende prøver kan også føre til skævhed i nøjagtighedsestimaterne for indeksanalysen i tilfælde, hvor både indeks- og fænotypiske DST-resultater er negative for resistens, og hvor sekventering ville have vist tilstedeværelsen af ​​en mutation. Denne risiko er dog minimal, da klinisk resistente mutationer med et følsomt fænotyperesultat er sjældent, og deres genotypiske grundlag ikke er godt forstået. I sådanne tilfælde betragtes det fænotypiske sommertidsresultat stadig som guldstandarden. Derfor betragtede vi brugen af ​​den sammensatte referencestandard som den tilgang med den laveste risiko for bias generelt og vil bruge denne til den primære analyse.

Fænotypisk MGIT DST vil blive udført på kulturisolatet for hver klinisk prøve. MGIT DST vil blive udført på stedet for at bestemme dyrkningslægemiddelfølsomhed over for INH, RIF, moxifloxacin, levofloxacin, AMK og KAN ved de reviderede WHO-kritiske koncentrationer15. Helgenomsekventering vil blive udført for prøver, hvor Bioneer-analyseresultatet (fra enten sputum- eller kulturtestning) er uoverensstemmende med fænotypisk DST. Helgenomsekventering vil blive udført på DNA ekstraheret fra den dyrkede prøve. Outputtet for både fænotypiske DST- og NGS-resultater er automatiseret og kræver ingen manuel operatørfortolkning. Testresultater, når de er opnået, vil blive indlæst i laboratoriets CRF.

Indekstesten vil blive udført på både den direkte kliniske prøve såvel som den positive kultur for at sikre høj Bioneer Accupower RFIA diagnostisk ydeevne direkte fra sputum og for at give et sammenligningsgrundlag, hvis der ses uoverensstemmelser mellem det oprindelige Bioneer Accupower RFIA resultat og den fænotypiske sommertid og yderligere molekylære testresultater (NGS og LPA). Outputtet til Bioneer Accupower Q-RFIA PCR-sættet på IRON qPCR er automatiseret og kræver ikke manuel fortolkning. Som med referencetesten vil alle Bioneer Accupower RFIA-testresultater blive noteret på laboratoriets CRF.

GCP-erklæring Denne undersøgelse vil blive udført i overensstemmelse med protokollen, Helsinki-erklæringen, ICH-GCP, ISO 13485: 2016 (hvis relevant) samt alle nationale lov- og regulatoriske krav.