Bioneer Accupower Q-RFIA PCR Kit klinisk evaluering

Tittel Fase II: Multisenter klinisk studie for å vurdere ytelsen til Bioneer Accupower Q-RFIA PCR-settet på IRON qPCR for INH-, RIF-, FQ- og AG-resistensdeteksjon

Bakgrunn og begrunnelse Bevis på den kliniske diagnostiske nøyaktigheten og driftskarakteristikkene til Bioneer Accupower Q-RFIA PCR-settet på IRON qPCR er nødvendig for å evaluere Bioneer RFIA-gyldigheten omfattende og informere globale og nasjonale politiske beslutninger.

Bioneer Accupower Q-RFIA-analysen. Produktet kun for undersøkelsesbruk (IUO) er ment for påvisning av MTB og mutasjoner assosiert med RIF-, INH-, FQ- og AMG-resistens. Analysen som kjøres som en kit-kassett består fysisk av to deler; en nukleisk ekstraksjonskroppsdel ​​og PCR-platen. Kassetten er beregnet for bruk med IRON qPCR-systemet.

IRON qPCR-systemet som er gitt for denne studien skal kun brukes til å teste IUO-produkt og studieprøver. IRON qPCR-instrumentet utviklet av Bioneer er ment å brukes i lavere helsevesen. Instrumentet har et lite fotavtrykk ((30,5(W) x 27(D) x 39,5(H) cm), vekt (< 15 kg) og kan drives på batterilading. Systemet har evnen til å fullautomatisere deteksjonen av 40 mål og gi prøve-til-resultat innen 30 minutter.) Undersøkelsesproduktet vil bli strengt regnskapsført, inkludert mottak og inventar, lagring, bruk under forsøket og retur eller avhending, som beskrevet i studiehåndboken for denne studien.

Andre diagnostiske tester (andre komparatorer og referansetester) for bruk i denne utprøvingen er:

• Xpert MTB/RIF Ultra-analyse
• Xpert MTB/XDR-analyse
• Hain MTBDRplus-analyse
• Hain MTBDRsl-analyse Instruksjoner for bruk av undersøkelsesproduktet(e) er gitt i IP-pakningsvedlegget.

Bioneer Accupower Q-RFIA-analysen detekterer Mtb og mutasjoner assosiert med INH, RIF, FQ og aminoglykosidresistens direkte fra sputum. I tråd med denne tiltenkte bruken vil kliniske prøver bli testet direkte av Bioneer Accupower Q-RFIA-analysen. Analysen vil imidlertid også bli brukt til å teste kulturisolatet. Denne ekstra Bioneer Accupower RFIA-analysetestingen vil tillate en sammenligning av ytelse og ikke-determinante hastigheter mellom testing direkte fra prøven og testing fra kulturisolatet. Det vil også støtte oppløsning av potensielle uenige LPA- og NGS-resultater fra det første Bioneer Accupower Q-RFIA-testresultatet, da disse testene også vil bli utført fra kulturisolatet (uoverensstemmelse kan oppstå som et resultat av infeksjoner med en blanding av forskjellige stammer, med bare én stamme som vokser ut i kultur). Videre, siden alle analyser vil bli utført på samme kultur, er det heller ingen risiko for at en analyse blir testet på en prøve av annen kvalitet.

For å effektivt vurdere den diagnostiske ytelsen til Bioneer Accupower Q-RFIA PCR-settet på IRON qPCR, vil deltakerne bli bedt om å gi ≥3 ml sputum (enten et enkelt sputum eller to fortløpende innsamlet og samlet sputa). Spot sputa bør samles og homogeniseres. For prøver der bare én prøve ble tatt fra deltakeren, må prøven homogeniseres. Kort fortalt, etter et mekanisk homogeniseringstrinn vil sputumprøven deles og følgende tester vil bli utført:

• Fluorescensutstrykmikroskopi (FM-utstryk)
• Xpert MTB/RIF Ultra
• Xpert MTB/XDR-analyse
• Bioneer Accupower Q-RFIA

• Flytende/dekontaminering med NALC-NaOH etterfulgt av re-suspensjon på PBS og inokulering på MGIT og Löwenstein-Jensen kulturmedier

  • MTB-kompleksbekreftelse av positive kulturer ved enten MPT64/MPB64-antigendeteksjon eller PCR (GenoType) fra hver positiv kultur.
  • Fenotypisk DST for å teste INH, RIF, fluorokinolon (moxifloxacin og levofloxacin), AMK og KAN-resistens vil bli utført på den første kulturen som er positiv for MTB-kompleks per pasient.
  • Molekylær testing fra alle MTB-kompleks bekreftede kulturer ved bruk av GenoType MTBDRplus og MTBDRsl
  • Helgenomsekvensering vil kun gjøres fra prøver der Bioneer-resultatet (fra enten sputum- eller kulturtesting) er uoverensstemmende med fenotypisk sommertid
  • Bioneer Accupower Q-RFIA fra alle MTBC-bekreftede kulturer

Alle diagnostiske testresultater (utstryk, Bioneer Accupower Q-RFIA på direkte prøve, Xpert MTB/RIF Ultra på direkte prøve, Xpert MTB/XDR på direkte prøve, MGIT, LJ, Bioneer Accupower RFIA på kulturisolat, MTBDRplus, MTBDRsl og fenotypisk DST-resultater) vil bli registrert av laboratorieteknikerne for hvert sted på laboratoriets CRF.

Retrospektive prøver valgt fra ulike biobanker vil bli behandlet som spesifisert i figur 2. I tilfelle der rutinetesting allerede er utført på de retrospektive prøvene, trenger ikke FM-utstryk og Xpert MTB/RIF eller Ultra å gjentas. Før studiestart vil FIND-studielederen evaluere de diagnostiske dataene knyttet til hver prøve for å bestemme hvilken testing som må utføres eller gjentas for hvert sted. Xpert MTB/XDR-test vil bli utført for hver valgt prøve.

Referansestandard test- og indekstestprosedyrer Kultur (LJ og MGIT), fenotypisk DST og utstryksmikroskopi vil bli utført på teststedene basert på lokale SOP-er. Helgenomsekvensering vil bli utført på et sentralt sted etter en standardisert protokoll som skal leveres av FIND.

Hvert deltakende laboratorium vil gjennomgå en ekstern laboratorieevaluering for å vurdere laboratoriets kvalitetsstyringssystem og mer spesifikt for å sikre standardisert og høykvalitets ytelse av rutinetester inkludert utstryk, dyrking og sommertid. Resultater fra referansestandardtesting vil bli registrert av teknikere som er blindet for å indeksere testresultater, noe som eliminerer risikoen for vurderingsskjevhet. Tilstedeværelse av MTB-kompleks vil bli bekreftet for alle pasienter fra en positiv kultur ved å bruke en MPT64-basert hurtigtest eller WHO-godkjent NAAT på kulturisolatet.

En kulturreferansestandard kan være ufullkommen ved paucibacillær (utstryk-negativ) TB. Dette kan føre til skjevhet i nøyaktighetsestimatene til indekstesten: (i) sensitivitet kan overvurderes når indekstest og referansestandard begge gir negative resultater hos en pasient med TB; og (ii) spesifisitet kan være undervurdert når indekstesten gir et positivt resultat hos en pasient med TB som tester negativt med referansestandarden. Et skjevt sensitivitetsestimat er akseptabelt da det fortsatt representerer en meningsfull parameter (andelen kulturpositiv TB som også oppdages av indekstesten). Men siden nesten perfekt spesifisitet vanligvis kreves av TB-analyser, kan skjevhet i spesifisitet være problematisk. For å redusere risikoen for "falsk-positive" resultater av falske indekstest, vil totalt to kulturer (en MGIT og en LJ kultur) bli utført i alle tilfeller.

En sammensatt referansestandard av fenotypisk DST og NGS vil bli brukt for resistensdeteksjon for å sikre høy tillit til referansestandarden for denne studien. Å bruke fenotypisk DST som referansestandard kan være ufullkommen for mutasjoner med minimale hemmende konsentrasjoner rundt bruddpunktet for det respektive legemidlet. Dette kan føre til skjevhet i nøyaktighetsestimatene til indekstesten der (i) sensitivitet kan overvurderes når indekstest og referansestandard begge gir negative resultater for resistens; og (ii) spesifisitet kan være undervurdert når indekstesten gir et positivt resultat for resistens der fenotypisk DST gir et negativt resultat. For å redusere denne risikoen vil det bli utført sekvensering for alle prøver med et avvikende resultat mellom indeksanalysen og fenotypisk sommertid. Som en del av denne studien vil sekvenseringsresultater kun være tilgjengelige for resultater som er uoverensstemmende mellom indeksanalysen og pDST. Bruk av sekvensering kun for avvikende prøver kan også føre til skjevhet i nøyaktighetsestimatene for indeksanalysen for tilfeller der både indeksen og fenotypiske DST-resultater er negative for resistens og hvor sekvensering ville ha vist tilstedeværelsen av en mutasjon. Denne risikoen er imidlertid minimal ettersom klinisk resistente mutasjoner med et følsomt fenotyperesultat er sjelden og deres genotypiske grunnlag ikke godt forstått. I slike tilfeller anses det fenotypiske sommertidsresultatet fortsatt som gullstandarden. Derfor vurderte vi bruk av den sammensatte referansestandarden som tilnærmingen med lavest risiko for skjevhet totalt sett og vil bruke denne for den primære analysen.

Fenotypisk MGIT DST vil bli utført på kulturisolatet for hver klinisk prøve. MGIT DST vil bli utført på stedet for å bestemme kulturmedikamenters mottakelighet for INH, RIF, moxifloxacin, levofloxacin, AMK og KAN ved de reviderte WHO-kritiske konsentrasjonene15. Helgenomsekvensering vil bli utført for prøver der Bioneer-analyseresultatet (fra enten sputum- eller kulturtesting) er uoverensstemmende med fenotypisk sommertid. Helgenomsekvensering vil bli gjort på DNA ekstrahert fra den dyrkede prøven. Utdataene for både fenotypiske DST- og NGS-resultater er automatisert, og krever ingen manuell operatørtolkning. Testresultater, når de er oppnådd, vil bli lagt inn på laboratoriets CRF.

Indekstesten vil bli utført på både den direkte kliniske prøven så vel som den positive kulturen, for å sikre høy diagnostisk ytelse fra Bioneer Accupower RFIA direkte fra oppspytt og for å gi et sammenligningsgrunnlag dersom det er uoverensstemmelser mellom det første Bioneer Accupower RFIA-resultatet og den fenotypiske DST og ytterligere molekylære testresultater (NGS og LPA). Utgangen for Bioneer Accupower Q-RFIA PCR-settet på IRON qPCR er automatisert og krever ikke manuell tolkning. Som med referansetesten, vil alle Bioneer Accupower RFIA-testresultater bli notert på laboratoriets CRF.

GCP-erklæring Denne studien vil bli utført i samsvar med protokollen, Helsinki-erklæringen, ICH-GCP, ISO 13485: 2016 (hvis aktuelt) samt alle nasjonale lov- og forskriftskrav.