Bioneer Accupower Q-RFIA PCR Kitin kliininen arviointi

Otsikkovaihe II: Monikeskuskliininen tutkimus Bioneer Accupower Q-RFIA PCR -sarjan suorituskyvyn arvioimiseksi IRON qPCR:ssä INH-, RIF-, FQ- ja AG-resistenssin havaitsemiseen

Tausta ja perustelut Bioneer Accupower Q-RFIA PCR -sarjan IRON qPCR:n kliinisen diagnostisen tarkkuuden ja toimintaominaisuuksien näyttöä tarvitaan Bioneerin RFIA-kelpoisuuden kokonaisvaltaiseen arviointiin ja globaaliin ja kansalliseen päätöksentekoon.

Bioneer Accupower Q-RFIA -määritys. Vain tutkimuskäyttöön tarkoitettu IUO-tuote on tarkoitettu MTB:n ja RIF-, INH-, FQ- ja AMG-lääkeresistenssiin liittyvien mutaatioiden havaitsemiseen. Määritys, joka suoritetaan sarjan patruunana, koostuu fyysisesti kahdesta osasta; nukleiiniuuttorungon osa ja PCR-levy. Patruuna on tarkoitettu käytettäväksi IRON qPCR -järjestelmän kanssa.

Tätä tutkimusta varten toimitettua IRON qPCR -järjestelmää tulee käyttää vain IUO-tuote- ja tutkimusnäytteiden testaamiseen. Bioneerin kehittämä IRON qPCR -instrumentti on tarkoitettu käytettäväksi alemmissa terveydenhuoltojärjestelmissä. Laitteen jalanjälki on pieni ((30,5(W)) x 27(S) x 39,5(K) cm), paino (< 15 kg) ja voidaan käyttää akkulatauksella. Järjestelmä pystyy täysin automatisoimaan 40 kohteen havaitsemisen ja toimittamaan näytteen tulokseen 30 minuutissa.) Tutkimustuote otetaan tarkasti huomioon, mukaan lukien vastaanotto ja varasto, varastointi, käyttö kokeen aikana ja palautus tai hävittäminen, kuten tämän tutkimuksen tutkimusoppaassa on kuvattu.

Muut tässä kokeessa käytettävät diagnostiset testit (toiset vertailut ja vertailutestit) ovat:

• Xpert MTB/RIF Ultra -määritys
• Xpert MTB/XDR -määritys
• Hain MTBDRplus -määritys
• Hain MTBDRsl -määritys Tutkimustuotteen (-tuotteiden) käyttöohjeet ovat IP-pakkausselosteissa.

Bioneer Accupower Q-RFIA -määritys havaitsee Mtb:n ja mutaatiot, jotka liittyvät INH-, RIF-, FQ- ja aminoglykosidiresistenssiin suoraan ysköksestä. Tämän käyttötarkoituksen mukaisesti kliiniset näytteet testataan suoraan Bioneer Accupower Q-RFIA -määrityksellä. Määritystä käytetään kuitenkin myös viljelmän isolaatin testaamiseen. Tämä ylimääräinen Bioneer Accupower RFIA -testi mahdollistaa suorituskyvyn ja ei-determinanttien nopeuksien vertailun suoraan näytteestä testauksen ja viljelmäisolaatista suoritetun testauksen välillä. Se tukee myös mahdollisten ristiriitaisten LPA- ja NGS-tulosten selvittämistä alkuperäisestä Bioneer Accupower Q-RFIA -testituloksesta, koska nämä testit suoritetaan myös viljelmästä isolaatista (epäsopivuus voi syntyä eri kantojen yhdistelmän aiheuttamien infektioiden seurauksena, vain yksi kanta on kasvanut viljelmässä). Lisäksi, koska kaikki määritykset suoritetaan samalla viljelmällä, ei myöskään ole vaaraa, että mitään määritystä testataan erilaatuisella näytteellä.

Jotta Bioneer Accupower Q-RFIA PCR -sarjan diagnostinen suorituskyky IRON qPCR:ssä voitaisiin arvioida tehokkaasti, osallistujia pyydetään toimittamaan ≥3 ml ysköstä (joko yksi yskös tai kaksi peräkkäin kerättyä ja yhdistettyä ysköstä). Spot-noka tulee yhdistää ja homogenoida. Niistä näytteistä, joissa osallistujalta on otettu vain yksi näyte, näyte on homogenisoitava. Lyhyesti sanottuna mekaanisen homogenisointivaiheen jälkeen yskösnäyte jaetaan ja suoritetaan seuraavat testit:

• Fluoresenssismear mikroskopia (FM-smear)
• Xpert MTB/RIF Ultra
• Xpert MTB/XDR -määritys
• Bioneer Accupower Q-RFIA

• Nesteytys/dekontaminaatio NALC-NaOH:lla, jota seuraa uudelleensuspendointi PBS:ään ja ymppäys MGIT- ja Löwenstein-Jensen-viljelyalustaan

  • Positiivisten viljelmien MTB-kompleksivahvistus joko MPT64/MPB64-antigeenin havaitsemiseksi tai PCR:llä (GenoType) kustakin positiivisesta viljelmästä.
  • Fenotyyppinen DST INH-, RIF-, fluorokinolonien (moksifloksasiini ja levofloksasiini), AMK- ja KAN-resistenssin testaamiseksi tehdään ensimmäiselle viljelmälle, joka on positiivinen MTB-kompleksille potilasta kohti.
  • Molekyylitestaus kaikista MTB-kompleksivahvistetuista viljelmistä käyttäen GenoType MTBDRplus ja MTBDRsl
  • Koko genomin sekvensointi tehdään vain näytteistä, joissa Bioneerin tulos (joko ysköksestä tai viljelmästä) on ristiriidassa fenotyyppisen DST:n kanssa
  • Bioneer Accupower Q-RFIA kaikista MTBC-vahvistetuista viljelmistä

Kaikki diagnostiset testitulokset (smear, Bioneer Accupower Q-RFIA suorassa näytteessä, Xpert MTB/RIF Ultra suorassa näytteessä, Xpert MTB/XDR suorassa näytteessä, MGIT, LJ, Bioneer Accupower RFIA viljelmäisolaatissa, MTBDRplus, MTBDRsl ja fenotyyppinen DST-tulokset) tallentavat laboratorioteknikot jokaisesta paikasta laboratorion CRF:ään.

Eri biopankeista valitut retrospektiiviset näytteet käsitellään kuvan 2 mukaisesti. Siinä tapauksessa, että retrospektiivisille näytteille on jo tehty rutiinitestit, FM-näytteitä ja Xpert MTB/RIF- tai Ultra-tutkimusta ei tarvitse toistaa. Ennen tutkimuksen aloittamista FIND-tutkimuksen päällikkö arvioi kuhunkin näytteeseen linkitetyt diagnostiset tiedot määrittääkseen, mitkä testit on tehtävä tai toistettava jokaisessa paikassa. Xpert MTB/XDR -testi suoritetaan jokaiselle valitulle näytteelle.

Viitestandardit ja indeksitestimenetelmät Viljely (LJ ja MGIT), fenotyyppinen DST ja sivelymikroskooppi suoritetaan testauspaikoissa paikallisten SOP-ohjeiden perusteella. Koko genomin sekvensointi tehdään keskeisessä paikassa FIND:n toimittaman standardoidun protokollan mukaisesti.

Jokainen osallistuva laboratorio käy läpi laboratorion etäarvioinnin laboratorion laadunhallintajärjestelmän arvioimiseksi ja erityisesti rutiinitestien standardoidun ja laadukkaan suorittamisen varmistamiseksi, mukaan lukien sively-, viljely- ja DST-testit. Teknikot, jotka ovat sokeutuneet indeksointitestien tuloksiin, tallentavat vertailustandarditestauksen tulokset, mikä eliminoi tarkasteluharhan riskin. MTB-kompleksin läsnäolo varmistetaan kaikille positiivisesta viljelmästä peräisin oleville potilaille käyttämällä MPT64-pohjaista pikatestiä tai WHO:n hyväksymää NAAT:tä viljelmäisolaatissa.

Viljelmän vertailustandardi voi olla epätäydellinen pausibasillaarisessa (smear-negatiivisessa) tuberkuloosissa. Tämä voi johtaa harhaan indeksitestin tarkkuusestimaateissa: (i) herkkyys voidaan yliarvioida, kun indeksitesti ja vertailustandardi antavat molemmat negatiiviset tulokset tuberkuloosipotilaalla; ja (ii) spesifisyys voidaan aliarvioida, kun indeksitesti antaa positiivisen tuloksen tuberkuloosipotilaalla, jonka testi on negatiivinen vertailustandardilla. Puolueellinen herkkyysarvio on hyväksyttävä, koska se edustaa silti merkityksellistä parametria (viljelmäpositiivisen tuberkuloosin osuus, joka myös havaitaan indeksitestillä). Kuitenkin, koska TB-määrityksiltä vaaditaan yleensä lähes täydellistä spesifisyyttä, spesifisyyden harha voi olla ongelmallista. Virheellisten indeksitestien "vääräpositiivisten" tulosten riskin vähentämiseksi tehdään kaikissa tapauksissa yhteensä kaksi viljelmää (yksi MGIT- ja yksi LJ-viljelmä).

Resistenssin havaitsemiseen käytetään fenotyyppisen DST:n ja NGS:n yhdistettyä vertailustandardia, jotta varmistetaan korkea luotettavuus tämän tutkimuksen vertailustandardiin. Fenotyyppisen DST:n käyttäminen vertailustandardina voi olla epätäydellinen mutaatioille, joiden inhiboivat pitoisuudet ovat minimaaliset kyseisen lääkkeen raja-arvon ympärillä. Tämä voi johtaa harhaan indeksitestin tarkkuusestimaateissa, jolloin (i) herkkyys voidaan yliarvioida, kun indeksitesti ja vertailustandardi antavat molemmat negatiiviset tulokset resistanssista; ja (ii) spesifisyys voidaan aliarvioida, kun indeksitesti antaa positiivisen tuloksen resistenssille, kun fenotyyppinen DST antaa negatiivisen tuloksen. Tämän riskin vähentämiseksi sekvensointi tehdään kaikille näytteille, joiden tulos poikkeaa indeksimäärityksen ja fenotyyppisen DST:n välillä. Osana tätä tutkimusta sekvensointitulokset ovat saatavilla vain tuloksille, jotka ovat ristiriidassa indeksimäärityksen ja pDST:n välillä. Sekvensoinnin käyttäminen vain poikkeaville näytteille voi myös johtaa harhaan indeksimäärityksen tarkkuusarvioissa tapauksissa, joissa sekä indeksi- että fenotyyppiset DST-tulokset ovat negatiivisia resistenssin suhteen ja joissa sekvensointi olisi osoittanut mutaation olemassaolon. Tämä riski on kuitenkin minimaalinen, koska kliinisesti resistentit mutaatiot, joilla on herkkä fenotyyppitulos, ovat harvinaisia ​​ja niiden genotyyppiperustaa ei ymmärretä hyvin. Tällaisissa tapauksissa fenotyyppistä DST-tulosta pidetään edelleen kultastandardina. Siksi katsomme, että yhdistetyn vertailustandardin käyttäminen on lähestymistapa, jolla on alhaisin harhariski, ja käytämme tätä ensisijaisessa analyysissä.

Fenotyyppinen MGIT DST tehdään viljelmäisolaatille kullekin kliiniselle näytteelle. MGIT DST tehdään paikan päällä, jotta määritetään viljelmän lääkeherkkyys INH:lle, RIF:lle, moksifloksasiinille, levofloksasiinille, AMK:lle ja KAN:lle tarkistetuilla WHO:n kriittisillä pitoisuuksilla15. Koko genomin sekvensointi tehdään näytteille, joissa Bioneer-määrityksen tulos (joko ysköksestä tai viljelmästä) on ristiriidassa fenotyyppisen DST:n kanssa. Koko genomin sekvensointi tehdään viljellystä näytteestä uutetulle DNA:lle. Sekä fenotyyppisten DST- että NGS-tulosten tulosteet ovat automatisoituja, eivätkä ne vaadi manuaalista käyttäjän tulkintaa. Testaustulokset, kun ne saadaan, syötetään laboratorion CRF:ään.

Indeksitesti suoritetaan sekä suoralle kliiniselle näytteelle että positiiviselle viljelmälle, jotta varmistetaan korkea Bioneer Accupower RFIA -diagnostinen suorituskyky suoraan ysköksestä ja luodaan vertailupohja, jos alkuperäisen Bioneer Accupower RFIA -tuloksen ja tuloksen välillä havaitaan ristiriitoja. fenotyyppinen DST ja lisämolekyylitestitulokset (NGS ja LPA). IRON qPCR:n Bioneer Accupower Q-RFIA PCR -sarjan lähtö on automaattinen eikä vaadi manuaalista tulkintaa. Kuten vertailutestissä, kaikki Bioneer Accupower RFIA -testitulokset merkitään laboratorion CRF:ään.

GCP-lausunto Tämä tutkimus tehdään protokollan, Helsingin julistuksen, ICH-GCP:n, ISO 13485:2016:n (jos sovellettavissa) sekä kaikkien kansallisten lakien ja säädösten mukaisesti.