바이오니아 Accupower Q-RFIA PCR Kit 임상평가

제목 2단계: INH-, RIF-, FQ- 및 AG-저항성 검출을 위한 IRON qPCR에 대한 Bioneer Accupower Q-RFIA PCR 키트의 성능을 평가하기 위한 다기관 임상 연구

배경 및 근거 IRON qPCR에 대한 Bioneer Accupower Q-RFIA PCR 키트의 임상 진단 정확도 및 작동 특성에 대한 증거는 Bioneer RFIA 타당성을 종합적으로 평가하고 글로벌 및 국가 정책 의사 결정에 정보를 제공하는 데 필요합니다.

Bioneer Accupower Q-RFIA 분석. IUO(Investigational Use Only) 제품은 MTB 및 RIF, INH, FQ 및 AMG 약물 내성과 관련된 돌연변이를 검출하기 위한 것입니다. 키트 카트리지로 실행되는 분석은 물리적으로 두 부분으로 구성됩니다. 핵산 추출 본체 부분과 PCR 플레이트. 카트리지는 IRON qPCR 시스템과 함께 사용하기 위한 것입니다.

이 연구를 위해 제공된 IRON qPCR 시스템은 IUO 제품 및 연구 샘플 테스트에만 사용해야 합니다. 바이오니아에서 개발한 IRON qPCR 기기는 하위 의료 시스템에서 사용하기 위한 것입니다. 기기는 설치 공간이 작습니다((30.5(W) x 27(D) x 39.5(H) cm), 무게(< 15 kg), 배터리 충전으로 작동할 수 있습니다. 이 시스템은 40개의 표적 탐지를 완전히 자동화하고 30분 이내에 샘플에서 결과를 제공하는 기능을 갖추고 있습니다.) 조사 제품은 본 연구의 연구 매뉴얼에 설명된 대로 수령 및 재고, 보관, 시험 기간 동안의 사용, 반환 또는 폐기를 포함하여 엄격하게 설명됩니다.

이 평가판에서 사용하기 위해 제공되는 기타 진단 테스트(2차 비교기 및 참조 테스트)는 다음과 같습니다.

• Xpert MTB/RIF 울트라 분석
• Xpert MTB/XDR 분석
• Hain MTBDRplus 분석
• Hain MTBDRsl 분석 조사 제품(들)의 사용 지침은 IP 패키지 삽입물에 제공됩니다.

Bioneer Accupower Q-RFIA 분석은 객담에서 직접 INH, RIF, FQ 및 aminoglycoside 저항성과 관련된 Mtb 및 돌연변이를 검출합니다. 이러한 의도된 용도에 따라 임상 샘플은 Bioneer Accupower Q-RFIA 분석으로 직접 테스트됩니다. 그러나 분석은 배양 분리주를 테스트하는 데에도 사용됩니다. 이 추가 Bioneer Accupower RFIA 분석 테스트를 통해 샘플에서 직접 테스트한 것과 배양 분리주에서 테스트한 것 사이의 성능 및 비결정 비율을 비교할 수 있습니다. 또한 초기 Bioneer Accupower Q-RFIA 테스트 결과에서 잠재적 불일치 LPA 및 NGS 결과의 해결을 지원합니다. 이러한 테스트는 배양 분리주에서도 수행되기 때문입니다(다른 균주가 혼합된 감염의 결과로 불일치가 발생할 수 있습니다. 단 하나의 균주만 배양에서 성장함). 또한 모든 분석은 동일한 배양에서 수행되므로 다른 품질의 샘플에서 분석이 테스트될 위험도 없습니다.

IRON qPCR에서 Bioneer Accupower Q-RFIA PCR 키트의 진단 성능을 효율적으로 평가하기 위해 참가자는 3ml 이상의 객담(단일 객담 또는 2개의 연속 수집 및 풀링된 객담)을 제공해야 합니다. 점액은 모아서 균질화해야 합니다. 참가자로부터 단 하나의 표본만 수집된 샘플의 경우 샘플을 균질화해야 합니다. 간단히 말해서, 기계적 균질화 단계 후에 가래 샘플이 분리되고 다음 테스트가 수행됩니다.

• 형광 스미어 현미경(FM 스미어)
• 엑스퍼트 MTB/RIF 울트라
• Xpert MTB/XDR 분석
• 바이오니아 Accupower Q-RFIA

• NALC-NaOH에 의한 액화/오염 제거 후 PBS에 재현탁 및 MGIT 및 Löwenstein-Jensen 배양 배지에 접종

  • 각각의 양성 배양에서 MPT64/MPB64 항원 검출 또는 PCR(GenoType)에 의한 양성 배양의 MTB 복합체 확인.
  • INH, RIF, 플루오로퀴놀론(목시플록사신 및 레보플록사신), AMK 및 KAN 내성을 테스트하기 위한 표현형 DST는 환자당 MTB 복합물에 대해 양성인 첫 번째 배양에서 수행됩니다.
  • GenoType MTBDRplus 및 MTBDRsl을 사용하여 확인된 모든 MTB-복합체 배양의 분자 테스트
  • 전체 게놈 시퀀싱은 Bioneer 결과(가래 또는 배양 테스트)가 표현형 DST와 일치하지 않는 샘플에서만 수행됩니다.
  • 모든 MTBC 확인 배양의 Bioneer Accupower Q-RFIA

모든 진단 테스트 결과(도말, 직접 시료에 대한 Bioneer Accupower Q-RFIA, 직접 시료에 대한 Xpert MTB/RIF Ultra, 직접 시료에 대한 Xpert MTB/XDR, MGIT, LJ, 배양 분리물에 대한 Bioneer Accupower RFIA, MTBDRplus, MTBDRsl 및 표현형 DST 결과)는 실험실 CRF의 각 사이트에 대해 실험실 기술자가 기록합니다.

다른 바이오뱅크에서 선택한 후향적 표본은 그림 2에 지정된 대로 처리됩니다. 소급적 표본에 대해 일상적인 테스트가 이미 수행된 경우 FM 도말 및 Xpert MTB/RIF 또는 Ultra를 반복할 필요가 없습니다. 연구가 시작되기 전에 FIND 연구 관리자는 각 표본에 연결된 진단 데이터를 평가하여 각 사이트에 대해 어떤 테스트를 수행하거나 반복해야 하는지 결정합니다. Xpert MTB/XDR 테스트는 선택한 모든 표본에 대해 수행됩니다.

참조 표준 테스트 및 인덱스 테스트 절차 배양(LJ 및 MGIT), 표현형 DST 및 스미어 현미경 검사는 현지 SOP를 기반으로 테스트 사이트에서 수행됩니다. 전체 게놈 시퀀싱은 FIND에서 제공하는 표준화된 프로토콜에 따라 중앙 위치에서 수행됩니다.

각 참여 실험실은 실험실의 품질 관리 시스템을 평가하기 위해 원격 실험실 평가를 거치게 되며, 보다 구체적으로는 스미어, 배양 및 DST를 포함한 일상적인 테스트의 표준화된 고품질 성능을 보장합니다. 참조 표준 테스트의 결과는 인덱스 테스트 결과에 눈이 먼 기술자가 기록하여 리뷰 편향의 위험을 제거합니다. MTB 복합체의 존재는 배양 분리물에 대한 MPT64 기반 신속 검사 또는 WHO 승인 NAAT를 사용하여 양성 배양의 모든 환자에 대해 확인됩니다.

배양 참조 표준은 진균성(도말 음성) TB에서 불완전할 수 있습니다. 이로 인해 지수 테스트의 정확도 추정치에 편향이 생길 수 있습니다. (ii) 참조 표준에서 음성인 결핵 환자에서 지수 테스트가 양성 결과를 제공할 때 특이성이 과소 평가될 수 있습니다. 편향된 민감도 추정치는 여전히 의미 있는 매개변수(인덱스 테스트에서도 감지되는 배양 양성 결핵의 비율)를 나타내므로 허용됩니다. 그러나 일반적으로 거의 완벽한 특이성이 결핵 분석에 필요하기 때문에 특이성의 편향이 문제가 될 수 있습니다. 허위 지수 테스트 "위양성" 결과의 위험을 완화하기 위해 모든 경우에 총 두 개의 배양(MGIT 및 LJ 배양 1개)을 수행합니다.

표현형 DST 및 NGS의 복합 참조 표준은 이 연구의 참조 표준에 대한 높은 신뢰도를 보장하기 위해 저항성 검출에 사용될 것입니다. 표현형 DST를 참조 표준으로 사용하는 것은 각 약물의 중단점 주변에서 최소 억제 농도를 가진 돌연변이에 대해 불완전할 수 있습니다. 이로 인해 (i) 지수 테스트와 참조 표준이 모두 저항에 대해 부정적인 결과를 산출할 때 민감도가 과대 평가될 수 있는 인덱스 테스트의 정확도 추정치에 편향이 생길 수 있습니다. (ii) 표현형 DST가 음성 결과를 제공하는 반면 지수 테스트가 저항성에 대해 양성 결과를 제공할 때 특이성이 과소 평가될 수 있습니다. 이 위험을 완화하기 위해 인덱스 분석과 표현형 DST 간에 결과가 일치하지 않는 모든 샘플에 대해 시퀀싱이 수행됩니다. 이 연구의 일환으로 시퀀싱 결과는 인덱스 분석과 pDST 간에 일치하지 않는 결과에 대해서만 사용할 수 있습니다. 일치하지 않는 샘플에 대해서만 시퀀싱을 사용하면 인덱스 및 표현형 DST 결과가 모두 내성에 대해 음성이고 시퀀싱이 돌연변이의 존재를 나타내는 경우에 대한 인덱스 분석의 정확도 추정치에 편향이 생길 수 있습니다. 그러나이 위험은 감수성 표현형 결과가있는 임상 적으로 저항성 돌연변이가 드물고 유전형 기반이 잘 이해되지 않았기 때문에 최소화됩니다. 이러한 경우 표현형 DST 결과는 여전히 황금 표준으로 간주됩니다. 따라서 우리는 복합 참조 표준의 사용을 전반적으로 비뚤림 위험이 가장 낮은 접근 방식으로 고려했으며 이를 1차 분석에 사용할 것입니다.

표현형 MGIT DST는 각 임상 샘플에 대한 배양 분리주에서 수행됩니다. MGIT DST는 개정된 WHO 임계 농도15에서 INH, RIF, moxifloxacin, levofloxacin, AMK 및 KAN에 대한 배양 약물 감수성을 결정하기 위해 현장에서 수행됩니다. 전체 게놈 시퀀싱은 Bioneer 분석 결과(가래 또는 배양 테스트)가 표현형 DST와 일치하지 않는 샘플에 대해 수행됩니다. 전체 게놈 시퀀싱은 배양된 샘플에서 추출한 DNA에 대해 수행됩니다. 표현형 DST 및 NGS 결과 모두에 대한 출력은 자동화되어 있으며 작업자의 수동 해석이 필요하지 않습니다. 테스트 결과를 얻으면 실험실 CRF에 입력됩니다.

인덱스 테스트는 가래에서 직접 높은 Bioneer Accupower RFIA 진단 성능을 보장하고 초기 Bioneer Accupower RFIA 결과와 초기 Bioneer Accupower RFIA 결과 사이에 불일치가 나타날 경우 비교 기준을 제공하기 위해 양성 배양뿐만 아니라 직접 임상 샘플 모두에 대해 수행됩니다. 표현형 DST 및 추가 분자 테스트 결과(NGS 및 LPA). IRON qPCR에 대한 Bioneer Accupower Q-RFIA PCR 키트의 출력은 자동화되어 있으며 수동 해석이 필요하지 않습니다. 참조 테스트와 마찬가지로 모든 Bioneer Accupower RFIA 테스트 결과는 실험실 CRF에 기록됩니다.

GCP 성명 이 연구는 프로토콜, 헬싱키 선언, ICH-GCP, ISO 13485: 2016(해당되는 경우) 및 모든 국가 법률 및 규제 요구 사항을 준수하여 수행됩니다.