Klinické hodnocení soupravy Bioneer Accupower Q-RFIA PCR

Název Fáze II: Multicentrická klinická studie k posouzení výkonu soupravy Bioneer Accupower Q-RFIA PCR na IRON qPCR pro detekci INH-, RIF-, FQ- a AG-rezistence

Pozadí a zdůvodnění Důkazy o klinické diagnostické přesnosti a provozních charakteristikách soupravy Bioneer Accupower Q-RFIA PCR na IRON qPCR jsou potřebné pro komplexní vyhodnocení platnosti Bioneer RFIA a informování o globálním a národním politickém rozhodování.

Test Bioneer Accupower Q-RFIA. Produkt Investigational Use Only (IUO) je určen pro detekci MTB a mutací spojených s lékovou rezistencí RIF, INH, FQ a AMG. Test, který probíhá jako kazeta soupravy, se fyzicky skládá ze dvou částí; část těla pro extrakci nukleové kyseliny a PCR destička. Zásobník je určen k použití se systémem IRON qPCR.

Systém IRON qPCR poskytnutý pro tuto studii by měl být používán pouze pro testování produktů IUO a vzorků studie. Přístroj IRON qPCR vyvinutý společností Bioneer je určen pro použití v nižších zdravotnických systémech. Nástroj má malé rozměry (30,5 (W) x 27(D) x 39,5(V) cm), hmotnost (< 15 kg) a lze jej provozovat na baterii. Systém má schopnost plně automatizovat detekci 40 cílů a poskytnout vzorek k výsledku do 30 minut.) Hodnocený produkt bude přísně účtován, včetně příjmu a inventury, skladování, použití během studie a vrácení nebo likvidace, jak je podrobně uvedeno ve Studijní příručce pro tuto studii.

Další diagnostické testy (2. komparátory a referenční testy) poskytované pro použití v této studii jsou:

• Test Xpert MTB/RIF Ultra
• Test Xpert MTB/XDR
• Test Hain MTBDRplus
• Test Hain MTBDRsl Pokyny pro použití hodnoceného produktu (produktů) jsou uvedeny v příbalových informacích IP.

Test Bioneer Accupower Q-RFIA detekuje Mtb a mutace spojené s INH, RIF, FQ a rezistencí na aminoglykosidy přímo ze sputa. V souladu s tímto zamýšleným použitím budou klinické vzorky přímo testovány testem Bioneer Accupower Q-RFIA. Test však bude také použit k testování izolátu kultury. Toto dodatečné testování Bioneer Accupower RFIA testu umožní srovnání výkonu a neurčujících poměrů mezi testováním přímo ze vzorku a testováním z izolátu kultury. Bude také podporovat rozlišení potenciálních neshodných výsledků LPA a NGS z počátečního výsledku testu Bioneer Accupower Q-RFIA, protože tyto testy budou také prováděny z kultivačního izolátu (neshoda může vzniknout v důsledku infekcí směsí různých kmenů, pouze jeden kmen vyrostl v kultuře). Kromě toho, protože všechny testy budou provedeny na stejné kultuře, neexistuje také žádné riziko, že by jakýkoli test byl testován na vzorku jiné kvality.

Aby bylo možné efektivně vyhodnotit diagnostický výkon soupravy Bioneer Accupower Q-RFIA PCR na IRON qPCR, budou účastníci požádáni, aby poskytli ≥3 ml sputa (buď jedno sputum, nebo dva po sobě odebrané a spojené sputa). Spotové sputy by měly být spojeny a homogenizovány. U vzorků, kde byl od účastníka odebrán pouze jeden vzorek, je třeba vzorek homogenizovat. Stručně řečeno, po kroku mechanické homogenizace se vzorek sputa rozdělí a provedou se následující testy:

• Fluorescenční stěrová mikroskopie (FM stěr)
• Xpert MTB/RIF Ultra
• Test Xpert MTB/XDR
• Bioneer Accupower Q-RFIA

• Zkapalnění/dekontaminace pomocí NALC-NaOH s následnou resuspendací na PBS a inokulací na kultivační médium MGIT a Löwenstein-Jensen

  • Potvrzení pozitivních kultur MTB komplexem buď detekcí antigenu MPT64/MPB64 nebo PCR (GenoType) z každé pozitivní kultury.
  • Fenotypová DST pro testování INH, RIF, fluorochinolonu (moxifloxacin a levofloxacin), AMK a rezistence KAN bude provedena na první kultivaci pozitivní na MTB komplex na pacienta.
  • Molekulární testování ze všech potvrzených kultur MTB komplexu pomocí GenoType MTBDRplus a MTBDRsl
  • Sekvenování celého genomu bude provedeno pouze ze vzorků, kde je výsledek Bioneer (buď z testování sputa nebo kultury) v rozporu s fenotypovým DST
  • Bioneer Accupower Q-RFIA ze všech potvrzených kultur MTBC

Všechny výsledky diagnostických testů (stěr, Bioneer Accupower Q-RFIA na přímém vzorku, Xpert MTB/RIF Ultra na přímém vzorku, Xpert MTB/XDR na přímém vzorku, MGIT, LJ, Bioneer Accupower RFIA na kultivačním izolátu, MTBDRplus, MTBDRsl a fenotypové Výsledky DST) zaznamenají laboratorní technici pro každé místo na laboratorním CRF.

Retrospektivní vzorky vybrané z různých biobank budou zpracovány tak, jak je uvedeno na obrázku 2. V případě, že již bylo na retrospektivních vzorcích provedeno rutinní testování, není nutné opakovat FM smear a Xpert MTB/RIF nebo Ultra. Před zahájením studie manažer studie FIND vyhodnotí diagnostická data spojená s každým vzorkem, aby určil, které testování je třeba provést nebo opakovat pro každé místo. Pro každý vybraný vzorek bude proveden test Xpert MTB/XDR.

Referenční standardní test a postupy indexového testu Kultivace (LJ a MGIT), fenotypová DST a mikroskopie stěru budou prováděny na testovacích místech na základě místních SOP. Sekvenování celého genomu bude provedeno na centrálním místě podle standardizovaného protokolu, který poskytne FIND.

Každá zúčastněná laboratoř projde dálkovým laboratorním hodnocením za účelem posouzení systému managementu kvality laboratoře a konkrétněji k zajištění standardizovaného a vysoce kvalitního provádění rutinních testů včetně nátěru, kultivace a DST. Výsledky z referenčního standardního testování budou zaznamenávány techniky zaslepenými výsledky indexových testů, čímž se eliminuje riziko zkreslení recenze. Přítomnost MTB komplexu bude potvrzena u všech pacientů z pozitivní kultury pomocí rychlého testu založeného na MPT64 nebo NAAT schváleného WHO na kultivačním izolátu.

Kultivační referenční standard může být nedokonalý u paucibacilární (stěr-negativní) TBC. To může vést ke zkreslení odhadů přesnosti indexového testu: (i) citlivost může být nadhodnocena, když indexový test i referenční standard dávají negativní výsledky u pacienta s TBC; a (ii) specifita může být podhodnocena, když indexový test dává pozitivní výsledek u pacienta s TBC, který má negativní testy s referenčním standardem. Zkreslený odhad citlivosti je přijatelný, protože stále představuje smysluplný parametr (podíl kultivačně pozitivní TBC, který je také detekován indexovým testem). Protože se však u testů na TBC obvykle vyžaduje téměř dokonalá specificita, může být zkreslení ve specificitě problematické. Ke zmírnění rizika falešných „falešně pozitivních“ výsledků indexového testu budou ve všech případech provedeny celkem dvě kultivace (jedna MGIT a jedna kultivace LJ).

Složený referenční standard fenotypového DST a NGS bude použit pro detekci rezistence, aby byla zajištěna vysoká spolehlivost referenčního standardu pro tuto studii. Použití fenotypového DST jako referenčního standardu může být nedokonalé pro mutace s minimálními inhibičními koncentracemi kolem bodu zlomu příslušného léku. To může vést ke zkreslení v odhadech přesnosti indexového testu, kde (i) citlivost může být nadhodnocena, když indexový test i referenční standard dávají negativní výsledky na rezistenci; a (ii) specificita může být podhodnocena, když indexový test dává pozitivní výsledek na rezistenci, kde fenotypový DST dává negativní výsledek. Pro zmírnění tohoto rizika bude provedeno sekvenování pro všechny vzorky s rozdílným výsledkem mezi indexovým testem a fenotypovým DST. V rámci této studie budou výsledky sekvenování dostupné pouze pro výsledky, které jsou v rozporu mezi indexovým testem a pDST. Použití sekvenování pouze pro odlišné vzorky může také vést ke zkreslení v odhadech přesnosti pro indexový test v případech, kdy výsledky indexu i fenotypu DST jsou negativní na rezistenci a kde by sekvenování ukázalo přítomnost mutace. Toto riziko je však minimální, protože klinicky rezistentní mutace s výsledkem vnímavého fenotypu jsou vzácné a jejich genotypový základ není dobře znám. V takových případech je fenotypový výsledek DST stále považován za zlatý standard. Proto jsme považovali použití kompozitního referenčního standardu za přístup s nejnižším rizikem zkreslení celkově a použijeme jej pro primární analýzu.

Fenotypická MGIT DST bude provedena na kultivačním izolátu pro každý klinický vzorek. MGIT DST bude provedena na místě, aby se stanovila citlivost kultury na INH, RIF, moxifloxacin, levofloxacin, AMK a KAN v revidovaných kritických koncentracích WHO15. Sekvenování celého genomu bude provedeno u vzorků, kde je výsledek testu Bioneer (buď ze sputa nebo kultivačního testování) v rozporu s fenotypovým DST. Sekvenování celého genomu bude provedeno na DNA extrahované z kultivovaného vzorku. Výstup pro fenotypové výsledky DST i NGS je automatizovaný a nevyžaduje žádnou manuální interpretaci operátora. Výsledky testování, jakmile budou získány, budou vloženy do laboratorního CRF.

Indexový test bude proveden jak na přímém klinickém vzorku, tak na pozitivní kultuře, aby se zajistil vysoký diagnostický výkon Bioneer Accupower RFIA přímo ze sputa a poskytl základ pro srovnání, pokud se objeví nějaké neshody mezi počátečním výsledkem Bioneer Accupower RFIA a fenotypový DST a výsledky dalších molekulárních testů (NGS a LPA). Výstup pro soupravu Bioneer Accupower Q-RFIA PCR na IRON qPCR je automatizovaný a nevyžaduje manuální interpretaci. Stejně jako u referenčního testu budou všechny výsledky testů Bioneer Accupower RFIA zaznamenány do laboratorního CRF.

Prohlášení GCP Tato studie bude provedena v souladu s protokolem, Helsinskou deklarací, ICH-GCP, ISO 13485: 2016 (pokud existuje) a také se všemi národními právními a regulačními požadavky.