Valutazione clinica del kit Bioneer Accupower Q-RFIA PCR

Titolo Fase II: Studio clinico multicentrico per valutare le prestazioni del kit Bioneer Accupower Q-RFIA PCR su IRON qPCR per il rilevamento della resistenza INH, RIF, FQ e AG

Contesto e fondamento logico La prova dell'accuratezza diagnostica clinica e delle caratteristiche operative del kit Bioneer Accupower Q-RFIA PCR su IRON qPCR è necessaria per valutare in modo completo la validità di Bioneer RFIA e informare il processo decisionale politico globale e nazionale.

Il test Bioneer Accupower Q-RFIA. Il prodotto Solo per uso sperimentale (IUO) è destinato al rilevamento di MTB e mutazioni associate a resistenza ai farmaci RIF, INH, FQ e AMG. Il test che viene eseguito come cartuccia del kit è fisicamente costituito da due parti; una parte del corpo di estrazione nucleica e la piastra PCR. La cartuccia è destinata all'uso con il sistema IRON qPCR.

Il sistema IRON qPCR fornito per questo studio deve essere utilizzato solo per testare il prodotto IUO e i campioni di studio. Lo strumento IRON qPCR sviluppato da Bioneer è destinato all'uso nei sistemi sanitari inferiori. Lo strumento ha un ingombro ridotto ((30,5 (W) x 27 (P) x 39,5 (A) cm), peso (< 15 kg) e può essere utilizzato con una carica della batteria. Il sistema ha la capacità di automatizzare completamente il rilevamento di 40 bersagli e di fornire dal campione al risultato entro 30 minuti.) Il prodotto sperimentale sarà rigorosamente contabilizzato, inclusi ricevimento e inventario, conservazione, utilizzo durante la sperimentazione e restituzione o smaltimento, come dettagliato nel Manuale dello studio per questo studio.

Altri test diagnostici (secondi comparatori e test di riferimento) forniti per l'uso in questa sperimentazione sono:

• Saggio Xpert MTB/RIF Ultra
• Saggio Xpert MTB/XDR
• Saggio Hain MTBDRplus
• Dosaggio Hain MTBDRsl Le istruzioni per l'uso del/i prodotto/i sperimentale/i sono fornite nei foglietti illustrativi dell'IP.

Il test Bioneer Accupower Q-RFIA rileva Mtb e mutazioni associate a INH, RIF, FQ e resistenza agli aminoglicosidi direttamente dall'espettorato. In linea con questa destinazione d'uso, i campioni clinici saranno testati direttamente dal test Bioneer Accupower Q-RFIA. Tuttavia, il saggio verrà utilizzato anche per testare l'isolato di coltura. Questo ulteriore test del test Bioneer Accupower RFIA consentirà un confronto delle prestazioni e dei tassi non determinanti tra il test direttamente dal campione e il test dall'isolato di coltura. Supporterà anche la risoluzione di potenziali risultati LPA e NGS discordanti rispetto al risultato iniziale del test Bioneer Accupower Q-RFIA, poiché anche questi test verranno eseguiti dall'isolato di coltura (la discordanza può verificarsi a seguito di infezioni con una combinazione di ceppi diversi, con un solo ceppo cresciuto in coltura). Inoltre, poiché tutte le analisi verranno eseguite sulla stessa coltura, non vi è alcun rischio che un'analisi venga testata su un campione di qualità diversa.

Al fine di valutare in modo efficiente le prestazioni diagnostiche del kit Bioneer Accupower Q-RFIA PCR su IRON qPCR, ai partecipanti verrà chiesto di fornire ≥3 ml di espettorato (un singolo espettorato o due espettorati raccolti e raggruppati consecutivamente). L'espettorato spot dovrebbe essere raggruppato e omogeneizzato. Per i campioni in cui è stato raccolto un solo campione dal partecipante, il campione deve essere omogeneizzato. In breve, dopo una fase di omogeneizzazione meccanica, il campione di espettorato verrà suddiviso e verranno eseguiti i seguenti test:

• Microscopia a striscio di fluorescenza (striscio FM)
• Esperto MTB/RIF Ultra
• Saggio Xpert MTB/XDR
• Bioneer Accupower Q-RFIA

• Liquefazione/decontaminazione mediante NALC-NaOH seguita da risospensione su PBS e inoculazione su MGIT e terreni di coltura Löwenstein-Jensen

  • Conferma del complesso MTB di colture positive mediante rilevamento dell'antigene MPT64/MPB64 o PCR (GenoType) da ciascuna coltura positiva.
  • Il DST fenotipico per testare la resistenza a INH, RIF, fluorochinolone (moxifloxacina e levofloxacina), AMK e KAN sarà eseguito sulla prima coltura positiva per il complesso MTB per paziente.
  • Test molecolari da tutte le colture confermate del complesso MTB utilizzando GenoType MTBDRplus e MTBDRsl
  • Il sequenziamento dell'intero genoma verrà eseguito solo da campioni in cui il risultato Bioneer (dal test dell'espettorato o della coltura) è discordante con il DST fenotipico
  • Bioneer Accupower Q-RFIA da tutte le colture confermate MTBC

Tutti i risultati dei test diagnostici (striscio, Bioneer Accupower Q-RFIA su campione diretto, Xpert MTB/RIF Ultra su campione diretto, Xpert MTB/XDR su campione diretto, MGIT, LJ, Bioneer Accupower RFIA su isolato di coltura, MTBDRplus, MTBDRsl e fenotipico risultati DST) saranno registrati dai tecnici di laboratorio per ciascun sito sul CRF del laboratorio.

I campioni retrospettivi selezionati da diverse biobanche verranno elaborati come specificato nella Figura 2. Nel caso in cui i test di routine siano già stati eseguiti sui campioni retrospettivi, lo striscio FM e Xpert MTB/RIF o Ultra non devono essere ripetuti. Prima dell'inizio dello studio, il responsabile dello studio FIND valuterà i dati diagnostici collegati a ciascun campione per determinare quali test devono essere eseguiti o ripetuti per ciascun centro. Il test Xpert MTB/XDR verrà eseguito per ogni campione selezionato.

Test standard di riferimento e procedure di test dell'indice Coltura (LJ e MGIT), DST fenotipico e microscopia di striscio saranno eseguiti nei siti di test in base alle SOP locali. Il sequenziamento dell'intero genoma sarà eseguito in una posizione centrale seguendo un protocollo standardizzato che sarà fornito da FIND.

Ogni laboratorio partecipante sarà sottoposto a una valutazione di laboratorio remota per valutare il sistema di gestione della qualità del laboratorio e più specificamente per garantire prestazioni standardizzate e di alta qualità dei test di routine, inclusi striscio, coltura e DST. I risultati dei test standard di riferimento saranno registrati da tecnici all'oscuro dei risultati dei test indicizzati, eliminando il rischio di errori di revisione. La presenza del complesso MTB sarà confermata per tutti i pazienti da una coltura positiva utilizzando un test rapido basato su MPT64 o NAAT approvato dall'OMS sull'isolato della coltura.

Uno standard di riferimento colturale può essere imperfetto nella tubercolosi paucibacillare (striscio negativo). Ciò può portare a errori nelle stime di accuratezza del test indice: (i) la sensibilità può essere sovrastimata quando il test indice e lo standard di riferimento danno entrambi risultati negativi in ​​un paziente con tubercolosi; e (ii) la specificità può essere sottostimata quando il test indice dà un risultato positivo in un paziente con tubercolosi che risulta negativo con lo standard di riferimento. Una stima di sensibilità distorta è accettabile in quanto rappresenta ancora un parametro significativo (la proporzione di tubercolosi positiva alla coltura rilevata anche dal test indice). Tuttavia, poiché di solito è richiesta una specificità quasi perfetta per i test TB, la distorsione nella specificità può essere problematica. Per mitigare il rischio di risultati "falsi positivi" del test dell'indice spuri, in tutti i casi verrà eseguito un totale di due colture (una MGIT e una coltura LJ).

Uno standard di riferimento composito di DST fenotipico e NGS verrà utilizzato per il rilevamento della resistenza per garantire un'elevata affidabilità dello standard di riferimento per questo studio. L'uso dell'ora legale fenotipica come standard di riferimento può essere imperfetto per le mutazioni con concentrazioni inibitorie minime intorno al punto di interruzione del rispettivo farmaco. Ciò può portare a distorsioni nelle stime di accuratezza del test dell'indice in cui (i) la sensibilità può essere sovrastimata quando il test dell'indice e lo standard di riferimento danno entrambi risultati negativi per la resistenza; e (ii) la specificità può essere sottostimata quando il test indice dà un risultato positivo per la resistenza mentre il DST fenotipico dà un risultato negativo. Per mitigare questo rischio, il sequenziamento verrà eseguito per tutti i campioni con un risultato discrepante tra il test dell'indice e il DST fenotipico. Nell'ambito di questo studio, i risultati del sequenziamento saranno disponibili solo per i risultati discordanti tra il dosaggio dell'indice e il pDST. L'uso del sequenziamento solo per campioni discrepanti può anche portare a errori nelle stime di accuratezza per il dosaggio dell'indice per i casi in cui sia l'indice che i risultati fenotipici dell'ora legale sono negativi per la resistenza e in cui il sequenziamento avrebbe mostrato la presenza di una mutazione. Questo rischio è comunque minimo poiché le mutazioni clinicamente resistenti con un risultato fenotipico suscettibile sono rare e la loro base genotipica non è ben compresa. In tali casi il risultato fenotipico dell'ora legale è ancora considerato il gold standard. Pertanto, abbiamo considerato l'uso dello standard di riferimento composito l'approccio con il minor rischio di bias complessivo e lo utilizzeremo per l'analisi primaria.

La MGIT DST fenotipica verrà eseguita sull'isolato di coltura per ciascun campione clinico. MGIT DST sarà eseguito in loco per determinare la suscettibilità ai farmaci in coltura per INH, RIF, moxifloxacina, levofloxacina, AMK e KAN alle concentrazioni critiche dell'OMS riviste15. Il sequenziamento dell'intero genoma verrà eseguito per i campioni in cui il risultato del test Bioneer (dal test dell'espettorato o della coltura) è discordante con il DST fenotipico. Il sequenziamento dell'intero genoma sarà effettuato sul DNA estratto dal campione in coltura. L'output per entrambi i risultati fenotipici DST e NGS è automatizzato e non richiede alcuna interpretazione manuale da parte dell'operatore. I risultati dei test, una volta ottenuti, saranno inseriti nel CRF del laboratorio.

Il test indice verrà eseguito sia sul campione clinico diretto sia sulla coltura positiva, per garantire elevate prestazioni diagnostiche Bioneer Accupower RFIA direttamente dall'espettorato e per fornire una base per il confronto se si osservano eventuali discordanze tra il risultato iniziale Bioneer Accupower RFIA e l'ora legale fenotipica e ulteriori risultati di test molecolari (NGS e LPA). L'output per il kit Bioneer Accupower Q-RFIA PCR su IRON qPCR è automatizzato e non richiede interpretazione manuale. Come per il test di riferimento, tutti i risultati del test Bioneer Accupower RFIA saranno annotati sulla CRF del laboratorio.

Dichiarazione GCP Questo studio sarà condotto in conformità con il protocollo, la Dichiarazione di Helsinki, ICH-GCP, ISO 13485: 2016 (se applicabile) e tutti i requisiti legali e normativi nazionali.