Клиническая оценка комплекта для ПЦР Accupower Q-RFIA от Bioneer

Название Фаза II: Многоцентровое клиническое исследование для оценки эффективности набора для ПЦР Accupower Q-RFIA от Bioneer на количественную ПЦР на железо для обнаружения устойчивости к INH, RIF, FQ и AG

Предыстория и обоснование Доказательства клинической диагностической точности и рабочих характеристик набора Bioneer Accupower Q-RFIA PCR Kit для количественной ПЦР IRON необходимы для всесторонней оценки валидности Bioneer RFIA и предоставления информации для принятия решений на глобальном и национальном уровнях.

Анализ Bioneer Accupower Q-RFIA. Продукт только для исследовательского использования (IUO) предназначен для обнаружения MTB и мутаций, связанных с лекарственной устойчивостью к RIF, INH, FQ и AMG. Анализ, который выполняется в виде картриджа комплекта, физически состоит из двух частей; часть тела для выделения нуклеиновых кислот и планшет для ПЦР. Картридж предназначен для использования с системой IRON qPCR.

Система IRON qPCR, предоставленная для этого исследования, должна использоваться только для тестирования продуктов IUO и исследуемых образцов. Прибор IRON qPCR, разработанный Bioneer, предназначен для использования в системах здравоохранения более низкого уровня. Прибор занимает мало места ((30,5(Вт) x 27(Г) x 39,5(В) см), вес (< 15 кг) и может работать от аккумулятора. Система имеет возможность полностью автоматизировать обнаружение 40 целей и предоставить образец для получения результата в течение 30 минут.) Исследуемый продукт будет строго учитываться, включая получение и инвентаризацию, хранение, использование во время испытания, а также возврат или утилизацию, как подробно описано в Руководстве по исследованию для этого исследования.

Другие диагностические тесты (вторые компараторы и эталонные тесты), предназначенные для использования в этом испытании:

• Анализ Xpert MTB/RIF Ultra
• Анализ Xpert MTB/XDR
• Анализ Hain MTBDRplus
• Анализ Hain MTBDRsl Инструкции по применению исследуемого продукта (ов) содержатся во вкладышах к упаковке IP.

Анализ Bioneer Accupower Q-RFIA выявляет Mtb и мутации, связанные с устойчивостью к INH, RIF, FQ и аминогликозидам, непосредственно из мокроты. В соответствии с этим предполагаемым использованием клинические образцы будут тестироваться непосредственно с помощью анализа Bioneer Accupower Q-RFIA. Однако анализ также будет использоваться для тестирования изолята культуры. Этот дополнительный анализ Bioneer Accupower RFIA позволит сравнить производительность и недетерминантные показатели между тестированием непосредственно на образце и тестированием на культуральном изоляте. Он также будет поддерживать устранение потенциальных несоответствий результатов LPA и NGS по первоначальному результату теста Bioneer Accupower Q-RFIA, поскольку эти тесты также будут выполняться на культуральном изоляте (расхождение может возникнуть в результате инфицирования смесью различных штаммов, в культуре выращивается только один штамм). Кроме того, поскольку все анализы будут выполняться на одной и той же культуре, также отсутствует риск того, что какой-либо анализ будет протестирован на образце другого качества.

Чтобы эффективно оценить диагностическую эффективность набора Bioneer Accupower Q-RFIA PCR Kit для количественной ПЦР IRON, участников попросят предоставить ≥3 мл мокроты (либо одну мокроту, либо две последовательно собранные и объединенные мокроты). Образовавшуюся мокроту следует объединить и гомогенизировать. Для образцов, в которых у участника был взят только один образец, образец необходимо гомогенизировать. Вкратце, после этапа механической гомогенизации образец мокроты разделят и проведут следующие тесты:

• Флуоресцентная микроскопия мазка (FM мазок)
• Эксперт МТБ/РИФ Ультра
• Анализ Xpert MTB/XDR
• Bioneer Accupower Q-RFIA

• Разжижение/обеззараживание с помощью NALC-NaOH с последующим ресуспендированием на PBS и инокуляцией на культуральные среды MGIT и Левенштейна-Йенсена.

  • Подтверждение положительных культур MTB-комплексом путем обнаружения антигена MPT64/MPB64 или ПЦР (GenoType) из каждой положительной культуры.
  • Фенотипическое ТЛЧ для тестирования устойчивости к INH, RIF, фторхинолонам (моксифлоксацин и левофлоксацин), AMK и KAN будет проводиться на первой положительной культуре на комплекс MTB у каждого пациента.
  • Молекулярное тестирование всех культур с подтвержденным комплексом MTB с использованием GenoType MTBDRplus и MTBDRsl
  • Секвенирование всего генома будет проводиться только для тех образцов, в которых результат Bioneer (из анализа мокроты или культуры) расходится с фенотипическим ТЛЧ.
  • Bioneer Accupower Q-RFIA для всех культур, подтвержденных MTBC

Все результаты диагностических тестов (мазок, Bioneer Accupower Q-RFIA на прямом образце, Xpert MTB/RIF Ultra на прямом образце, Xpert MTB/XDR на прямом образце, MGIT, LJ, Bioneer Accupower RFIA на культуральном изоляте, MTBDRplus, MTBDRsl и фенотипические результаты ТЛЧ) будут регистрироваться лаборантами для каждого учреждения в лабораторной ИРК.

Ретроспективные образцы, отобранные из разных биобанков, будут обрабатываться, как указано на рис. 2. В случае, если стандартное тестирование ретроспективных образцов уже проводилось, мазок FM и Xpert MTB/RIF или Ultra не нужно повторять. Перед началом исследования руководитель исследования FIND оценит диагностические данные, связанные с каждым образцом, чтобы определить, какое тестирование необходимо провести или повторить для каждого места. Тест Xpert MTB/XDR будет проводиться для каждого выбранного образца.

Справочные стандартные процедуры тестирования и процедуры индексного тестирования Посев (LJ и MGIT), фенотипическое ТЛЧ и микроскопия мазка будут проводиться в местах тестирования на основе местных СОП. Секвенирование всего генома будет проводиться в центральном офисе в соответствии со стандартизированным протоколом, который будет предоставлен FIND.

Каждая участвующая лаборатория пройдет удаленную лабораторную оценку для оценки системы управления качеством лаборатории и, в частности, для обеспечения стандартизированного и высококачественного выполнения рутинных тестов, включая мазок, посев и ТЛЧ. Результаты эталонного стандартного тестирования будут записываться техническими специалистами, не имеющими доступа к индексным результатам тестирования, что устраняет риск систематической ошибки при проверке. Наличие комплекса MTB будет подтверждено для всех пациентов из положительной культуры с использованием экспресс-теста на основе MPT64 или одобренного ВОЗ МАНК на культуральном изоляте.

Эталонный стандарт культуры может быть несовершенным при олигобациллярном (отрицательном по мазку) ТБ. Это может привести к систематической ошибке в оценках точности индексного теста: (i) чувствительность может быть завышена, когда индексный тест и эталонный стандарт дают отрицательные результаты у пациента с ТБ; и (ii) специфичность может быть недооценена, когда индексный тест дает положительный результат у пациента с ТБ, который дал отрицательный результат при использовании эталонного стандарта. Предвзятая оценка чувствительности приемлема, поскольку она по-прежнему представляет собой значимый параметр (доля ТБ с положительным посевом, который также выявляется индексным тестом). Однако, поскольку от тестов на ТБ обычно требуется почти идеальная специфичность, погрешность в специфичности может быть проблематичной. Чтобы снизить риск ложноположительных результатов ложноположительного индексного теста, во всех случаях будет проведено всего два посева (один MGIT и один LJ).

Составной эталонный стандарт фенотипического ТЛЧ и NGS будет использоваться для обнаружения резистентности, чтобы обеспечить высокую достоверность эталонного стандарта для этого исследования. Использование фенотипического ТЛЧ в качестве эталонного стандарта может быть несовершенным для мутаций с минимальными ингибирующими концентрациями в районе пограничной точки соответствующего препарата. Это может привести к систематической ошибке в оценках точности теста индекса, когда (i) чувствительность может быть завышена, когда тест индекса и эталонный стандарт дают отрицательные результаты для устойчивости; и (ii) специфичность может быть недооценена, когда индексный тест дает положительный результат на устойчивость, тогда как фенотипический ТЛЧ дает отрицательный результат. Чтобы снизить этот риск, секвенирование будет проводиться для всех образцов с расхождением результатов между индексным анализом и фенотипическим ТЛЧ. В рамках этого исследования результаты секвенирования будут доступны только для результатов, которые не согласуются между анализом индекса и pDST. Использование секвенирования только для несоответствующих образцов может также привести к систематической ошибке в оценках точности анализа индекса в случаях, когда результаты как индекса, так и фенотипического ТЛЧ отрицательны в отношении резистентности и когда секвенирование показало бы наличие мутации. Однако этот риск минимален, поскольку клинически устойчивые мутации с чувствительным фенотипом встречаются редко, а их генотипическая основа недостаточно изучена. В таких случаях фенотипический результат ТЛЧ по-прежнему считается золотым стандартом. Таким образом, мы посчитали использование составного эталонного стандарта подходом с наименьшим риском систематической ошибки в целом и будем использовать его для первичного анализа.

Фенотипическое ТЛЧ MGIT будет проводиться на культуральном изоляте для каждого клинического образца. MGIT DST будет проводиться на месте для определения культуральной чувствительности к INH, RIF, моксифлоксацину, левофлоксацину, AMK и KAN при критических концентрациях, пересмотренных ВОЗ15. Секвенирование всего генома будет выполнено для образцов, в которых результат анализа Bioneer (из мокроты или культурального исследования) не соответствует фенотипическому ТЛЧ. Секвенирование всего генома будет выполнено на основе ДНК, извлеченной из культивируемого образца. Вывод как фенотипических результатов ТЛЧ, так и результатов NGS автоматизирован и не требует ручной интерпретации оператором. Результаты тестирования, когда они будут получены, будут внесены в лабораторную ИРК.

Показательный тест будет выполняться как на прямом клиническом образце, так и на положительной культуре, чтобы обеспечить высокую диагностическую эффективность Bioneer Accupower RFIA непосредственно из мокроты и обеспечить основу для сравнения, если будут замечены какие-либо несоответствия между исходным результатом Bioneer Accupower RFIA и фенотипическое ТЛЧ и результаты дополнительных молекулярных тестов (NGS и LPA). Выходные данные набора Bioneer Accupower Q-RFIA PCR на IRON qPCR автоматизированы и не требуют ручной интерпретации. Как и в случае эталонного теста, все результаты теста Bioneer Accupower RFIA будут отмечены в лабораторной ИРК.

Заявление GCP Это исследование будет проводиться в соответствии с протоколом, Хельсинкской декларацией, ICH-GCP, ISO 13485: 2016 (если применимо), а также всеми национальными законодательными и нормативными требованиями.