Ocena kliniczna zestawu Bioneer Accupower Q-RFIA PCR

Tytuł Faza II: Wieloośrodkowe badanie kliniczne oceniające działanie zestawu Bioneer Accupower Q-RFIA PCR na IRON qPCR do wykrywania oporności na INH-, RIF-, FQ- i AG

Tło i uzasadnienie Do wszechstronnej oceny zasadności testu Bioneer RFIA i informowania o podejmowaniu decyzji dotyczących globalnej i krajowej polityki potrzebne są dowody potwierdzające kliniczną dokładność diagnostyczną i charakterystykę operacyjną zestawu Bioneer Accupower Q-RFIA PCR na IRON qPCR.

Test Bioneer Accupower Q-RFIA. Produkt przeznaczony wyłącznie do użytku badawczego (IUO) jest przeznaczony do wykrywania MTB i mutacji związanych z opornością na leki RIF, INH, FQ i AMG. Test, który jest przeprowadzany jako kaseta z zestawem, fizycznie składa się z dwóch części; część ciała do ekstrakcji jądra i płytkę do PCR. Kaseta jest przeznaczona do użytku z systemem IRON qPCR.

System IRON qPCR dostarczony do tego badania powinien być używany wyłącznie do testowania produktu IUO i próbek do badań. Urządzenie IRON qPCR opracowane przez firmę Bioneer jest przeznaczone do stosowania w niższych systemach opieki zdrowotnej. Przyrząd zajmuje niewiele miejsca ((30,5(W) x 27 (gł.) x 39,5 (wys.) cm), waga (< 15 kg) i może być zasilany akumulatorem. System ma możliwość pełnej automatyzacji wykrywania 40 celów i dostarczenia próbki do wyniku w ciągu 30 minut). Badany produkt zostanie dokładnie rozliczony, w tym odbiór i inwentaryzacja, przechowywanie, użycie podczas badania oraz zwrot lub utylizacja, jak wyszczególniono w Podręczniku badania dotyczącym tego badania.

Inne testy diagnostyczne (drugie testy porównawcze i testy referencyjne) przewidziane do użycia w tym badaniu to:

• Test Xpert MTB/RIF Ultra
• Test Xpert MTB/XDR
• Test Haina MTBDRplus
• Test Hain MTBDRsl Instrukcje dotyczące stosowania badanego produktu (produktów) znajdują się w ulotkach dołączonych do opakowania IP.

Test Bioneer Accupower Q-RFIA wykrywa Mtb i mutacje związane z opornością na INH, RIF, FQ i aminoglikozydy bezpośrednio z plwociny. Zgodnie z zamierzonym zastosowaniem próbki kliniczne będą bezpośrednio badane za pomocą testu Bioneer Accupower Q-RFIA. Jednak test będzie również używany do testowania izolatu hodowli. To dodatkowe badanie za pomocą testu Bioneer Accupower RFIA umożliwi porównanie wydajności i współczynników niedeterministycznych między testami bezpośrednio z próbki i testami z izolatu hodowli. Wesprze również rozwiązywanie potencjalnych niezgodności wyników LPA i NGS z początkowym wynikiem testu Bioneer Accupower Q-RFIA, ponieważ testy te będą również wykonywane z izolatu hodowlanego (niezgodność może powstać w wyniku infekcji mieszanką różnych szczepów, z tylko jednym szczepem wyhodowanym w kulturze). Ponadto, ponieważ wszystkie testy zostaną przeprowadzone na tej samej hodowli, nie ma również ryzyka, że ​​jakikolwiek test zostanie przetestowany na próbce o innej jakości.

Aby skutecznie ocenić wydajność diagnostyczną zestawu Bioneer Accupower Q-RFIA PCR na IRON qPCR, uczestnicy zostaną poproszeni o dostarczenie ≥3 ml plwociny (pojedynczej plwociny lub dwóch kolejno pobranych i zebranych plwociny). Plwocinę punktową należy zebrać i zhomogenizować. W przypadku próbek, w przypadku których od uczestnika pobrano tylko jedną próbkę, próbkę należy poddać homogenizacji. W skrócie, po etapie mechanicznej homogenizacji próbka plwociny zostanie podzielona i przeprowadzone zostaną następujące testy:

• Mikroskopia rozmazu fluorescencyjnego (rozmaz FM)
• Xpert MTB/RIF Ultra
• Test Xpert MTB/XDR
• Bioneer Accupower Q-RFIA

• Upłynnianie/odkażanie za pomocą NALC-NaOH, a następnie ponowne zawieszenie w PBS i inokulacja na pożywkach hodowlanych MGIT i Löwenstein-Jensen

  • Kompleksowe potwierdzenie dodatnich hodowli MTB przez wykrywanie antygenu MPT64/MPB64 lub PCR (GenoType) z każdej pozytywnej hodowli.
  • Fenotypowy DST w celu zbadania oporności na INH, RIF, fluorochinolony (moksyfloksacynę i lewofloksacynę), AMK i KAN zostanie przeprowadzony na pierwszej hodowli dodatniej dla kompleksu MTB na pacjenta.
  • Testy molekularne ze wszystkich potwierdzonych kultur MTB-complex przy użyciu GenoType MTBDRplus i MTBDRsl
  • Sekwencjonowanie całego genomu zostanie wykonane tylko z próbek, w przypadku których wynik Bioneer (z badania plwociny lub posiewu) jest niezgodny z fenotypowym DST
  • Bioneer Accupower Q-RFIA ze wszystkich kultur potwierdzonych przez MTBC

Wszystkie wyniki testów diagnostycznych (rozmaz, Bioneer Accupower Q-RFIA na próbce bezpośredniej, Xpert MTB/RIF Ultra na próbce bezpośredniej, Xpert MTB/XDR na próbce bezpośredniej, MGIT, LJ, Bioneer Accupower RFIA na izolacie hodowlanym, MTBDRplus, MTBDRsl i wyniki DST) zostaną zapisane przez techników laboratoryjnych dla każdego miejsca na laboratoryjnej CRF.

Próbki retrospektywne wybrane z różnych biobanków będą przetwarzane zgodnie z rysunkiem 2. W przypadku, gdy na próbkach retrospektywnych przeprowadzono już rutynowe badanie, nie trzeba powtarzać rozmazu FM i Xpert MTB/RIF lub Ultra. Przed rozpoczęciem badania kierownik badania FIND oceni dane diagnostyczne powiązane z każdą próbką, aby określić, które badania należy wykonać lub powtórzyć dla każdego ośrodka. Dla każdej wybranej próbki zostanie przeprowadzony test Xpert MTB/XDR.

Standardowy test referencyjny i procedury testu indeksowego Hodowla (LJ i MGIT), fenotypowa DST i mikroskopia rozmazowa zostaną przeprowadzone w ośrodkach testowych w oparciu o lokalne standardowe procedury operacyjne. Sekwencjonowanie całego genomu zostanie przeprowadzone w centralnej lokalizacji zgodnie ze standardowym protokołem dostarczonym przez FIND.

Każde uczestniczące laboratorium zostanie poddane zdalnej ocenie laboratoryjnej w celu oceny systemu zarządzania jakością laboratorium, a dokładniej w celu zapewnienia ustandaryzowanej i wysokiej jakości wykonywania rutynowych testów, w tym rozmazu, posiewu i DST. Wyniki testów wzorców referencyjnych będą rejestrowane przez techników, którzy nie znają wyników testów indeksowych, co eliminuje ryzyko stronniczości recenzji. Obecność kompleksu MTB zostanie potwierdzona u wszystkich pacjentów z hodowli dodatniej za pomocą szybkiego testu opartego na MPT64 lub zatwierdzonego przez WHO NAAT na izolacie hodowlanym.

Standard referencyjny hodowli może być niedoskonały w przypadku gruźlicy paucibacillary (ujemnej w rozmazie). Może to prowadzić do błędu systematycznego w szacunkach dokładności testu wskaźnikowego: (i) czułość może być przeszacowana, gdy zarówno test wskaźnikowy, jak i wzorzec referencyjny dają wyniki ujemne u pacjenta z gruźlicą; oraz (ii) specyficzność może być niedoszacowana, gdy test wskaźnikowy daje wynik pozytywny u pacjenta z gruźlicą, u którego wynik testu wzorcowego jest ujemny. Obciążona ocena czułości jest akceptowalna, ponieważ nadal reprezentuje znaczący parametr (odsetek gruźlicy z dodatnim wynikiem hodowli, który jest również wykrywany przez test wskaźnikowy). Jednakże, ponieważ w przypadku testów na gruźlicę zwykle wymagana jest prawie doskonała specyficzność, błąd w specyficzności może być problematyczny. Aby ograniczyć ryzyko fałszywych „fałszywie dodatnich” wyników testu indeksowego, we wszystkich przypadkach zostaną wykonane łącznie dwie hodowle (jedna hodowla MGIT i jedna kultura LJ).

Złożony standard referencyjny fenotypowego DST i NGS zostanie użyty do wykrywania oporności, aby zapewnić wysoką pewność standardu referencyjnego dla tego badania. Stosowanie fenotypowego DST jako wzorca odniesienia może być niedoskonałe w przypadku mutacji o minimalnym stężeniu hamującym wokół punktu przerwania odpowiedniego leku. Może to prowadzić do błędu systematycznego w oszacowaniach dokładności testu indeksowego, gdzie (i) czułość może być przeszacowana, gdy zarówno test indeksowy, jak i wzorzec odniesienia dają wyniki ujemne dla odporności; oraz (ii) specyficzność może być niedoszacowana, gdy test wskaźnikowy daje wynik dodatni w odniesieniu do odporności, podczas gdy fenotypowy DST daje wynik ujemny. Aby ograniczyć to ryzyko, sekwencjonowanie zostanie przeprowadzone dla wszystkich próbek z rozbieżnymi wynikami między testem indeksu a fenotypowym DST. W ramach tego badania wyniki sekwencjonowania będą dostępne tylko dla wyników niezgodnych między testem indeksu a pDST. Stosowanie sekwencjonowania tylko w przypadku rozbieżnych próbek może również prowadzić do błędu w oszacowaniach dokładności dla testu wskaźnikowego w przypadkach, w których zarówno wyniki wskaźnikowe, jak i fenotypowe DST są ujemne pod względem oporności, a sekwencjonowanie wykazałoby obecność mutacji. Ryzyko to jest jednak minimalne, ponieważ klinicznie oporne mutacje z wynikiem podatnego fenotypu są rzadkie, a ich podłoże genotypowe nie jest dobrze poznane. W takich przypadkach fenotypowy wynik DST jest nadal uważany za złoty standard. Dlatego uznaliśmy użycie złożonego standardu odniesienia za podejście o najniższym ogólnym ryzyku błędu systematycznego i użyjemy go do analizy pierwotnej.

Fenotypowy MGIT DST zostanie przeprowadzony na izolacie hodowlanym dla każdej próbki klinicznej. MGIT DST zostanie przeprowadzony na miejscu w celu określenia lekowrażliwości hodowli na INH, RIF, moksyfloksacynę, lewofloksacynę, AMK i KAN przy zweryfikowanych stężeniach krytycznych WHO15. Sekwencjonowanie całego genomu zostanie przeprowadzone dla próbek, w przypadku których wynik testu Bioneer (z badania plwociny lub hodowli) jest niezgodny z fenotypowym DST. Sekwencjonowanie całego genomu zostanie przeprowadzone na DNA wyekstrahowanym z hodowanej próbki. Dane wyjściowe zarówno fenotypowych wyników DST, jak i wyników NGS są zautomatyzowane i nie wymagają ręcznej interpretacji przez operatora. Uzyskane wyniki badań zostaną wprowadzone do laboratorium CRF.

Test wskaźnikowy zostanie przeprowadzony zarówno na bezpośredniej próbce klinicznej, jak i na posiewie dodatnim, aby zapewnić wysoką skuteczność diagnostyczną Bioneer Accupower RFIA bezpośrednio z plwociny i zapewnić podstawę do porównania, jeśli zostaną zauważone jakiekolwiek niezgodności między początkowym wynikiem Bioneer Accupower RFIA a fenotypowy DST i dodatkowe wyniki badań molekularnych (NGS i LPA). Dane wyjściowe zestawu Bioneer Accupower Q-RFIA PCR na IRON qPCR są zautomatyzowane i nie wymagają ręcznej interpretacji. Podobnie jak w przypadku testu referencyjnego, wszystkie wyniki testu Bioneer Accupower RFIA zostaną zapisane w laboratoryjnym CRF.

Oświadczenie GCP To badanie zostanie przeprowadzone zgodnie z protokołem, Deklaracją Helsińską, ICH-GCP, ISO 13485: 2016 (jeśli ma zastosowanie), a także wszystkimi krajowymi wymogami prawnymi i regulacyjnymi.