열성 운동실조 진단을 위한 임상 알고리즘의 검증 (BASE-AAR)
열성 소뇌 운동실조 진단을 위한 임상 알고리즘의 검증을 위한 유전 데이터의 베이스(차세대 시퀀싱으로 획득) 활용
열성 소뇌 실조증(ARCA)의 임상 진단 분야는 특히 복잡하며 NGS(Next Generation Sequencing) 기술은 이 신경 유전학 분야에 혁명을 일으켰습니다. 현재 과제는 다음과 같은 이유로 NGS에서 생성된 유전자 데이터의 분석을 최적화하는 것입니다. 50% 미만의 진단 수율; 변형의 해석은 때때로 매우 어렵습니다. 이러한 최적화 목적을 위해 스트라스부르 대학 병원 팀은 124개의 임상 및 준임상 매개변수(문헌 데이터에서 파생됨)를 기반으로 하는 컴퓨터 알고리즘을 개발했습니다. ARCA가 의심되는 맥락에서 분석(> 60개의 알려진 유전자); 이 알고리즘은 유전적으로 확인된 ARCA(감각 92%, 사양 95%)가 있는 834명의 환자에서 후향적으로 검증되었습니다. 그러나 이 834명의 환자는 종종 문헌에 설명된 것과 동일하고 알고리즘의 정교화에 사용됩니다. 이는 알고리즘의 초기 평가에 편견을 도입하므로 ARCA가 의심되는 환자 집단(발견된 유전적 돌연변이 유무에 관계없이)에서 임상 실습에서 검증이 필요합니다. 동시에 몽펠리에의 유전학 연구소는 알고리즘에 의해 예측된 유전자에 표적 방식으로 적용될 수 있는 복제수 변이(CNV) 검색을 위한 생물정보학적 방법을 개발했습니다.
이 연구의 주요 목표는 ARCA의 NGS 분자 진단을 위한 반자동 임상 알고리즘의 검증입니다. 두 번째 목표는 표적 생물정보학 분석과 결합된 이 알고리즘의 적용이 NGS 분석의 진단 수율을 증가시킬 수 있는지 평가하는 것입니다.
연구 개요
상태
정황
상세 설명
연구 유형
등록 (실제)
연락처 및 위치
연구 장소
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Montpellier, 프랑스, 34295
- UH Montpellier
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참여기준
자격 기준
공부할 수 있는 나이
건강한 자원 봉사자를 받아들입니다
연구 대상 성별
샘플링 방법
연구 인구
설명
포함 기준:
- 가능성 있는 유전적 기원의 순수 또는 복합 소뇌 실조증의 우세한 표현형을 가짐(후천적, 염증성, 종양성, 감염성 또는 독성 형태 제외 후) - 50세 이전에 시작함; - 열성 전파 양상을 불러일으킴(산발적 사례, 영향을 받는 형제자매, 부모의 혈족 관계) - CAG 확장(SCA1, SCA2, SCA3, SCA6, SCA7) 및 FMR1 유전자의 전돌연변이로 인한 우성 유전형 (45세 이후에 발병한 경우)
제외 기준:
- 의료 파일에 포함된 데이터의 컴퓨터 처리에 반대합니다.
공부 계획
연구는 어떻게 설계됩니까?
디자인 세부사항
- 관찰 모델: 케이스 전용
- 시간 관점: 회고전
연구는 무엇을 측정합니까?
주요 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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알고리즘의 예측과 표준 NGS 분석 결과의 일치
기간: 1 일
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상염색체 열성 소뇌 실조증(ARCA)이 의심되는 환자에서 NGS(Next Generation Sequencing)로 얻은 분자 진단을 안내하도록 설계된 반자동 임상 알고리즘을 임상 실습에서 검증하기 위해 알고리즘 예측 간의 일치를 측정합니다. 표준 NGS 분석 결과.
각 환자에 대해 일치는 다음과 같이 정의됩니다. 1) 알고리즘에 의해 가장 높은 확률로 예측된 처음 5개 유전자 중 하나는 NGS 분석 후 발견된 돌연변이 유전자이기도 합니다. 2) 알고리즘에 의해 예측된 유전자가 없고(= 예측 점수 > 20인 유전자가 없음) NGS 분석 후 돌연변이가 발견되지 않은 경우.
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1 일
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2차 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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표준 NGS 분석이 유익하지 않은 반면, 알고리즘에 기반한 예측이 올바른 진단을 제안한 환자의 비율
기간: 1 일
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2차 목적은 표적 생물정보 분석과 결합된 이 알고리즘의 적용이 기존 방식으로 수행된 NGS 분석과 비교하여 진단 수율을 변경하는지 여부를 평가하는 것입니다.
따라서 2차 결과는 알고리즘에 기반한 예측이 올바른 진단을 제시한 환자의 비율(표적 생물정보학적 분석을 적용한 후 NGS에서 파생된 유전 데이터를 검토한 후 두 번째로 확인됨)이 될 것입니다. 표준 NGS 분석(알고리즘 예측에 눈이 멀었음)은 유익하지 않았습니다.
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1 일
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공동 작업자 및 조사자
수사관
- 수석 연구원: Cecilia Marelli, MD, University Hospitals of Montpellier
연구 기록 날짜
연구 주요 날짜
연구 시작 (실제)
기본 완료 (실제)
연구 완료 (실제)
연구 등록 날짜
최초 제출
QC 기준을 충족하는 최초 제출
처음 게시됨 (실제)
연구 기록 업데이트
마지막 업데이트 게시됨 (실제)
QC 기준을 충족하는 마지막 업데이트 제출
마지막으로 확인됨
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