Validering av en klinisk algoritme for diagnose av recessive ataksier (BASE-AAR)
Utnyttelse av en base av genetiske data (oppnådd ved neste generasjons sekvensering) for validering av en klinisk algoritme for diagnostisering av recessive cerebellare ataksier
Feltet for klinisk diagnose av recessive cerebellare ataksier (ARCA) er spesielt komplekst og neste generasjons sekvenseringsteknikker (NGS) har revolusjonert dette nevrogenetiske feltet. Den nåværende utfordringen er å optimalisere analysen av genetiske data generert av NGS fordi: behandlingen av data forblir svært arbeidskrevende; diagnostisk utbytte mindre enn 50%; tolkningen av variantene noen ganger veldig vanskelig. For dette formålet med optimalisering har teamet ved Universitetssykehuset i Strasbourg utviklet en datamaskinalgoritme basert på 124 kliniske og para-kliniske parametere (avledet fra dataene i litteraturen), nyttig for å veilede genene som skal prioriteres av genetiske analyse, i sammenheng med en mistanke om ARCA (> 60 kjente gener); denne algoritmen ble validert retrospektivt hos 834 pasienter med genetisk bekreftet ARCA (92 % Sense, 95 % Spec). Imidlertid er disse 834 pasientene ofte de samme som de som er beskrevet i litteraturen og brukt til å utarbeide algoritmen. Dette introduserer en skjevhet i den innledende evalueringen av algoritmen, som derfor krever validering i klinisk praksis, fra en gruppe pasienter henvist for mistenkt ARCA (med eller uten en funnet genetisk mutasjon). Samtidig har Montpelliers genetikklaboratorium utviklet en bioinformatisk metode for søk etter kopiantallvariasjoner (CNV) som kan brukes på en målrettet måte på genene som algoritmen forutsier.
Hovedmålet med denne studien er validering av en semi-automatisert klinisk algoritme for NGS molekylær diagnose av ARCA; det sekundære målet er å vurdere om bruken av denne algoritmen kombinert med en målrettet bioinformatisk analyse kan øke det diagnostiske utbyttet av NGS-analysen.
Studieoversikt
Status
Forhold
Detaljert beskrivelse
Studietype
Registrering (Faktiske)
Kontakter og plasseringer
Studiesteder
-
-
-
Montpellier, Frankrike, 34295
- UH Montpellier
-
-
Deltakelseskriterier
Kvalifikasjonskriterier
Alder som er kvalifisert for studier
Tar imot friske frivillige
Kjønn som er kvalifisert for studier
Prøvetakingsmetode
Studiepopulasjon
Beskrivelse
Inklusjonskriterier:
- har en dominerende fenotype av ren eller kompleks cerebellar ataksi av sannsynlig genetisk opprinnelse (etter utelukkelse av ervervede, inflammatoriske, tumorale, smittsomme eller toksiske former) - har startet før fylte 50 år; - fremkaller en modalitet av recessiv overføring (sporadiske tilfeller, brødre eller søstre påvirket, slektskap til foreldrene) - der dominerende genetiske former på grunn av CAG-ekspansjon (SCA1, SCA2, SCA3, SCA6, SCA7) og pre-mutasjon av FMR1-genet (hvis debuterer etter 45 år)
Ekskluderingskriterier:
- protestere mot databehandling av dataene i den medisinske filen.
Studieplan
Hvordan er studiet utformet?
Designdetaljer
- Observasjonsmodeller: Bare etui
- Tidsperspektiver: Retrospektiv
Hva måler studien?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Overensstemmelse mellom prediksjonen av algoritmen og resultatet av standard NGS-analyse
Tidsramme: 1 dag
|
For å validere i klinisk praksis en semi-automatisert klinisk algoritme designet for å veilede den molekylære diagnosen oppnådd ved Next Generation Sequencing (NGS) hos pasienter med mistenkt Autosomal Recessive Cerebellar Ataxia (ARCA), vil vi måle samsvaret mellom prediksjonen av algoritmen og resultatet av standard NGS-analysen.
For hver pasient er avtalen definert som: 1) et av de første 5 genene som er forutsagt med høyest sannsynlighet av algoritmen, er også det muterte genet funnet etter NGS-analysen; 2) hvis ingen gen er predikert av algoritmen (= ingen av genet har en prediksjonsscore > 20) og ingen mutasjon er funnet etter NGS-analyser.
|
1 dag
|
Sekundære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Andel av pasienter som prediksjonen basert på algoritmen foreslo riktig diagnose, mens standard NGS-analyse ikke var informativ
Tidsramme: 1 dag
|
Det sekundære målet er å evaluere om bruken av denne algoritmen, kombinert med en målrettet bioinformatisk analyse, endrer det diagnostiske utbyttet sammenlignet med en NGS-analyse utført på en konvensjonell måte.
Derfor vil det sekundære utfallet være prosentandelen av pasienter som prediksjonen basert på algoritmen foreslo den korrigerte diagnosen for (bekreftet en gang etter gjennomgangen av de genetiske dataene fra NGS etter bruk av en målrettet bioinformatisk analyse), mens standard NGS-analysen (blindet til algoritmeprediksjon) var ikke informativ
|
1 dag
|
Samarbeidspartnere og etterforskere
Sponsor
Samarbeidspartnere
Etterforskere
- Hovedetterforsker: Cecilia Marelli, MD, University Hospitals of Montpellier
Studierekorddatoer
Studer hoveddatoer
Studiestart (Faktiske)
Primær fullføring (Faktiske)
Studiet fullført (Faktiske)
Datoer for studieregistrering
Først innsendt
Først innsendt som oppfylte QC-kriteriene
Først lagt ut (Faktiske)
Oppdateringer av studieposter
Sist oppdatering lagt ut (Faktiske)
Siste oppdatering sendt inn som oppfylte QC-kriteriene
Sist bekreftet
Mer informasjon
Begreper knyttet til denne studien
Ytterligere relevante MeSH-vilkår
Andre studie-ID-numre
- RECHMPL18_0431
Plan for individuelle deltakerdata (IPD)
Planlegger du å dele individuelle deltakerdata (IPD)?
IPD-planbeskrivelse
Legemiddel- og utstyrsinformasjon, studiedokumenter
Studerer et amerikansk FDA-regulert medikamentprodukt
Studerer et amerikansk FDA-regulert enhetsprodukt
Denne informasjonen ble hentet direkte fra nettstedet clinicaltrials.gov uten noen endringer. Hvis du har noen forespørsler om å endre, fjerne eller oppdatere studiedetaljene dine, vennligst kontakt register@clinicaltrials.gov. Så snart en endring er implementert på clinicaltrials.gov, vil denne også bli oppdatert automatisk på nettstedet vårt. .