Convalida di un algoritmo clinico per la diagnosi delle atassie recessive (BASE-AAR)
Sfruttamento di una BASE di dati genetici (ottenuta mediante Next Generation SEquencing) per la validazione di un algoritmo clinico per la diagnosi delle atassie cerebellari recessive
Il campo della diagnosi clinica delle atassie cerebellari recessive (ARCA) è particolarmente complesso e le tecniche di Next Generation Sequencing (NGS) hanno rivoluzionato questo campo neuro-genetico. La sfida attuale è ottimizzare l'analisi dei dati genetici generati da NGS perché: l'elaborazione dei dati rimane molto laboriosa; resa diagnostica inferiore al 50%; l'interpretazione delle varianti a volte molto difficile. A tale scopo di ottimizzazione, il team dell'Ospedale Universitario di Strasburgo ha sviluppato un algoritmo informatico basato su 124 parametri clinici e paraclinici (derivati dai dati della letteratura), utili a guidare i geni da prendere di mira prioritariamente dalla genetica analisi, nel contesto di un sospetto di ARCA (> 60 geni noti); questo algoritmo è stato validato retrospettivamente in 834 pazienti con ARCA geneticamente confermato (92% Sense, 95% Spec). Tuttavia, questi 834 pazienti sono spesso gli stessi descritti in letteratura e utilizzati per l'elaborazione dell'algoritmo. Ciò introduce un pregiudizio nella valutazione iniziale dell'algoritmo, che richiede quindi la convalida nella pratica clinica, da una coorte di pazienti segnalati per sospetta ARCA (con o senza una mutazione genetica trovata). Allo stesso tempo, il laboratorio di genetica di Montpellier ha sviluppato un metodo bioinformatico per la ricerca di variazioni del numero di copie (CNV) che può essere applicato in modo mirato ai geni predetti dall'algoritmo.
Lo scopo principale di questo studio è la validazione di un algoritmo clinico semi-automatizzato per la diagnosi molecolare NGS di ARCA; l'obiettivo secondario è valutare se l'applicazione di questo algoritmo accoppiato con un'analisi bioinformatica mirata può aumentare la resa diagnostica dell'analisi NGS.
Panoramica dello studio
Stato
Condizioni
Descrizione dettagliata
Tipo di studio
Iscrizione (Effettivo)
Contatti e Sedi
Luoghi di studio
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Montpellier, Francia, 34295
- UH Montpellier
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Criteri di partecipazione
Criteri di ammissibilità
Età idonea allo studio
Accetta volontari sani
Sessi ammissibili allo studio
Metodo di campionamento
Popolazione di studio
Descrizione
Criterio di inclusione:
- avere un fenotipo predominante di atassia cerebellare pura o complessa di probabile origine genetica (previa esclusione di forme acquisite, infiammatorie, tumorali, infettive o tossiche) - aver avuto inizio prima dei 50 anni; - evocando una modalità di trasmissione recessiva (casi sporadici, fratelli o sorelle affetti, consanguineità dei genitori) - in cui forme genetiche dominanti dovute ad espansione CAG (SCA1, SCA2, SCA3, SCA6, SCA7) e pre-mutazione del gene FMR1 (se esordio dopo i 45 anni)
Criteri di esclusione:
- opporsi al trattamento informatico dei dati contenuti nella cartella clinica.
Piano di studio
Come è strutturato lo studio?
Dettagli di progettazione
- Modelli osservazionali: Solo caso
- Prospettive temporali: Retrospettiva
Cosa sta misurando lo studio?
Misure di risultato primarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
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Accordo tra la previsione dell'algoritmo e il risultato dell'analisi NGS standard
Lasso di tempo: 1 giorno
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Al fine di validare nella pratica clinica un algoritmo clinico semi-automatico progettato per guidare la diagnosi molecolare ottenuta mediante Next Generation Sequencing (NGS) in pazienti con sospetta atassia cerebellare autosomica recessiva (ARCA), misureremo l'accordo tra la previsione dell'algoritmo e il risultato dell'analisi NGS standard.
Per ogni paziente l'accordo è definito come: 1) uno dei primi 5 geni predetti con la più alta probabilità dall'algoritmo è anche il gene mutato trovato dopo l'analisi NGS; 2) se nessun gene è predetto dall'algoritmo (= nessuno dei geni ha un punteggio di predizione > 20) e nessuna mutazione viene trovata dopo le analisi NGS.
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1 giorno
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Misure di risultato secondarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
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Percentuale di pazienti per i quali la previsione basata sull'algoritmo ha suggerito la diagnosi corretta, mentre l'analisi NGS standard non era informativa
Lasso di tempo: 1 giorno
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L'obiettivo secondario è valutare se l'applicazione di questo algoritmo, accoppiato con un'analisi bioinformatica mirata, cambia la resa diagnostica rispetto a un'analisi NGS eseguita in modo convenzionale.
Pertanto, l'esito secondario sarà la percentuale di pazienti per i quali la previsione basata sull'algoritmo ha suggerito la diagnosi corretta (confermata in un secondo tempo dopo la revisione dei dati genetici derivati da NGS dopo l'applicazione di un'analisi bioinformatica mirata), mentre l'analisi NGS standard (cieca alla previsione dell'algoritmo) non era informativa
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1 giorno
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Collaboratori e investigatori
Sponsor
Collaboratori
Investigatori
- Investigatore principale: Cecilia Marelli, MD, University Hospitals of Montpellier
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Inizio studio (Effettivo)
Completamento primario (Effettivo)
Completamento dello studio (Effettivo)
Date di iscrizione allo studio
Primo inviato
Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità
Primo Inserito (Effettivo)
Aggiornamenti dei record di studio
Ultimo aggiornamento pubblicato (Effettivo)
Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC
Ultimo verificato
Maggiori informazioni
Termini relativi a questo studio
Termini MeSH pertinenti aggiuntivi
Altri numeri di identificazione dello studio
- RECHMPL18_0431
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