Sygnalizacja IL13 w astmie alergicznej

CEL 1. Krytyczna ocena regulowanych przez dupilumab transkryptomu, fosfoproteomu i sekretomu komórek nabłonka dróg oddechowych izolowanych od otyłych pacjentów z astmą alergiczną vs. niealergiczną i współistniejącą otyłością. CEL 2. Określenie wpływu dupilumabu na ekspresję i aktywność sygnalizacyjną IL-4Ra, IL-13Ra1 i IL-13Ra2 w komórkach nabłonka dróg oddechowych wyizolowanych od pacjentów z astmą alergiczną i niealergiczną oraz współistniejącą otyłością.

Projekt badania: Celem jest włączenie 16 osób dorosłych z astmą alergiczną i otyłością oraz 16 osób dorosłych z astmą niealergiczną i otyłością. Pacjenci w każdej grupie przejdą wstępną wizytę przesiewową (V0) w celu ustalenia grup pacjentów zgodnie ze statusem alergicznym. Astmę „alergiczną” definiuje się jako dodatni punktowy test skórny, bezwzględną liczbę eozynofilów >150/ul i IgE w surowicy >100 IU/ml, ponieważ kryteria te różnicowały fenotypy chorych na astmę i otyłość we wcześniejszych badaniach. Pacjenci zostaną poddani testom na alergie skórne i pobraniu krwi w V0. Pacjenci wrócą w ciągu 2 tygodni od wstępnego badania przesiewowego, a my pobierzemy świeże wymazy z małżowiny nosowo-nosowej dolnej uczestników za pomocą sterylnych szczoteczek cytologicznych.

Badana populacja: otyłe osoby dorosłe z astmą alergiczną i niealergiczną.

Plan analizy:

Wpływ dupilumabu na wzorce ekspresji transkryptomicznej i proteomicznej, w tym krotność zmiany sygnalizacji IL-13Ra2, zostanie porównany między otyłymi alergicznymi i niealergicznymi pacjentami z astmą otyłymi. Każdy zestaw danych zostanie krytycznie oceniony pod kątem jakości danych, a następnie przetworzony przy użyciu standardowych przepływów pracy. W przypadku danych mRNA-seq pakiet DESeq2 zostanie wykorzystany do identyfikacji transkryptów o różnej ekspresji, aw przypadku danych proteomicznych zastosujemy modele liniowe przy użyciu moderowanej statystyki testowej. Oprócz identyfikacji poszczególnych transkryptów i białek, które są w różny sposób regulowane, zostanie przeprowadzona analiza ścieżki pomysłowości w celu zidentyfikowania rozregulowanych ścieżek. Wskaźnik fałszywych odkryć zostanie wykorzystany do skorygowania wielu testów hipotez w ramach każdej z przeprowadzonych analiz. Dodatkowe biomarkery, w tym IgE w surowicy, periostyna i IL-33; powierzchni komórek IL-4Ra i IL-13Ra1, spirometria i pomiary IOS; liczba eozynofili we krwi; metacholina PC20; Wyniki ACQ i pomiary FeNO zostaną porównane przy użyciu testu t-Studenta lub testu sumy rang Wilcoxona, w zależności od normalności określonego zestawu danych. SAS w wersji 9.4 lub nowszej (SAS Institute, Inc., Cary, Karolina Północna) oraz środowisko programowania statystycznego R w wersji 4.0 lub nowszej zostaną użyte do wszystkich analiz, a skorygowana wartość p <0,05 zostanie uznana za istotną statystycznie.

Wielkość próby: Obliczenia wielkości próby opierają się na oszacowaniach klinicznie znaczących średnich różnic i odchyleń standardowych. Wyjściową krotność zmiany ekspresji IL-13RA2 zmierzono w hodowlach ludzkich fibroblastów dróg oddechowych u 6 osób w grupie szczupłej osoby z astmą (0,312 ± 0,289) i 7 osób w grupie osób otyłych z astmą (5,285 ± 3,944). Próbki grupowe o wielkości 8 w każdej grupie (łącznie 16) osiągają 86,2% mocy do odrzucenia hipotezy zerowej o równych średnich z poziomem istotności (alfa) 0,050 przy użyciu dwustronnego testu t nierównej wariancji dla dwóch prób.

Wielkość efektu dla tego porównania, oparta na danych historycznych, wynosi około 1,75 (dość duża wielkość efektu). Dlatego zwiększenie wielkości próby do 16 pacjentów na grupę dałoby możliwość wykrycia mniejszej wielkości efektu od 1,07 do 1,21 z mocą od 80% do 90%. Zakładając podobne odchylenie standardowe w każdej grupie, przekłada się to na możliwość wykrycia różnicy między grupami astmy wynoszącej co najmniej 3,0. Aby uwzględnić potencjalny 15% wskaźnik rezygnacji pacjentów, planuje się rekrutację łącznie 36 uczestników.