Передача сигналов IL13 при аллергической астме

ЦЕЛЬ 1. Критически оценить регулируемые дупилумабом транскриптом, фосфопротеом и секретом эпителиальных клеток носовых дыхательных путей, выделенных у пациентов с ожирением, аллергической и неаллергической астмой и сопутствующим ожирением. ЦЕЛЬ 2. Определить влияние дупилумаба на экспрессию и сигнальную активность IL-4Ra, IL-13Ra1 и IL-13Ra2 в эпителиальных клетках носовых дыхательных путей, выделенных у пациентов с аллергической и неаллергической астмой и сопутствующим ожирением.

Дизайн исследования: цель состоит в том, чтобы включить 16 взрослых с аллергической астмой и ожирением и 16 взрослых с неаллергической астмой и ожирением. Субъекты в каждой группе пройдут начальный скрининговый визит (V0) для установления групп субъектов в соответствии с аллергическим статусом. «Аллергическая» астма будет определяться как наличие положительного кожного прик-теста, абсолютное количество эозинофилов > 150/мкл и IgE в сыворотке > 100 МЕ/мл, поскольку эти критерии дифференцировали фенотипы пациентов с астмой и ожирением в предыдущих исследованиях. Субъекты пройдут тестирование на кожную аллергию и забор крови в V0. Субъекты вернутся в течение 2 недель после первоначального скрининга, и мы соберем свежие мазки синоназальной нижней носовой раковины участников, используя стерильные цитологические щетки.

Исследуемая группа: взрослые с ожирением, страдающие аллергической и неаллергической астмой.

План анализа:

Влияние дупилумаба на паттерны транскриптомной и протеомной экспрессии, включая кратное изменение передачи сигналов IL-13Ra2, будет сравниваться у пациентов с ожирением, страдающих аллергией, и у пациентов с неаллергической астмой, страдающих ожирением. Каждый набор данных будет подвергнут критической оценке качества данных, а затем обработан с использованием стандартных рабочих процессов. Для данных mRNA-seq пакет DESeq2 будет использоваться для идентификации дифференциально экспрессируемых транскриптов, а для протеомных данных мы будем использовать линейные модели с использованием модерируемой тестовой статистики. В дополнение к идентификации отдельных транскриптов и белков, которые по-разному регулируются, анализ пути изобретательности будет выполняться для выявления путей с нарушением регуляции. Частота ложных открытий будет использоваться для корректировки множественной проверки гипотез в каждом из выполненных анализов. Дополнительные биомаркеры, включая сывороточный IgE, периостин и IL-33; IL-4Ra и IL-13Ra1 клеточной поверхности, измерения спирометрии и IOS; количество эозинофилов в крови; метахолин PC20; Баллы ACQ и измерения FeNO будут сравниваться с использованием t-критерия Стьюдента или критерия суммы рангов Уилкоксона, в зависимости от нормальности конкретного набора данных. SAS версии 9.4 или выше (SAS Institute, Inc., Кэри, Северная Каролина) и среда статистического программирования R версии 4.0 или выше будут использоваться для всех анализов, а скорректированное значение p <0,05 будет считаться статистически значимым.

Размер выборки: расчеты размера выборки основаны на оценках клинически значимых средних различий и стандартных отклонений. Исходное кратное изменение экспрессии IL-13RA2 было измерено в культивируемых фибробластах дыхательных путей человека у 6 субъектов в группе с астмой без веса (0,312 ± 0,289) и у 7 субъектов в группе с астмой с ожирением (5,285 ± 3,944). Размер групповой выборки из 8 в каждой группе (всего 16) достигает мощности 86,2% для отклонения нулевой гипотезы о равных средних с уровнем значимости (альфа) 0,050 с использованием двустороннего двухвыборочного t-критерия неравной дисперсии.

Размер эффекта для этого сравнения, основанный на исторических данных, составляет примерно 1,75 (довольно большой размер эффекта). Таким образом, увеличение размера выборки до 16 пациентов на группу даст возможность обнаружить более низкий размер эффекта от 1,07 до 1,21 с мощностью от 80% до 90%. Если предположить одинаковое стандартное отклонение в каждой группе, это означает возможность обнаружить разницу между группами астмы не менее 3,0. Чтобы учесть потенциальный показатель отсева пациентов 15%, планируется набрать в общей сложности 36 участников.