Vaginální, placentární a neonatální bukální mykobiota a mikrobiom u předčasného porodu

Předčasný porod je zodpovědný za více než 70 % všech úmrtí novorozenců a kojenců. Kromě toho je riziko dětské mozkové obrny u dětí narozených předčasně 10krát vyšší než u dětí narozených v termínu. Riziko předčasného porodu je nepřímo úměrné délce děložního hrdla ve středním gestačním období. Randomizované kontrolované studie zahrnující jednočetná těhotenství s krátkou délkou děložního hrdla (méně než 25 mm) prokázaly, že profylaktické použití progesteronu významně snižuje míru předčasného porodu a úmrtí novorozenců. Byl dokumentován vztah vaginální mikrobioty s předčasným porodem. Dopad krátké cervikální délky a progesteronové léčby na vaginální, neonatální a placentární mikrobiotu a mykobiotu však nebyl hodnocen. Cílem této studie je zabývat se následujícími body;

1. Podélné mateřské (vaginální), fetální (orální) a placentární (bazální ploténka a parenchym) metagenomické profilování založené na 16S a 18S s odvozenou metagenomikou odhalí odlišná mikrobiální společenství ve spojení s předčasným porodem.
2. Srovnání vaginální, neonatální (bukální) a placentární (bazální ploténka a parenchym) 16s rRNA s bakteriemi a 18s rRNA s houbami u těhotných žen s krátkou délkou děložního hrdla s těmi s normální délkou děložního hrdla;

2. Srovnání mateřské (vaginální), neonatální (orální) a placentární (bazální ploténka a parenchym) 16s rRNA s bakteriemi a 18s rRNA s houbami u těhotných žen s krátkou délkou děložního hrdla, které předčasně porodily s těmi, které rodily v termínu; 3. Vliv progesteronu na mateřskou (vaginální), neonatální (bukální) a placentární (bazální ploténka a parenchym) 16s rRNA u bakterií a 18s rRNA u hub.

Měření délky děložního hrdla bude provedeno ve dvou různých obdobích těhotenství (11-14 a 18-22 týdnů gestace) u jednočetných těhotenství. Za prvé, vaginální výtěry budou odebrány ženám, které souhlasí s účastí ve studii v 11. až 14. týdnu těhotenství těsně před měřením délky děložního hrdla. Také vaginální výtěry budou provedeny znovu v 18-22 týdnu těhotenství, jak je vysvětleno výše. Mikronizovaný progesteron bude zahájen u žen s délkou děložního hrdla 25 mm nebo menší (menší než 3. percentil) v 18.–22. týdnu těhotenství. Lék (progesteron 200 mg) bude podáván intravaginálně každou noc před spaním a bude pokračovat až do 36. gestačního týdne, pokud pacientka neporodí. Měření cervikální délky bude opakováno transvaginálně ve 28. a 32. gestačním týdnu a vzorky budou odebrány cervikálním stěrem před těmito měřeními. Aby bylo možné vyhodnotit přítomnost placentární mykobioty a mikrobioty, bude po porodu za sterilních podmínek odebrán vzorek tkáně o velikosti 1 cm x 1 cm x 1 cm z placenty, která je 3 cm laterálně od úponu provazce. Za účelem zhodnocení amniového kompartmentu bude novorozencům ihned po narození odebrán výtěr z bukální sliznice. Všechny vzorky budou okamžitě doručeny do naší výzkumné laboratoře a až do vyhodnocení budou uloženy ve skříni -80 ℃. Oblasti V3-V4 metodou sekvenování 16s ribozomální RNA budou sekvenovány pomocí zařízení Illumina MiSeq a data budou analyzována podle protokolů standardizovaných v Human Microbiome Project.

Vzorky DNA, které budou seřazeny z dat k sekvenování v souladu s protokolem metabioty oblasti ITS1, budou hodnoceny v rámci projektu Human Microbiome Project.

Pseudomonas, Escherichia, Neisseria, Streptococcus, Lactobacillus, Candida, Actinomyces budou použity jako pozitivní kontroly a oblasti V3-V4 a ITS budou porovnány pro bakteriální mikrobiotu a houbovou mikrobiotu. Poté, co jsou „Provozní taxonomické jednotky“ amplikonů nakonfigurovány pomocí programu VSEARCH, budou analýzy provedeny s daty mikrobioty a mikrobioty GENBANK.