Analýza mikrobiomu u zdravých kuřáků a pacientů s CHOPN
Přehled studie
Postavení
Postavení
Podmínky
Podmínky
Intervence / Léčba
Intervence / Léčba
Detailní popis
Typ studie
Typ studie
Zápis (Očekávaný)
Zápis
Kontakty a umístění
Studijní místa
-
-
-
Seoul, Korejská republika, 138-736
- Department of Pulmonary and Critical Care Medicine and Clinical Research Center for Chronic Obstructive Airway Diseases, Asan Medical Center, University of Ulsan College of Medicine
-
-
Kritéria účasti
Kritéria způsobilosti
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
Přijímá zdravé dobrovolníky
Pohlaví způsobilá ke studiu
Metoda odběru vzorků
Studijní populace
Zdravý kuřák Zdravý kuřák s historií kouření alespoň 10 let balení a normální spirometrickou hodnotou
Pacient s CHOPN Pacienti s kuřáckou anamnézou alespoň 10 let balení a přetrvávajícím omezením průtoku vzduchu, které nebylo plně reverzibilní (např. po bronchodilatačním usilovném výdechovém objemu za 1 sekundu/usilovaná vitální kapacita (FEV1/FVC) <0,7)
Popis
Kritéria pro zařazení:
- Pacienti s kuřáckou anamnézou alespoň 10 balení za rok
- Pacienti s přetrvávajícím omezením průtoku vzduchu, které nebylo plně reverzibilní (např. po bronchodilatačním usilovném výdechovém objemu za 1 sekundu/usilovaná vitální kapacita (FEV1/FVC) <0,7)
Kritéria vyloučení:
- Pacienti se souběžným onemocněním, které by interferovalo s výsledky studie (např. malignita, městnavé srdeční selhání, cerebrovaskulární poruchy, chronické selhání ledvin, diabetes se závažnými komplikacemi nebo nekontrolovaná hypertenze)
- Pacienti s respiračním onemocněním jiným než obstrukční plicní onemocnění (např. předchozí plicní resekce, tuberkulózou zničené plíce a bronchiektázie)
Studijní plán
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
Počet skupin / kohort
Kohorty a intervence
Skupina / kohortaSkupina / kohorta |
Intervence / LéčbaIntervence / Léčba |
|---|---|
|
Zdravý kuřák
Zdraví kuřáci s historií kouření alespoň 10 balených let a normální spirometrickou hodnotou
|
Ukázky jsou získávány od účastníků.
Není nutný žádný další zásah.
Získané vzorky budou dále analyzovány.
|
|
Pacient s CHOPN
Pacienti s anamnézou kouření alespoň 10 let balení a přetrvávajícím omezením průtoku vzduchu, které nebylo plně reverzibilní (např.
po bronchodilatačním usilovném výdechovém objemu za 1 sekundu/usilovaná vitální kapacita (FEV1/FVC) <0,7)
|
Ukázky jsou získávány od účastníků.
Není nutný žádný další zásah.
Získané vzorky budou dále analyzovány.
|
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Alfa diverzita měřená kvantitativní analýzou operační taxonomické jednotky (OTU).
Časové okno: V průměru 3 měsíce
|
DNA je extrahována z každého vzorku od každého pacienta pomocí DNA Isolation Kit.
Univerzální primery 16S se používají pro amplifikaci genů 16S ribozomální ribonukleové kyseliny (rRNA) systémem polymerázové řetězové reakce (PCR).
Po amplifikaci je provedeno sekvenování pomocí databáze GREENGENES, poté byla provedena metagenomická analýza korporací MD Healthcare pomocí softwaru MDx-Pro (Ver.1,
Soul, Jižní Korea).
Taxonomické přiřazení těchto sekvencí se provádí s limitem provozní taxonomické jednotky (OTU) 3 %.
|
V průměru 3 měsíce
|
|
Složení mikrobiomu metagenomickou analýzou
Časové okno: V průměru 3 měsíce
|
Složení mikrobiomu je prezentováno jako sloupcový graf.
|
V průměru 3 měsíce
|
Sekundární výstupní opatření
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Biodiverzita popsaná Shannonovým indexem diverzity a Simpsonovým indexem
Časové okno: V průměru 3 měsíce
|
Shannonův index a Simpsonův index se vypočítávají pomocí metagenomických dat.
|
V průměru 3 měsíce
|
|
Biodiverzita popsaná analýzou hlavních komponent (PCA)
Časové okno: V průměru 3 měsíce
|
PCA se provádí pro všechna čtení genu 16S rRNA seskupená s 97% podobností.
|
V průměru 3 měsíce
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Sponzor
Sponzor
Vyšetřovatelé
Vyšetřovatelé
- Vrchní vyšetřovatel: Sei Won Lee, M.D. Ph.D., University of Ulsan College of Medicine, Asan Medical Center
Publikace a užitečné odkazy
Obecné publikace
- Erb-Downward JR, Thompson DL, Han MK, Freeman CM, McCloskey L, Schmidt LA, Young VB, Toews GB, Curtis JL, Sundaram B, Martinez FJ, Huffnagle GB. Analysis of the lung microbiome in the "healthy" smoker and in COPD. PLoS One. 2011 Feb 22;6(2):e16384. doi: 10.1371/journal.pone.0016384.
- Kim HJ, Kim YS, Kim KH, Choi JP, Kim YK, Yun S, Sharma L, Dela Cruz CS, Lee JS, Oh YM, Lee SD, Lee SW. The microbiome of the lung and its extracellular vesicles in nonsmokers, healthy smokers and COPD patients. Exp Mol Med. 2017 Apr 14;49(4):e316. doi: 10.1038/emm.2017.7.
- Morris A, Beck JM, Schloss PD, Campbell TB, Crothers K, Curtis JL, Flores SC, Fontenot AP, Ghedin E, Huang L, Jablonski K, Kleerup E, Lynch SV, Sodergren E, Twigg H, Young VB, Bassis CM, Venkataraman A, Schmidt TM, Weinstock GM; Lung HIV Microbiome Project. Comparison of the respiratory microbiome in healthy nonsmokers and smokers. Am J Respir Crit Care Med. 2013 May 15;187(10):1067-75. doi: 10.1164/rccm.201210-1913OC.
- Cabrera-Rubio R, Garcia-Nunez M, Seto L, Anto JM, Moya A, Monso E, Mira A. Microbiome diversity in the bronchial tracts of patients with chronic obstructive pulmonary disease. J Clin Microbiol. 2012 Nov;50(11):3562-8. doi: 10.1128/JCM.00767-12. Epub 2012 Aug 22.
Termíny studijních záznamů
Hlavní termíny studia
Začátek studia (OČEKÁVANÝ)
Začátek studia
Primární dokončení (OČEKÁVANÝ)
Primární dokončení
Dokončení studie (OČEKÁVANÝ)
Dokončení studie
Termíny zápisu do studia
První předloženo
První předloženo
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
První zveřejněno (AKTUÁLNÍ)
První zveřejněno
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (AKTUÁLNÍ)
Poslední zveřejněná aktualizace
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
Naposledy ověřeno
Naposledy ověřeno
Více informací
Termíny související s touto studií
Klíčová slova
Další relevantní podmínky MeSH
Další identifikační čísla studie
Další identifikační čísla studie
- Microbiome cohort
Plán pro data jednotlivých účastníků (IPD)
Plánujete sdílet data jednotlivých účastníků (IPD)?
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .