Charakterizace a přínos methylace DNA v celém genomu (epsignatury methylace DNA) u vzácných onemocnění s prenatálním nástupem (FOETEPISIGN)
Je nutné definovat referenční episignatury methylace DNA z fetální DNA. Hypotézy jsou:
- Je možné definovat referenční episignace methylace DNA z fetální DNA extrahované z plodové vody nebo zmrazených tkání odebraných během pitvy
- Episignace metylace fetální DNA se mohou lišit od episignací metylace postanální DNA definované na DNA extrahované z krve
Přehled studie
Postavení
Postavení
Podmínky
Podmínky
Intervence / Léčba
Intervence / Léčba
Detailní popis
Vrozené anomálie (CA) komplikují 3 až 5 % těhotenství a mohou být spojeny s genetickými poruchami. Diagnostika genetických onemocnění je velkou lékařskou výzvou, zejména během těhotenství.
Během posledních dvou desetiletí sekvenování nové generace (NGS) způsobilo revoluci v naší schopnosti identifikovat genetický stav spojený s CA. Během těhotenství identifikovalo prenatální sekvenování exomu další diagnózu u přibližně 30 % plodů s CA, když standardní chromozomální vyšetření (analýza karyotypu a chromozomálních mikročipů, CMA) neposkytla diagnózu.
Navzdory těmto velkým pokrokům zůstává nevyřešeno přibližně 40 % vzácných onemocnění, včetně 10–15 % pacientů s variantami nejistého významu (VUS).
Po narození mohou být pro reklasifikaci VUS nabídnuty další funkční analýzy ("multi-OMICS"), včetně celogenomových studií metylace DNA.
Anomálie metylace DNA hrají důležitou roli v patologiích (vývojové poruchy a onkologie).
Methylace DNA Episignatury, definované jako kumulativní vzorce metylace DNA vyskytující se na více CpG dinukleotidech napříč genomem, byly rozpoznány jako složitě spojené s mnoha lidskými rysy, včetně věku, pohlaví a stavu onemocnění. Nedávno byly v krvi dětí nebo dospělých identifikovány episignatury methylace DNA pro několik dobře charakterizovaných genetických onemocnění. Tyto postnatální episignace metylace DNA však nelze použít během těhotenství, protože metylace DNA se mění z jedné tkáně do druhé a v průběhu času, zejména během vývoje plodu. Kromě toho se tkáně dostupné během těhotenství liší od tkání analyzovaných postnatálně (krev).
Typ studie
Typ studie
Zápis (Odhadovaný)
Zápis
Kontakty a umístění
Studijní kontakt
Studijní kontakt
- Jméno: Nelly BRIAND, PhD
- Telefonní číslo: 0144381862
- E-mail: nelly.briand@aphp.fr
Studijní záloha kontaktů
- Jméno: Nicolas BOURGON, MD, PhD
- Telefonní číslo: +33 1 42 19 27 96
- E-mail: nicolas.bourgon@aphp.fr
Studijní místa
-
-
-
Paris, Francie, 75015
- Nábor
- Department of Genomic Medicine for Rare Diseases and the Multidisciplinary Center for Prenatal Diagnosis of the Necker-Enfants malades Hospital
-
Kontakt:
- Nicolas BOURGON, MD, PhD
- Telefonní číslo: : +33 1 42 19 27 96
- E-mail: nicolas.bourgon@aphp.fr
-
-
Kritéria účasti
Kritéria způsobilosti
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
- Dítě
- Dospělý
Přijímá zdravé dobrovolníky
Metoda odběru vzorků
Studijní populace
Studijní populace pochází z Oddělení genomické medicíny pro vzácná onemocnění a Multidisciplinárního centra prenatální diagnostiky nemocnice Necker-Enfants malades Hospital - APHP - GHU Paris Cité.
Rodiče podepsali souhlas s uchováváním a používáním biologických vzorků s tím, že tyto vzorky odebrané v rámci léčby mohou být znovu použity pro lékařský výzkum.
Popis
Kritéria pro zařazení:
Kritéria pro zařazení pacienta:
- Plody s posmrtným vyšetřením v rámci etiologické diagnostiky vývojových abnormalit na oddělení genomické medicíny vzácných onemocnění Neckerovy dětské nemocnice, jejichž DNA extrahovaná z plic a plodové vody je k dispozici
- NEBO dítě, o které se pečuje na oddělení genomické medicíny pro vzácná onemocnění Neckerovy dětské nemocnice a jehož DNA extrahovaná z plné krve je k dispozici
- s patogenní nebo pravděpodobně patogenní variací v genu po CHD7, KMT2D, HYLS1, TCTN3 nebo FLVCR2
- jejichž rodiče souhlasili s molekulárně genetickým testováním v rámci diagnostiky a výzkumu
Negativní kontroly:
- K dispozici jsou plody s posmrtným vyšetřením v rámci etiologické diagnostiky vývojových abnormalit na oddělení genomické medicíny vzácných nemocí Neckerovy dětské nemocnice, jejichž DNA extrahovaná z plic a plodové vody jsou k dispozici
- NEBO dítě, o které se pečuje na oddělení genomické medicíny pro vzácná onemocnění Neckerovy dětské nemocnice a jehož DNA extrahovaná z plné krve je k dispozici
- nemá patogenní nebo pravděpodobně patogenní variaci v genu po CHD7, KMT2D, HYLS1, TCTN3 nebo FLVCR2
- jejichž rodiče souhlasili s molekulárně genetickým testováním v rámci diagnostiky a výzkumu
Pro každého:
• Pro žijící účastníky: Bez námitek ze strany držitelů rodičovské pravomoci proti opětovnému použití klinických dat a biologických vzorků odebraných a uložených v rámci péče (souhlas s péčí).
• Pro zesnulé účastníky:
- Souhlas nositelů rodičovské pravomoci s použitím vzorků uchovávaných pro výzkumné účely, podepsaný jako součást léčby
- Žádná zmínka o odporu proti opětovnému použití klinických údajů z léčby v lékařském záznamu pacienta
Kritéria vyloučení:
- Odmítnutí pitvy v případě ztráty plodu
- Odmítání molekulárních výzkumů ze strany rodičů
Studijní plán
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
Počet skupin / kohort
Kohorty a intervence
Skupina / kohortaSkupina / kohorta |
Intervence / LéčbaIntervence / Léčba |
|---|---|
|
Pracovní balíček 1, skupina 1
Pacienti (děti) se syndromem CHARGE
|
Genomová DNA bude ošetřena bisulfitem.
500 ng zpracované DNA je poté hybridizováno na EPICv2 čipu Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA).
Tento microarray umožňuje analýzu přibližně 865 000 methylačních míst na promotorech, enhancery, CpG ostrovech, intergenových a intragenních oblastech.
Je to nejrozšířenější čip v literatuře, včetně téměř všech EPIGENETICKÝCH ZNAKŮ uváděných v lidské patologii.
|
|
Pracovní balíček 1, skupina 2
Zdravé negativní kontroly (děti) odpovídající věku a pohlaví
|
Genomová DNA bude ošetřena bisulfitem.
500 ng zpracované DNA je poté hybridizováno na EPICv2 čipu Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA).
Tento microarray umožňuje analýzu přibližně 865 000 methylačních míst na promotorech, enhancery, CpG ostrovech, intergenových a intragenních oblastech.
Je to nejrozšířenější čip v literatuře, včetně téměř všech EPIGENETICKÝCH ZNAKŮ uváděných v lidské patologii.
|
|
Pracovní balíček 1, skupina 3
Plody se syndromem CHARGE
|
Genomová DNA bude ošetřena bisulfitem.
500 ng zpracované DNA je poté hybridizováno na EPICv2 čipu Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA).
Tento microarray umožňuje analýzu přibližně 865 000 methylačních míst na promotorech, enhancery, CpG ostrovech, intergenových a intragenních oblastech.
Je to nejrozšířenější čip v literatuře, včetně téměř všech EPIGENETICKÝCH ZNAKŮ uváděných v lidské patologii.
|
|
Pracovní balíček 1, skupina 4
Plody bez genetické patologie
|
Genomová DNA bude ošetřena bisulfitem.
500 ng zpracované DNA je poté hybridizováno na EPICv2 čipu Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA).
Tento microarray umožňuje analýzu přibližně 865 000 methylačních míst na promotorech, enhancery, CpG ostrovech, intergenových a intragenních oblastech.
Je to nejrozšířenější čip v literatuře, včetně téměř všech EPIGENETICKÝCH ZNAKŮ uváděných v lidské patologii.
|
|
Pracovní balíček 2, skupina 5
Pacienti (děti) s KABUKI syndromem
|
Genomová DNA bude ošetřena bisulfitem.
500 ng zpracované DNA je poté hybridizováno na EPICv2 čipu Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA).
Tento microarray umožňuje analýzu přibližně 865 000 methylačních míst na promotorech, enhancery, CpG ostrovech, intergenových a intragenních oblastech.
Je to nejrozšířenější čip v literatuře, včetně téměř všech EPIGENETICKÝCH ZNAKŮ uváděných v lidské patologii.
|
|
Pracovní balíček 2, skupina 6
Plody s KABUKI syndromem
|
Genomová DNA bude ošetřena bisulfitem.
500 ng zpracované DNA je poté hybridizováno na EPICv2 čipu Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA).
Tento microarray umožňuje analýzu přibližně 865 000 methylačních míst na promotorech, enhancery, CpG ostrovech, intergenových a intragenních oblastech.
Je to nejrozšířenější čip v literatuře, včetně téměř všech EPIGENETICKÝCH ZNAKŮ uváděných v lidské patologii.
|
|
Pracovní balíček 3, skupina 7
Plody s hydroletálním syndromem
|
Genomová DNA bude ošetřena bisulfitem.
500 ng zpracované DNA je poté hybridizováno na EPICv2 čipu Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA).
Tento microarray umožňuje analýzu přibližně 865 000 methylačních míst na promotorech, enhancery, CpG ostrovech, intergenových a intragenních oblastech.
Je to nejrozšířenější čip v literatuře, včetně téměř všech EPIGENETICKÝCH ZNAKŮ uváděných v lidské patologii.
|
|
Pracovní balíček 3, skupina 8
Plody se syndromem Meckel/OFD IV
|
Genomová DNA bude ošetřena bisulfitem.
500 ng zpracované DNA je poté hybridizováno na EPICv2 čipu Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA).
Tento microarray umožňuje analýzu přibližně 865 000 methylačních míst na promotorech, enhancery, CpG ostrovech, intergenových a intragenních oblastech.
Je to nejrozšířenější čip v literatuře, včetně téměř všech EPIGENETICKÝCH ZNAKŮ uváděných v lidské patologii.
|
|
Pracovní balíček 3, skupina 9
Plody s Fowlerovým syndromem
|
Genomová DNA bude ošetřena bisulfitem.
500 ng zpracované DNA je poté hybridizováno na EPICv2 čipu Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA).
Tento microarray umožňuje analýzu přibližně 865 000 methylačních míst na promotorech, enhancery, CpG ostrovech, intergenových a intragenních oblastech.
Je to nejrozšířenější čip v literatuře, včetně téměř všech EPIGENETICKÝCH ZNAKŮ uváděných v lidské patologii.
|
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Epigenetický podpis spojený s patogenními variacemi v genu CHD7 (CHARGE syndrom)
Časové okno: 12 měsíců
|
Důkaz epigenetického podpisu z DNA fetální tkáně u plodů s patogenní nebo pravděpodobně patogenní variací
|
12 měsíců
|
|
Epigenetický podpis spojený s patogenními variacemi v genu KMT2D (KABUKI syndrom)
Časové okno: 12 měsíců
|
Důkaz epigenetického podpisu z DNA fetální tkáně u plodů s patogenní nebo pravděpodobně patogenní variací
|
12 měsíců
|
Sekundární výstupní opatření
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Diferenciální metylace mezi fetálním a postnatálním epigenetickým podpisem
Časové okno: 12 měsíců
|
Důkazy o rozdílné metylaci mezi fetálním a postnatálním epigenetickým podpisem
|
12 měsíců
|
|
Diferenciální metylace mezi epigenetickými signaturami tkáně a plodové vody
Časové okno: 12 měsíců
|
Důkazy o rozdílné metylaci mezi epigenetickými signaturami tkáně a plodové vody
|
12 měsíců
|
|
Statistický predikční parametr pro každý epigenetický podpis
Časové okno: 12 měsíců
|
Měření parametru statistické predikce pro každý epigenetický podpis
|
12 měsíců
|
|
Identifikace nového epigenetického podpisu u fetálních patologií
Časové okno: 12 měsíců
|
Identifikace nových epigenetických signatur výhradně patologií spojených s geny HYLS1, TCTN3 a FLVCR2
|
12 měsíců
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Sponzor
Sponzor
Spolupracovníci
Spolupracovníci
Vyšetřovatelé
Vyšetřovatelé
- Ředitel studie: Manon TESSIER, MD, PhD, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
Publikace a užitečné odkazy
Obecné publikace
- Butcher DT, Cytrynbaum C, Turinsky AL, Siu MT, Inbar-Feigenberg M, Mendoza-Londono R, Chitayat D, Walker S, Machado J, Caluseriu O, Dupuis L, Grafodatskaya D, Reardon W, Gilbert-Dussardier B, Verloes A, Bilan F, Milunsky JM, Basran R, Papsin B, Stockley TL, Scherer SW, Choufani S, Brudno M, Weksberg R. CHARGE and Kabuki Syndromes: Gene-Specific DNA Methylation Signatures Identify Epigenetic Mechanisms Linking These Clinically Overlapping Conditions. Am J Hum Genet. 2017 May 4;100(5):773-788. doi: 10.1016/j.ajhg.2017.04.004.
- Aref-Eshghi E, Kerkhof J, Pedro VP; Groupe DI France; Barat-Houari M, Ruiz-Pallares N, Andrau JC, Lacombe D, Van-Gils J, Fergelot P, Dubourg C, Cormier-Daire V, Rondeau S, Lecoquierre F, Saugier-Veber P, Nicolas G, Lesca G, Chatron N, Sanlaville D, Vitobello A, Faivre L, Thauvin-Robinet C, Laumonnier F, Raynaud M, Alders M, Mannens M, Henneman P, Hennekam RC, Velasco G, Francastel C, Ulveling D, Ciolfi A, Pizzi S, Tartaglia M, Heide S, Heron D, Mignot C, Keren B, Whalen S, Afenjar A, Bienvenu T, Campeau PM, Rousseau J, Levy MA, Brick L, Kozenko M, Balci TB, Siu VM, Stuart A, Kadour M, Masters J, Takano K, Kleefstra T, de Leeuw N, Field M, Shaw M, Gecz J, Ainsworth PJ, Lin H, Rodenhiser DI, Friez MJ, Tedder M, Lee JA, DuPont BR, Stevenson RE, Skinner SA, Schwartz CE, Genevieve D, Sadikovic B. Evaluation of DNA Methylation Episignatures for Diagnosis and Phenotype Correlations in 42 Mendelian Neurodevelopmental Disorders. Am J Hum Genet. 2020 Mar 5;106(3):356-370. doi: 10.1016/j.ajhg.2020.01.019. Epub 2020 Feb 27.
Termíny studijních záznamů
Hlavní termíny studia
Začátek studia (Aktuální)
Začátek studia
Primární dokončení (Odhadovaný)
Primární dokončení
Dokončení studie (Odhadovaný)
Dokončení studie
Termíny zápisu do studia
První předloženo
První předloženo
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
První zveřejněno (Aktuální)
První zveřejněno
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Aktuální)
Poslední zveřejněná aktualizace
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
Naposledy ověřeno
Naposledy ověřeno
Více informací
Termíny související s touto studií
Klíčová slova
Další relevantní podmínky MeSH
- Neurologické projevy
- Nemoci nervového systému
- Genetické choroby, vrozené
- Oční nemoci
- Oční choroby, dědičné
- Otorinolaryngologická onemocnění
- Poruchy zraku
- Poruchy vnímání
- Abnormality, vícenásobné
- Nemoci uší
- Poruchy hluchoslepých
- Hluchota
- Ztráta sluchu
- Poruchy sluchu
- Slepota
- Koloboma
- Vrozené, dědičné a neonatální nemoci a abnormality
- Patologické stavy, příznaky a symptomy
- Příznaky a symptomy
- Vrozené vady
- CHARGE syndrom
- Hydrolethalus syndrom 1
- Kabukiho syndrom
Další identifikační čísla studie
Další identifikační čísla studie
- APHP231311
Plán pro data jednotlivých účastníků (IPD)
Plánujete sdílet data jednotlivých účastníků (IPD)?
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .