Tato stránka byla automaticky přeložena a přesnost překladu není zaručena. Podívejte se prosím na anglická verze pro zdrojový text.

Charakterizace a přínos methylace DNA v celém genomu (epsignatury methylace DNA) u vzácných onemocnění s prenatálním nástupem (FOETEPISIGN)

24. března 2026 aktualizováno: Assistance Publique - Hôpitaux de Paris

Je nutné definovat referenční episignatury methylace DNA z fetální DNA. Hypotézy jsou:

  • Je možné definovat referenční episignace methylace DNA z fetální DNA extrahované z plodové vody nebo zmrazených tkání odebraných během pitvy
  • Episignace metylace fetální DNA se mohou lišit od episignací metylace postanální DNA definované na DNA extrahované z krve

Přehled studie

Postavení

Nábor

Podmínky

Intervence / Léčba

Detailní popis

Vrozené anomálie (CA) komplikují 3 až 5 % těhotenství a mohou být spojeny s genetickými poruchami. Diagnostika genetických onemocnění je velkou lékařskou výzvou, zejména během těhotenství.

Během posledních dvou desetiletí sekvenování nové generace (NGS) způsobilo revoluci v naší schopnosti identifikovat genetický stav spojený s CA. Během těhotenství identifikovalo prenatální sekvenování exomu další diagnózu u přibližně 30 % plodů s CA, když standardní chromozomální vyšetření (analýza karyotypu a chromozomálních mikročipů, CMA) neposkytla diagnózu.

Navzdory těmto velkým pokrokům zůstává nevyřešeno přibližně 40 % vzácných onemocnění, včetně 10–15 % pacientů s variantami nejistého významu (VUS).

Po narození mohou být pro reklasifikaci VUS nabídnuty další funkční analýzy ("multi-OMICS"), včetně celogenomových studií metylace DNA.

Anomálie metylace DNA hrají důležitou roli v patologiích (vývojové poruchy a onkologie).

Methylace DNA Episignatury, definované jako kumulativní vzorce metylace DNA vyskytující se na více CpG dinukleotidech napříč genomem, byly rozpoznány jako složitě spojené s mnoha lidskými rysy, včetně věku, pohlaví a stavu onemocnění. Nedávno byly v krvi dětí nebo dospělých identifikovány episignatury methylace DNA pro několik dobře charakterizovaných genetických onemocnění. Tyto postnatální episignace metylace DNA však nelze použít během těhotenství, protože metylace DNA se mění z jedné tkáně do druhé a v průběhu času, zejména během vývoje plodu. Kromě toho se tkáně dostupné během těhotenství liší od tkání analyzovaných postnatálně (krev).

Typ studie

Pozorovací

Zápis (Odhadovaný)

63

Kontakty a umístění

Tato část poskytuje kontaktní údaje pro ty, kteří studii provádějí, a informace o tom, kde se tato studie provádí.

Studijní kontakt

Studijní záloha kontaktů

Studijní místa

  • Francie
      • Paris, Francie, 75015
        • Nábor
        • Department of Genomic Medicine for Rare Diseases and the Multidisciplinary Center for Prenatal Diagnosis of the Necker-Enfants malades Hospital
        • Kontakt:

Kritéria účasti

Výzkumníci hledají lidi, kteří odpovídají určitému popisu, kterému se říká kritéria způsobilosti. Některé příklady těchto kritérií jsou celkový zdravotní stav osoby nebo předchozí léčba.

Kritéria způsobilosti

Věk způsobilý ke studiu

  • Dítě
  • Dospělý

Přijímá zdravé dobrovolníky

Ano

Metoda odběru vzorků

Vzorek nepravděpodobnosti

Studijní populace

Studijní populace pochází z Oddělení genomické medicíny pro vzácná onemocnění a Multidisciplinárního centra prenatální diagnostiky nemocnice Necker-Enfants malades Hospital - APHP - GHU Paris Cité.

Rodiče podepsali souhlas s uchováváním a používáním biologických vzorků s tím, že tyto vzorky odebrané v rámci léčby mohou být znovu použity pro lékařský výzkum.

Popis

Kritéria pro zařazení:

  • Kritéria pro zařazení pacienta:

    • Plody s posmrtným vyšetřením v rámci etiologické diagnostiky vývojových abnormalit na oddělení genomické medicíny vzácných onemocnění Neckerovy dětské nemocnice, jejichž DNA extrahovaná z plic a plodové vody je k dispozici
    • NEBO dítě, o které se pečuje na oddělení genomické medicíny pro vzácná onemocnění Neckerovy dětské nemocnice a jehož DNA extrahovaná z plné krve je k dispozici
    • s patogenní nebo pravděpodobně patogenní variací v genu po CHD7, KMT2D, HYLS1, TCTN3 nebo FLVCR2
    • jejichž rodiče souhlasili s molekulárně genetickým testováním v rámci diagnostiky a výzkumu

  • Negativní kontroly:

    • K dispozici jsou plody s posmrtným vyšetřením v rámci etiologické diagnostiky vývojových abnormalit na oddělení genomické medicíny vzácných nemocí Neckerovy dětské nemocnice, jejichž DNA extrahovaná z plic a plodové vody jsou k dispozici
    • NEBO dítě, o které se pečuje na oddělení genomické medicíny pro vzácná onemocnění Neckerovy dětské nemocnice a jehož DNA extrahovaná z plné krve je k dispozici
    • nemá patogenní nebo pravděpodobně patogenní variaci v genu po CHD7, KMT2D, HYLS1, TCTN3 nebo FLVCR2
    • jejichž rodiče souhlasili s molekulárně genetickým testováním v rámci diagnostiky a výzkumu

  • Pro každého:

    • Pro žijící účastníky: Bez námitek ze strany držitelů rodičovské pravomoci proti opětovnému použití klinických dat a biologických vzorků odebraných a uložených v rámci péče (souhlas s péčí).

    • Pro zesnulé účastníky:

  • Souhlas nositelů rodičovské pravomoci s použitím vzorků uchovávaných pro výzkumné účely, podepsaný jako součást léčby
  • Žádná zmínka o odporu proti opětovnému použití klinických údajů z léčby v lékařském záznamu pacienta

Kritéria vyloučení:

  • Odmítnutí pitvy v případě ztráty plodu
  • Odmítání molekulárních výzkumů ze strany rodičů

Studijní plán

Tato část poskytuje podrobnosti o studijním plánu, včetně toho, jak je studie navržena a co studie měří.

Jak je studie koncipována?

Detaily designu

Kohorty a intervence

Skupina / kohorta
Intervence / Léčba
Pracovní balíček 1, skupina 1
Pacienti (děti) se syndromem CHARGE
Genetický: Methylační analýza
Genomová DNA bude ošetřena bisulfitem. 500 ng zpracované DNA je poté hybridizováno na EPICv2 čipu Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA). Tento microarray umožňuje analýzu přibližně 865 000 methylačních míst na promotorech, enhancery, CpG ostrovech, intergenových a intragenních oblastech. Je to nejrozšířenější čip v literatuře, včetně téměř všech EPIGENETICKÝCH ZNAKŮ uváděných v lidské patologii.
Pracovní balíček 1, skupina 2
Zdravé negativní kontroly (děti) odpovídající věku a pohlaví
Genetický: Methylační analýza
Genomová DNA bude ošetřena bisulfitem. 500 ng zpracované DNA je poté hybridizováno na EPICv2 čipu Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA). Tento microarray umožňuje analýzu přibližně 865 000 methylačních míst na promotorech, enhancery, CpG ostrovech, intergenových a intragenních oblastech. Je to nejrozšířenější čip v literatuře, včetně téměř všech EPIGENETICKÝCH ZNAKŮ uváděných v lidské patologii.
Pracovní balíček 1, skupina 3
Plody se syndromem CHARGE
Genetický: Methylační analýza
Genomová DNA bude ošetřena bisulfitem. 500 ng zpracované DNA je poté hybridizováno na EPICv2 čipu Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA). Tento microarray umožňuje analýzu přibližně 865 000 methylačních míst na promotorech, enhancery, CpG ostrovech, intergenových a intragenních oblastech. Je to nejrozšířenější čip v literatuře, včetně téměř všech EPIGENETICKÝCH ZNAKŮ uváděných v lidské patologii.
Pracovní balíček 1, skupina 4
Plody bez genetické patologie
Genetický: Methylační analýza
Genomová DNA bude ošetřena bisulfitem. 500 ng zpracované DNA je poté hybridizováno na EPICv2 čipu Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA). Tento microarray umožňuje analýzu přibližně 865 000 methylačních míst na promotorech, enhancery, CpG ostrovech, intergenových a intragenních oblastech. Je to nejrozšířenější čip v literatuře, včetně téměř všech EPIGENETICKÝCH ZNAKŮ uváděných v lidské patologii.
Pracovní balíček 2, skupina 5
Pacienti (děti) s KABUKI syndromem
Genetický: Methylační analýza
Genomová DNA bude ošetřena bisulfitem. 500 ng zpracované DNA je poté hybridizováno na EPICv2 čipu Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA). Tento microarray umožňuje analýzu přibližně 865 000 methylačních míst na promotorech, enhancery, CpG ostrovech, intergenových a intragenních oblastech. Je to nejrozšířenější čip v literatuře, včetně téměř všech EPIGENETICKÝCH ZNAKŮ uváděných v lidské patologii.
Pracovní balíček 2, skupina 6
Plody s KABUKI syndromem
Genetický: Methylační analýza
Genomová DNA bude ošetřena bisulfitem. 500 ng zpracované DNA je poté hybridizováno na EPICv2 čipu Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA). Tento microarray umožňuje analýzu přibližně 865 000 methylačních míst na promotorech, enhancery, CpG ostrovech, intergenových a intragenních oblastech. Je to nejrozšířenější čip v literatuře, včetně téměř všech EPIGENETICKÝCH ZNAKŮ uváděných v lidské patologii.
Pracovní balíček 3, skupina 7
Plody s hydroletálním syndromem
Genetický: Methylační analýza
Genomová DNA bude ošetřena bisulfitem. 500 ng zpracované DNA je poté hybridizováno na EPICv2 čipu Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA). Tento microarray umožňuje analýzu přibližně 865 000 methylačních míst na promotorech, enhancery, CpG ostrovech, intergenových a intragenních oblastech. Je to nejrozšířenější čip v literatuře, včetně téměř všech EPIGENETICKÝCH ZNAKŮ uváděných v lidské patologii.
Pracovní balíček 3, skupina 8
Plody se syndromem Meckel/OFD IV
Genetický: Methylační analýza
Genomová DNA bude ošetřena bisulfitem. 500 ng zpracované DNA je poté hybridizováno na EPICv2 čipu Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA). Tento microarray umožňuje analýzu přibližně 865 000 methylačních míst na promotorech, enhancery, CpG ostrovech, intergenových a intragenních oblastech. Je to nejrozšířenější čip v literatuře, včetně téměř všech EPIGENETICKÝCH ZNAKŮ uváděných v lidské patologii.
Pracovní balíček 3, skupina 9
Plody s Fowlerovým syndromem
Genetický: Methylační analýza
Genomová DNA bude ošetřena bisulfitem. 500 ng zpracované DNA je poté hybridizováno na EPICv2 čipu Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA). Tento microarray umožňuje analýzu přibližně 865 000 methylačních míst na promotorech, enhancery, CpG ostrovech, intergenových a intragenních oblastech. Je to nejrozšířenější čip v literatuře, včetně téměř všech EPIGENETICKÝCH ZNAKŮ uváděných v lidské patologii.

Co je měření studie?

Primární výstupní opatření

Měření výsledku
Popis opatření
Časové okno
Epigenetický podpis spojený s patogenními variacemi v genu CHD7 (CHARGE syndrom)
Časové okno: 12 měsíců
Důkaz epigenetického podpisu z DNA fetální tkáně u plodů s patogenní nebo pravděpodobně patogenní variací
12 měsíců
Epigenetický podpis spojený s patogenními variacemi v genu KMT2D (KABUKI syndrom)
Časové okno: 12 měsíců
Důkaz epigenetického podpisu z DNA fetální tkáně u plodů s patogenní nebo pravděpodobně patogenní variací
12 měsíců

Sekundární výstupní opatření

Měření výsledku
Popis opatření
Časové okno
Diferenciální metylace mezi fetálním a postnatálním epigenetickým podpisem
Časové okno: 12 měsíců
Důkazy o rozdílné metylaci mezi fetálním a postnatálním epigenetickým podpisem
12 měsíců
Diferenciální metylace mezi epigenetickými signaturami tkáně a plodové vody
Časové okno: 12 měsíců
Důkazy o rozdílné metylaci mezi epigenetickými signaturami tkáně a plodové vody
12 měsíců
Statistický predikční parametr pro každý epigenetický podpis
Časové okno: 12 měsíců
Měření parametru statistické predikce pro každý epigenetický podpis
12 měsíců
Identifikace nového epigenetického podpisu u fetálních patologií
Časové okno: 12 měsíců
Identifikace nových epigenetických signatur výhradně patologií spojených s geny HYLS1, TCTN3 a FLVCR2
12 měsíců

Spolupracovníci a vyšetřovatelé

Zde najdete lidi a organizace zapojené do této studie.

Sponzor

Assistance Publique - Hôpitaux de Paris

Spolupracovníci

URC-CIC Paris Descartes Necker Cochin

Vyšetřovatelé

  • Ředitel studie: Manon TESSIER, MD, PhD, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris

Publikace a užitečné odkazy

Osoba odpovědná za zadávání informací o studiu tyto publikace poskytuje dobrovolně. Mohou se týkat čehokoli, co souvisí se studiem.

Obecné publikace

Termíny studijních záznamů

Tato data sledují průběh záznamů studie a předkládání souhrnných výsledků na ClinicalTrials.gov. Záznamy ze studií a hlášené výsledky jsou před zveřejněním na veřejné webové stránce přezkoumány Národní lékařskou knihovnou (NLM), aby se ujistily, že splňují specifické standardy kontroly kvality.

Hlavní termíny studia

Začátek studia (Aktuální)

26. února 2026

Primární dokončení (Odhadovaný)

26. srpna 2026

Dokončení studie (Odhadovaný)

26. srpna 2026

Termíny zápisu do studia

První předloženo

20. června 2024

První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality

20. června 2024

První zveřejněno (Aktuální)

26. června 2024

Aktualizace studijních záznamů

Poslední zveřejněná aktualizace (Aktuální)

27. března 2026

Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality

24. března 2026

Naposledy ověřeno

1. března 2026

Více informací

Termíny související s touto studií

Klíčová slova

Další relevantní podmínky MeSH

Další identifikační čísla studie

  • APHP231311

Plán pro data jednotlivých účastníků (IPD)

Plánujete sdílet data jednotlivých účastníků (IPD)?

NE

Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty

Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA

Ne

Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA

Ne

Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .

Předplatit