Vývoj technologie pro neinvazivní prenatální genetickou diagnostiku s využitím celých fetálních buněk z mateřské periferní krve

Jedná se o revizi projektu s názvem „Prenatální genetická diagnostika genomickým sekvenováním: Prospektivní hodnocení“. Tato studie navrhuje otestovat užitečnost a přesnost nové formy buněčného neinvazivního prenatálního testování (NIPT), zde nazývaného neinvazivní testování jedné fetální buňky (SFC). Po mnoha letech vývojové práce výzkumníci v roce 2016 zveřejnili důkazy o proveditelnosti testování SFC. Rozsáhlé nedávné předběžné údaje ukazují značná zlepšení v testování SFC. Současné formy bezbuněčného testování NIPT neposkytují spolehlivou detekci středních až menších delecí a duplikací, které způsobují různá genetická postižení. Předběžná data naznačují, že testování SFC pomocí fetálních trofoblastů z krve matky může detekovat aneuploidii a subchromozomální delece a zdůraznit důležitost analýzy jednotlivých buněk, protože některé fetální buňky jsou apoptotické a některé jsou v S fázi buněčného cyklu replikující svou DNA. Jak apoptóza, tak S fáze interferují s analýzou počtu kopií různými způsoby a sdružování buněk před čárovým kódováním jednotlivých buněk vede ke ztrátě kvality dat. Předběžné údaje ze dvou pilotních ověřovacích studií ukazují, že lze shromáždit spolehlivá data o velké většině pacientů, ačkoli data v tomto bodě by tento projekt značně rozšířil.

Předběžná data ukazují velmi robustní detekci všech aneuploidií a jasnou definici genomových delecí o velikosti 1 Mb a duplikací o velikosti 1,5 Mb. Prvním cílem je provést zaslepené testování SFC u 50 případů ročně s vrozenými anomáliemi s abnormálním karyotypem nebo chromozomální mikročipem (CMA) a 50 případů ročně s vrozenými anomáliemi a normální CMA. To poskytne přímé měření míry úspěšnosti a míry falešně pozitivních a falešně negativních testů SFC ve srovnání s CMA. Druhým cílem bude využít produkty WGA a zmrazené neamplifikované buňky dostupné od cíle 1 k dalšímu zlepšení testování SFC tak, aby zahrnovalo cílenou detekci dědičných nebo de novo patogenních bodových mutací u případů podstupujících WGS v rámci rodičovského grantu, potvrzení velmi malé CNV detekované WGS, opětovné studium falešně pozitivních nebo falešně negativních výsledků z cíle 1 a v budoucnu by se mohli pokusit provést detekci de novo mutací v celém genomu. S využitím zdrojů dostupných prostřednictvím mateřského grantu je zde možnost otestovat, zda testování SFC má potenciál transformovat genetickou prenatální diagnostiku tak, aby všechny genetické změny, ať už CNV nebo bodové mutace, a ať už zděděné nebo de novo, mohly být detekovány dokonce i u nízkorizikových těhotenství.