Teknologiudvikling til ikke-invasiv prænatal genetisk diagnose ved brug af hele føtale celler fra moderens perifere blod

Dette er en revision af et projekt med titlen "Prenatal Genetic Diagnosis by Genomic Sequencing: A Prospective Evaluation." Denne undersøgelse foreslår at teste anvendeligheden og nøjagtigheden af ​​en ny form for cellebaseret non-invasiv prænatal testning (NIPT), her kaldet noninvasiv Single Fetal Cell (SFC) test. Efter mange års udviklingsarbejde offentliggjorde forskerne beviser for gennemførligheden af ​​SFC-test i 2016. Omfattende nylige foreløbige data viser betydelige forbedringer i SFC-testning. Nuværende former for cellefri NIPT-test giver ikke pålidelig påvisning af sletninger og duplikationer af mellemstørrelse til mindre størrelse, der forårsager en række genetiske handicap. Foreløbige data indikerer, at SFC-testning ved hjælp af føtale trofoblaster fra moderens blod kan detektere aneuploidi og subkromosomale deletioner og understreger vigtigheden af ​​at analysere enkeltceller, da nogle føtale celler er apoptotiske, og nogle er i S-fasen af ​​cellecyklussen, der replikerer deres DNA. Både apoptose og S-fase interfererer med kopiantalanalyse på forskellige måder, og pooling af celler før stregkodning af individuelle celler resulterer i tab af datakvalitet. Foreløbige data fra to pilotvalideringsstudier viser, at pålidelige data kan indsamles på det store flertal af patienter, selvom data på dette punkt ville blive udvidet kraftigt af dette projekt.

Foreløbige data viser meget robust påvisning af alle aneuploidier og klar definition af genomiske deletioner så små som 1 Mb og duplikationer så små som 1,5 Mb. Det første mål er at udføre blindede SFC-tests på 50 tilfælde om året med medfødte anomalier med abnorm karyotype eller kromosomal mikroarray (CMA) og 50 tilfælde om året med medfødte anomalier og normal CMA. Dette vil give et direkte mål for succesraten og de falske positive og falske negative rater for SFC-test sammenlignet med CMA. Det andet mål vil være at bruge WGA-produkter og frosne umamplificerede celler, der er tilgængelige fra mål 1 til yderligere at forbedre SFC-testning til at omfatte målrettet påvisning af arvelige eller de novo patogene punktmutationer i de tilfælde, der gennemgår WGS som en del af modertilskuddet, bekræftelse af meget små CNV'er påvist af WGS, genundersøgelse af falsk positive eller falsk negative resultater fra mål 1, og i fremtiden kunne forsøge at udføre genom bred påvisning af de novo mutationer. Ved at udnytte de ressourcer, der er tilgængelige gennem modertilskuddet, er der mulighed for at teste, om SFC-test har potentiale til at transformere genetisk prænatal diagnose, så alle genetiske ændringer, uanset om det er CNV eller punktmutation, og om det er arvet eller de novo, kan detekteres selv i lavrisikograviditeter.