Teknologian kehittäminen ei-invasiiviseen synnytystä edeltävään geneettiseen diagnoosiin, jossa käytetään äidin perifeerisen veren kokonaisia ​​sikiön soluja

Tämä on versio "Prenatal Genetic Diagnosis by Genomic Sequencing: A Prospective Evaluation" -projektista. Tässä tutkimuksessa ehdotetaan uuden solupohjaisen noninvasiivisen prenataalisen testauksen (NIPT) hyödyllisyyden ja tarkkuuden testaamista, jota tässä kutsutaan ei-invasiiviseksi SFC (Single Fetal Cell) -testaukseksi. Monien vuosien kehitystyön jälkeen tutkijat julkaisivat vuonna 2016 todisteita SFC-testauksen toteutettavuudesta. Laajat viimeaikaiset alustavat tiedot osoittavat huomattavia parannuksia SFC-testauksessa. Nykyiset soluvapaat NIPT-testit eivät tarjoa luotettavaa havaitsemista keskikokoisista tai pienemmistä deleetioista ja päällekkäisyyksistä, jotka aiheuttavat erilaisia ​​geneettisiä vammoja. Alustavien tietojen mukaan SFC-testaus käyttämällä äidin verestä peräisin olevia sikiön trofoblasteja voi havaita aneuploidia ja subkromosomaaliset deleetiot ja korostaa yksittäisten solujen analysoinnin tärkeyttä, koska osa sikiön soluista on apoptoottisia ja osa solusyklin S-vaiheessa replikoimassa DNA:taan. Sekä apoptoosi että S-vaihe häiritsevät kopiolukuanalyysiä eri tavoin, ja solujen yhdistäminen ennen yksittäisten solujen viivakoodausta johtaa tietojen laadun heikkenemiseen. Alustavat tiedot kahdesta pilottivalidointitutkimuksesta osoittavat, että luotettavaa tietoa voidaan kerätä suurimmasta osasta potilaita, vaikka tämä projekti laajentaisikin tätä asiaa koskevia tietoja huomattavasti.

Alustavat tiedot osoittavat erittäin vahvan kaikkien aneuploidioiden havaitsemisen ja genomisen deleetioiden selkeän määritelmän niinkin pienten kuin 1 Mb ja kopioiden jopa 1,5 Mb. Ensimmäisenä tavoitteena on tehdä sokkoutettu SFC-testaus 50 tapaukselle vuodessa, joissa on synnynnäisiä epänormaalia karyotyyppiä tai kromosomaalista mikrosirua (CMA) ja 50 tapausta vuodessa, joilla on synnynnäisiä poikkeavuuksia ja normaali CMA. Tämä antaa suoran mittauksen onnistumisasteen sekä väärien positiivisten ja väärien negatiivisten osuuksien määrästä SFC-testauksessa verrattuna CMA:han. Toisena tavoitteena on käyttää tavoitteesta 1 saatavilla olevia WGA-tuotteita ja pakastettuja monistamattomia soluja SFC-testauksen parantamiseksi edelleen sisältäen perinnöllisten tai de novo patogeenisten pistemutaatioiden kohdennetun havaitsemisen tapauksissa, joissa WGS osana vanhempainrahaa. WGS:n havaitsemat pienet CNV:t, väärien positiivisten tai väärien negatiivisten tulosten uudelleentutkimus tavoitteesta 1, ja tulevaisuudessa voitaisiin yrittää suorittaa genominlaajuinen de novo -mutaatioiden havaitseminen. Hyödyntämällä vanhempainrahan kautta saatavilla olevia resursseja on mahdollisuus testata, onko SFC-testillä potentiaalia muuttaa geneettistä prenataalista diagnoosia siten, että kaikki geneettiset muutokset, olivatpa ne sitten CNV tai pistemutaatio, sekä perinnölliset vai de novo, voidaan havaita jopa vähäriskisissä raskauksissa.