Développement de technologies pour le diagnostic génétique prénatal non invasif à l'aide de cellules fœtales entières provenant du sang périphérique maternel

Il s'agit d'une révision d'un projet intitulé « Diagnostic génétique prénatal par séquençage génomique : une évaluation prospective ». Cette étude propose de tester l'utilité et la précision d'une nouvelle forme de test prénatal non invasif (NIPT) basé sur les cellules, ici appelé test non invasif sur cellule fœtale unique (SFC). Après de nombreuses années de travail de développement, les chercheurs ont publié des preuves de la faisabilité des tests SFC en 2016. De nombreuses données préliminaires récentes montrent des améliorations considérables dans les tests SFC. Les formes actuelles de test NIPT acellulaire ne fournissent pas une détection fiable des délétions et des duplications de taille moyenne à petite qui causent une variété de handicaps génétiques. Les données préliminaires indiquent que les tests SFC utilisant des trophoblastes fœtaux du sang de la mère peuvent détecter l'aneuploïdie et les délétions sous-chromosomiques et soulignent l'importance de l'analyse de cellules individuelles, car certaines cellules fœtales sont apoptotiques et certaines sont en phase S du cycle cellulaire en répliquant leur ADN. L'apoptose et la phase S interfèrent avec l'analyse du nombre de copies de différentes manières, et le regroupement des cellules avant le codage à barres des cellules individuelles entraîne une perte de qualité des données. Les données préliminaires de deux études pilotes de validation démontrent que des données fiables peuvent être recueillies sur la grande majorité des patients, bien que les données sur ce point seraient considérablement élargies par ce projet.

Les données préliminaires montrent une détection très robuste de toutes les aneuploïdies et une définition claire des délétions génomiques aussi petites que 1 Mb et des duplications aussi petites que 1,5 Mb. Le premier objectif est d'effectuer des tests SFC en aveugle sur 50 cas par an avec des anomalies congénitales avec un caryotype anormal ou un microréseau chromosomique (CMA) et 50 cas par an avec des anomalies congénitales et un CMA normal. Cela fournira une mesure directe du taux de réussite et des taux de faux positifs et de faux négatifs pour les tests SFC par rapport à CMA. Le deuxième objectif sera d'utiliser les produits WGA et les cellules non amplifiées congelées disponibles à partir de l'objectif 1 pour améliorer davantage les tests SFC afin d'inclure la détection ciblée de mutations ponctuelles pathogènes héréditaires ou de novo dans les cas subissant une WGS dans le cadre de la subvention parentale, la confirmation de très petits CNV détectés par WGS, réétude des résultats faux positifs ou faux négatifs de l'objectif 1, et à l'avenir pourrait tenter d'effectuer une détection à l'échelle du génome des mutations de novo. En capitalisant sur les ressources disponibles grâce à la subvention parentale, il est possible de tester si le test SFC a le potentiel de transformer le diagnostic prénatal génétique afin que tous les changements génétiques, qu'il s'agisse de CNV ou de mutation ponctuelle, et qu'ils soient héréditaires ou de novo, puissent être détectés même dans les grossesses à faible risque.