Разработка технологии неинвазивной пренатальной генетической диагностики с использованием целых клеток плода из периферической крови матери

Это пересмотр проекта под названием «Пренатальная генетическая диагностика с помощью геномного секвенирования: перспективная оценка». В этом исследовании предлагается проверить полезность и точность новой формы клеточного неинвазивного пренатального тестирования (NIPT), называемого здесь неинвазивным тестированием отдельных клеток плода (SFC). После многих лет разработки исследователи опубликовали доказательства возможности тестирования SFC в 2016 году. Обширные недавние предварительные данные показывают значительные улучшения в тестировании SFC. Существующие формы бесклеточного НИПТ-тестирования не обеспечивают надежного обнаружения делеций и дупликаций среднего и меньшего размера, которые вызывают различные генетические отклонения. Предварительные данные показывают, что SFC-тестирование с использованием эмбриональных трофобластов из крови матери может обнаруживать анеуплоидию и субхромосомные делеции и подчеркивает важность анализа отдельных клеток, поскольку некоторые эмбриональные клетки апоптотичны, а некоторые находятся в S-фазе клеточного цикла, реплицируя свою ДНК. И апоптоз, и S-фаза по-разному мешают анализу числа копий, а объединение клеток перед штрих-кодированием отдельных клеток приводит к потере качества данных. Предварительные данные двух пилотных проверочных исследований показывают, что надежные данные могут быть собраны о подавляющем большинстве пациентов, хотя данные по этому вопросу будут значительно расширены в рамках этого проекта.

Предварительные данные показывают очень надежное обнаружение всех анеуплоидий и четкое определение геномных делеций размером до 1 Мб и дупликаций размером до 1,5 Мб. Первая цель состоит в том, чтобы провести слепое тестирование SFC в 50 случаях в год с врожденными аномалиями с аномальным кариотипом или хромосомным микрочипом (CMA) и в 50 случаях в год с врожденными аномалиями и нормальным CMA. Это обеспечит прямую меру успешности и ложноположительных и ложноотрицательных показателей для тестирования SFC по сравнению с CMA. Вторая цель будет заключаться в использовании продуктов WGA и замороженных неамплифицированных клеток, доступных из цели 1, для дальнейшего улучшения тестирования SFC, включая целевое обнаружение унаследованных или патогенных точковых мутаций de novo в случаях, подвергающихся WGS в рамках родительского гранта, подтверждение очень небольшие CNV, обнаруженные с помощью WGS, повторное изучение ложноположительных или ложноотрицательных результатов из цели 1, а в будущем можно попытаться выполнить полногеномное обнаружение мутаций de novo. Используя ресурсы, доступные в рамках родительского гранта, есть возможность проверить, может ли тестирование SFC трансформировать генетическую пренатальную диагностику, чтобы все генетические изменения, будь то CNV или точечная мутация, а также унаследованные или de novo, могли быть обнаружены даже при беременности низкого риска.