ROLIVER - Prospektiv kohorte til identifikation af levermikrobiota (ROLIVER)

Leversygdomme og især fibrose er kendetegnet ved en tarmmikrobiota dysbiose med en stor mangfoldighed. Klassiske statistiske analyser tillader ikke at skelne mellem de forskellige lave score for leverfibrose F0, F1, F2. Eksistensen af ​​en fedtvævsmikrobiota, der er kausalt involveret i udløsningen af ​​en lavgradig inflammation, kunne ligne det, der observeres ved leverfibrose. For at generere mikrobielle hypoteser, der formodet er ansvarlige for begyndelsen af ​​leverfibrose, sekventerede vi 16SrDNA-genet fra leverbiopsier fra 36 overvægtige patienter (ROLIVER-kohorte) og beskriver en original matematisk tilgang til at dechifrere signaturer af tidlige stadier af leverfibrose F0, F1, F2. Vi identificerede, at Protebacteria som den vigtigste phyla i leveren med Pseudomonadaceae- og Proteobacteriaceae-familier, der repræsenterer ~60% af 16SrDNA-gendiversiteten. Mens primære komponentanalyser ikke var i stand til at skelne mellem de tre grupper, fremstår den delvise mindste kvadratiske diskriminantanalyse som et kraftfuldt værktøj til at identificere signaturer, der er forudsigelige for hver gruppe. Vi konstruerede yderligere en matrix af interagerende OTU-klynger omkring tidlige scores af leverfibrose. Til sidst anvendte vi tfidf-tilgangen til at eksemplificere de sjældne variabler, som kunne bære noget information, der var egnet til at forfine diagnosen. Alt i alt foreslår vi her en matematisk tilgang, der er egnet til præcis identifikation af bakterier, der formodes involverer i den progressive udvikling af leverfibrose, hvilket repræsenterer en ny terapeutisk mulighed.