ROLIVER - Cohorte prospective pour l'identification du microbiote hépatique (ROLIVER)

Les maladies du foie et notamment la fibrose se caractérisent par une dysbiose du microbiote intestinal d'une grande diversité. Les analyses statistiques classiques ne permettent pas de discriminer les différents scores bas de fibrose hépatique F0,F1,F2. L'existence d'un microbiote du tissu adipeux causalement impliqué dans le déclenchement d'une inflammation de bas grade pourrait ressembler à ce qui est observé dans la fibrose hépatique. Pour générer des hypothèses microbiennes potentiellement responsables de l'apparition de la fibrose hépatique, nous avons séquencé le gène 16SrDNA à partir de biopsies hépatiques de 36 patients obèses (cohorte ROLIVER) et décrit une approche mathématique originale pour déchiffrer les signatures des stades précoces de la fibrose hépatique F0, F1, F2. Nous avons identifié les protébactéries comme le principal embranchement du foie avec les familles des Pseudomonadaceae et des Proteobacteriaceae représentant environ 60 % de la diversité des gènes de l'ADNr 16S. Alors que les analyses en composantes primaires n'ont pas été en mesure de discriminer entre les trois groupes, l'analyse discriminante des moindres carrés partiels apparaît comme un outil puissant pour identifier les signatures prédictives pour chaque groupe. Nous avons en outre construit une matrice de grappes OTU en interaction entourant les premiers scores de fibrose hépatique. Finalement, nous avons appliqué l'approche tfidf pour illustrer les rares variables qui pourraient être porteuses d'informations appropriées pour affiner le diagnostic. Au total, nous proposons ici une approche mathématique adaptée à l'identification précise des bactéries potentiellement impliquées dans le développement progressif de la fibrose hépatique qui représentent donc une nouvelle opportunité thérapeutique.