ROLIVER - Prospektywna kohorta do identyfikacji mikroflory wątroby (ROLIVER)

Choroby wątroby, a zwłaszcza zwłóknienie, charakteryzują się dysbiozą mikroflory jelitowej o dużej różnorodności. Klasyczne analizy statystyczne nie pozwalają na rozróżnienie między różnymi niskimi punktami włóknienia wątroby F0, F1, F2. Istnienie mikroflory tkanki tłuszczowej przyczynowo zaangażowanej w wywoływanie stanu zapalnego niskiego stopnia może przypominać to, co obserwuje się w zwłóknieniu wątroby. Aby wygenerować hipotezy mikrobiologiczne przypuszczalnie odpowiedzialne za początek zwłóknienia wątroby, zsekwencjonowaliśmy gen 16SrDNA z biopsji wątroby pobranych od 36 otyłych pacjentów (kohorta ROLIVER) i opisaliśmy oryginalne podejście matematyczne do rozszyfrowania sygnatur wczesnego stadium zwłóknienia wątroby F0, F1, F2. Zidentyfikowaliśmy, że Protebacteria jako główny typ w wątrobie z rodzinami Pseudomonadaceae i Proteobacteriaceae reprezentują ~ 60% różnorodności genów 16SrDNA. Podczas gdy analizy głównych składowych nie były w stanie rozróżnić trzech grup, analiza dyskryminacyjna częściowych najmniejszych kwadratów wydaje się potężnym narzędziem do identyfikacji sygnatur predykcyjnych dla każdej grupy. Następnie skonstruowaliśmy macierz oddziałujących klastrów OTU otaczających wczesne wyniki zwłóknienia wątroby. Ostatecznie zastosowaliśmy podejście tfidf, aby zilustrować rzadkie zmienne, które mogą przenosić pewne informacje odpowiednie do udoskonalenia diagnozy. W sumie proponujemy tutaj podejście matematyczne odpowiednie do precyzyjnej identyfikacji bakterii przypuszczalnie zaangażowanych w postępujący rozwój zwłóknienia wątroby, co stanowi zatem nową możliwość terapeutyczną.