Optimaalisten cocktailisten probioottien tutkimus vankomysiiniresistenttien enterokokkien dekolonisaatioon ihmisen suolistossa

Enterokokit ovat yksi ihmisten yleisimmistä suolistofloorasta, ja niistä on tullut tärkeä opportunististen infektioiden patogeeninen bakteeri. Enterokokit voivat aiheuttaa vakavia infektioita potilaiden immuunivasteen heikkeneessä ja sen seurauksena vakavan lääketieteellisen hoidon ongelman, koska viimeisen linjan antibiootit voivat olla tehottomia. Vankomysiiniresistenttien enterokokkien (VRE) ilmaantuvuus on lisääntynyt viime vuosina kaikkialla maailmassa. VRE:stä on tullut globaali uhka ihmisten terveydelle ja sairaanhoidolle antibioottiresistenssigeenien mahdollisen leviämisen vuoksi. Toistaiseksi probioottisilla bakteereilla on ollut useita tärkeitä rooleja suoliston toiminnan säätelyssä ja positiivisia vaikutuksia diabetekseen, maksan vajaatoimintaan ja psykiatrisiin häiriöihin. Äskettäin muutamat probioottitutkimukset osoittivat, että VRE voitaisiin mahdollisesti dekolonisoida ihmisen suolistosta. Se on kuitenkin edelleen kiistanalainen näiden raporttien erilaisten probioottikantojen, annosten, annostelun kestojen ja tutkimussuunnitelmien vuoksi. Siksi lisätutkimukset in vitro ja kliiniset kokeet ovat perusteltuja sen hypoteesin vahvistamiseksi, että probioottiset bakteerit voivat dekolonisoida VRE:n ihmisen suolistosta.

Esitutkimuksessa, jossa käytettiin Microbiome-analyysiputkistoa NGS-tietojen (seuraavan sukupolven sekvensointi) dissektointiin kahden VRE-kannan (Enterococcus faecium, Enterococcus faecalis) ja kymmenen TFDA:n (Taiwan Food and Drug Administration) hyväksymän probioottibakteerin yhteisviljelmistä, tutkijat. ovat vahvistaneet, että kymmenen probioottisen bakteerin seos suppressoi merkittävästi VRE:n bakteerimääriä in vitro -yhteisviljelmien aikana. Tulokset tarjoavat optimaalisen sekoitettujen probioottien kaavan, jossa valittujen probioottisten bakteerien spesifinen yhdistelmä voisi saada aikaan maksimaalisen vaikutuksen VRE:n kasvun hillitsemiseen.

Ensin suoritetaan VRE:n ja Microbiome-analyysiputkella valittujen optimaalisten sekoitettujen probioottien in vitro yhteisviljely esitutkimuksen tulosten validointia varten. Mahahapporesistentit kapselit, jotka sisältävät probioottisen cocktailin, joka on validoitu in vitro -yhteisviljelymallilla, valmistetaan sitten annoksella 10^10 CFU (Colony Forming Unit).

Toiseksi ehdotetussa kliinisessä tutkimuksessa 20–90-vuotiaat osallistujat valitaan ja viedään Taipein lääketieteelliseen yliopistolliseen sairaalaan, jossa on eristettyjä vankomysiiniresistenssienterokokkeja (VRE) ulosteistaan ​​sairaalahoidon jälkeen. Poissulkemiskriteerit tässä tutkimuksessa ovat henkilöt: (1) joilla on rutiininomaista probioottien ottoa jokapäiväisessä elämässä tai joille on määrätty probiootteja klinikalla viikkoa ennen kliinistä tutkimusta tai sen aikana; (2) jolle on määrätty suun kautta otettavaa antibioottia kliinisen kokeen aikana; (3) joilla on ripulioireita; (4) raskauden aikana; (5) immuunipuutteiset tilat tai steroidityyppisten lääkkeiden kanssa määrätty; (6) joilla on diabetes mellitus; (7) kriittisesti sairaat potilaat.

Kun perussairauksien tilat ovat vakiintuneet, nämä tietoisen suostumuksen allekirjoittaneet potilaat jaetaan satunnaisesti kahteen ryhmään, jotka saavat sekoitettuja probiootteja tai lumelääkettä 3 viikon ajan kaksoissokkoutettuna. Ulostenäytteet otetaan ennen ja jälkeen 3-viikkoisen sekoitettujen probioottien tai lumelääkkeen annon. Kun yhteensä 80 potilasta on otettu mukaan, kaksoissokkoutetut kapselit poistetaan leimaamattomista ja vähintään 50 potilasta, joilla on 25 suoritettua paritettua ulostenäytettä molemmissa ryhmissä, käsitellään edelleen genomisen DNA:n eristämistä ja 16s rDNA:n (ribosomaalisen DNA:n) NGS-analyysiä varten. Lopuksi ulostenäytteissä olevat VRE:n määrät analysoidaan pesäkkeiden muodostumisluvulla selektiivisellä alustalla ja suoliston mikrobiotan muutokset analysoidaan ulosteen mikrobiomin 16s rDNA NGS:n avulla. Tuloksia verrataan cocktaileja saaneiden probioottien ryhmän ja plaseboryhmän välillä probioottien VRE:n dekolonisaatiovaikutuksen arvioimiseksi.