Исследование оптимального коктейля пробиотиков для деколонизации устойчивых к ванкомицину энтерококков в кишечнике человека

Энтерококки являются одной из комменсальной кишечной флоры человека и стали важной патогенной бактерией условно-патогенной инфекции. Энтерококки могут вызывать тяжелую инфекцию у пациентов с иммунодефицитом и последующую серьезную проблему при медикаментозном лечении, поскольку антибиотики последней линии могут оказаться неэффективными. Заболеваемость ванкомицинрезистентными энтерококками (ВРЭ) в последние годы увеличивается во всем мире. VRE стали глобальной угрозой для здоровья человека и медицинского обслуживания из-за возможного распространения генов устойчивости к антибиотикам. До сих пор пробиотические бактерии играли различные важные роли в регуляции функций кишечника и в некоторой степени положительно влияли на диабет, нарушение функции печени и психические расстройства. Недавно несколько пробиотических исследований показали, что VRE может быть деколонизирован из кишечника человека. Тем не менее, это остается спорным из-за различных пробиотических штаммов, дозировок, продолжительности введения и дизайна исследований в этих отчетах. Следовательно, необходимы дальнейшие исследования in vitro и клинические испытания для проверки гипотезы о том, что VRE может быть деколонизирован пробиотическими бактериями из кишечника человека.

В предварительном исследовании с использованием конвейера анализа микробиома для анализа данных NGS (секвенирования следующего поколения) из совместных культур двух штаммов VRE (Enterococcus faecium, Enterococcus faecalis) и десяти пробиотических бактерий, одобренных TFDA (Тайваньское управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов), исследователи подтвердили, что смесь десяти пробиотических бактерий значительно подавляла бактериальное количество VRE во время совместного культивирования in vitro. Результаты предоставят формулу оптимального коктейля пробиотиков, в котором определенная комбинация выбранных пробиотических бактерий может оказать максимальное влияние на подавление роста VRE.

Во-первых, для проверки результатов предварительного исследования будет проведено совместное культивирование VRE и оптимального коктейля пробиотиков, отобранных в процессе анализа микробиома in vitro. Затем будут приготовлены устойчивые к желудочному соку капсулы, содержащие пробиотический коктейль, подтвержденный моделью совместного культивирования in vitro, в дозировке 10^10 КОЕ (колониеобразующая единица).

Во-вторых, в предлагаемом клиническом испытании будут отобраны участники в возрасте от 20 до 90 лет, которые будут госпитализированы в больницу Тайбэйского медицинского университета с изолированными энтерококками, устойчивыми к ванкомицину (VRE), из их стула после госпитализации. Критериями исключения в этом исследовании являются лица: (1) с рутинным приемом пробиотиков в повседневной жизни или получающие пробиотики в клинике за одну неделю до или в период клинического испытания; (2) назначение перорального приема антибиотиков в период клинических испытаний; (3) с симптомом диареи; (4) во время беременности; (5) состояния с ослабленным иммунитетом или назначение лекарств стероидного типа; (6) с сахарным диабетом; (7) критически больных пациентов.

Когда состояние их основного заболевания стабилизируется, эти пациенты, подписавшие информированное согласие, будут случайным образом разделены на две группы, получающие смешанные пробиотики или плацебо в течение 3 недель при двойном слепом маскировании. Образцы стула будут собираться до и после 3-недельного приема смешанных пробиотиков или плацебо. После завершения регистрации 80 пациентов в общем числе двойные слепые капсулы будут немаркированы, и по крайней мере 50 пациентов с 25 заполненными парными образцами стула в обеих группах будут дополнительно обработаны для выделения геномной ДНК и анализа 16s рДНК (рибосомной ДНК) NGS. Наконец, количество VRE в образцах стула будет проанализировано с количеством образовавшихся колоний на селективной среде, а изменения микробиоты кишечника будут проанализированы с помощью микробиома стула 16s rDNA NGS. Результаты будут сравниваться между группой смешанных пробиотиков и группой плацебо для оценки эффекта деколонизации VRE пробиотиков.