Badanie optymalnych koktajli probiotycznych do dekolonizacji enterokoków opornych na wankomycynę w jelicie człowieka

Enterokoki należą do komensalnej flory jelitowej człowieka i stały się ważną bakterią chorobotwórczą infekcji oportunistycznych. Enterokoki mogą powodować ciężkie infekcje, gdy pacjenci mają obniżoną odporność, a następnie poważny problem w terapii medycznej, ponieważ antybiotyki ostatniego rzutu mogą być nieskuteczne. Częstość występowania enterokoków opornych na wankomycynę (VRE) wzrasta na całym świecie w ostatnich latach. VRE stały się globalnym zagrożeniem dla zdrowia ludzi i opieki medycznej ze względu na możliwe rozprzestrzenianie się genów oporności na antybiotyki. Do tej pory bakterie probiotyczne odgrywały różne ważne role w regulacji funkcji jelit i miały pozytywny wpływ na cukrzycę, zaburzenia funkcji wątroby i zaburzenia psychiczne. Ostatnio kilka badań nad probiotykami wykazało, że VRE może zostać zdekolonizowany z ludzkiego jelita. Jednak pozostaje kontrowersyjny ze względu na różne szczepy probiotyczne, dawki, czas trwania podawania i projekty badań w tych raportach. Dlatego uzasadnione są dalsze badania in vitro i próby kliniczne w celu potwierdzenia hipotezy, że VRE mogą być dekolonizowane przez bakterie probiotyczne z ludzkiego jelita.

We wstępnym badaniu z wykorzystaniem rurociągu analizy mikrobiomu w celu przeanalizowania danych NGS (sekwencjonowanie nowej generacji) ze wspólnych kultur dwóch szczepów VRE (Enterococcus faecium, Enterococcus faecalis) i dziesięciu bakterii probiotycznych zatwierdzonych przez TFDA (Taiwan Food and Drug Administration), badacze potwierdzili, że mieszanina dziesięciu bakterii probiotycznych znacznie zmniejszyła bakteryjne ilości VRE podczas współhodowli in vitro. Wyniki dostarczą formułę optymalnych koktajli probiotycznych, w których specyficzna kombinacja wybranych bakterii probiotycznych mogłaby wywierać maksymalny wpływ na supresję wzrostu VRE.

Najpierw zostanie przeprowadzona wspólna hodowla in vitro VRE i optymalnych koktajli probiotycznych wybranych w ramach analizy mikrobiomu w celu walidacji wyników badania wstępnego. Kapsułki odporne na działanie kwasu żołądkowego zawierające koktajl probiotyczny zwalidowany w modelu kokultury in vitro zostaną następnie przygotowane w dawce 10^10 CFU (Jednostki Tworzącej Kolonię).

Po drugie, w proponowanym badaniu klinicznym uczestnicy w wieku od 20 do 90 lat zostaną wybrani i przyjęci do Szpitala Uniwersytetu Medycznego w Tajpej z wyizolowanymi enterokokami opornymi na wankomycynę (VRE) z ich stolca po hospitalizacji. Kryteriami wykluczającymi w tym badaniu są osoby: (1) rutynowo przyjmujące probiotyki w życiu codziennym lub którym przepisano probiotyki w klinice na tydzień przed lub w okresie badania klinicznego; (2) przepisany z doustną antybiotykoterapią w okresie badania klinicznego; (3) z objawami biegunki; (4) w ciąży; (5) z obniżoną odpornością lub przepisanymi lekami typu steroidowego; (6) z cukrzycą; (7) krytycznie chorzy pacjenci.

Po ustabilizowaniu się warunków ich chorób podstawowych ci pacjenci, którzy podpiszą świadomą zgodę, zostaną losowo przydzieleni do dwóch grup otrzymujących koktajl probiotyków lub placebo przez 3 tygodnie w podwójnie ślepej próbie maskowania. Próbki kału zostaną pobrane przed i po 3-tygodniowym podaniu koktajlu probiotycznego lub placebo. Po zakończeniu rejestracji 80 pacjentów w liczbie całkowitej, podwójnie zaślepione kapsułki nie zostaną oznakowane, a co najmniej 50 pacjentów z ukończonymi 25 sparowanymi próbkami kału w obu grupach zostanie poddanych dalszej obróbce w celu izolacji genomowego DNA i analizy NGS 16s rDNA (rybosomalny DNA). Na koniec, ilości VRE w próbkach kału zostaną przeanalizowane z liczbą tworzących się kolonii na podłożu selekcyjnym, a zmiany mikroflory jelitowej zostaną przeanalizowane za pomocą mikrobiomu kału 16s rDNA NGS. Wyniki zostaną porównane między grupą probiotyków z koktajlem a grupą placebo w celu oceny efektu dekolonizacji VRE przez probiotyki.