Enquête sur les probiotiques cocktails optimaux pour la décolonisation des entérocoques résistants à la vancomycine dans l'intestin humain

Les entérocoques font partie de la flore intestinale commensale chez l'homme et sont devenus une bactérie pathogène importante des infections opportunistes. Les entérocoques peuvent provoquer une infection grave lorsque les patients deviennent immunodéprimés et un grave problème ultérieur de traitement médical, car les antibiotiques de dernière ligne pourraient être inefficaces. L'incidence des entérocoques résistants à la vancomycine (ERV) a augmenté partout dans le monde ces dernières années. Les ERV sont devenus une menace mondiale pour la santé humaine et les soins médicaux en raison de la propagation possible de gènes de résistance aux antibiotiques. Jusqu'à présent, les bactéries probiotiques ont joué divers rôles importants dans la régulation des fonctions intestinales et un impact positif sur le diabète, les troubles de la fonction hépatique et les troubles psychiatriques. Récemment, quelques études sur les probiotiques ont indiqué que les ERV pourraient éventuellement être décolonisés de l'intestin humain. Cependant, il reste controversé en raison des différentes souches de probiotiques, des dosages, des durées d'administration et des plans d'étude dans ces rapports. Par conséquent, d'autres études in vitro et essais cliniques sont justifiés pour valider l'hypothèse selon laquelle les ERV pourraient être décolonisés par des bactéries probiotiques de l'intestin humain.

Dans l'étude préliminaire utilisant le pipeline d'analyse Microbiome pour disséquer les données NGS (séquençage de nouvelle génération) des co-cultures de deux souches d'ERV (Enterococcus faecium, Enterococcus faecalis) et de dix bactéries probiotiques approuvées par la TFDA (Taiwan Food and Drug Administration), les chercheurs ont confirmé que le mélange des dix bactéries probiotiques supprimait significativement les quantités bactériennes d'ERV lors des co-cultures in vitro. Les résultats fourniront une formule de probiotiques cocktail optimal dans laquelle une combinaison spécifique des bactéries probiotiques sélectionnées pourrait exercer un effet maximal sur la suppression de la croissance des ERV.

Tout d'abord, une co-culture in vitro d'ERV et des probiotiques cocktails optimaux sélectionnés par le pipeline d'analyse Microbiome sera menée pour valider les résultats de l'étude préliminaire. Des gélules résistantes à l'acide gastrique contenant le cocktail probiotique validé avec un modèle de co-culture in vitro, seront ensuite préparées au dosage de 10^10 UFC (Unité Formant Colonie).

Deuxièmement, dans l'essai clinique proposé, les participants âgés de 20 à 90 ans seront sélectionnés et admis à l'hôpital universitaire médical de Taipei avec des entérocoques résistants à la vancomycine (ERV) isolés de leurs selles après l'hospitalisation. Les critères d'exclusion dans cette étude sont les individus : (1) avec une prise régulière de probiotiques dans la vie quotidienne, ou étant prescrits avec des probiotiques en clinique une semaine avant ou pendant la période de l'essai clinique ; (2) étant prescrit avec prise d'antibiotiques par voie orale pendant la période d'essai clinique ; (3) avec un symptôme de diarrhée ; (4) pendant la grossesse ; (5) d'états immunodéprimés ou d'être prescrit avec des médicaments de type stéroïde ; (6) avec le diabète sucré; (7) patients gravement malades.

Lorsque les conditions de leurs maladies sous-jacentes seront stabilisées, ces patients qui signent les consentements éclairés seront répartis au hasard en deux groupes recevant le probiotique cocktail ou le placebo pendant 3 semaines en masquage en double aveugle. Les échantillons de selles seront prélevés avant et après l'administration pendant 3 semaines des probiotiques en cocktail ou du placebo. Après l'achèvement du recrutement de 80 patients au total, les capsules en double aveugle ne seront pas étiquetées et au moins 50 patients avec 25 échantillons de selles appariés complets dans les deux groupes seront traités ultérieurement pour l'isolement de l'ADN génomique et l'analyse NGS de l'ADNr 16s (ADN ribosomique). Enfin, les quantités d'ERV dans les échantillons de selles seront analysées avec le nombre de formations de colonies sur milieu sélectif, et les altérations du microbiote intestinal seront analysées à travers le microbiome des selles 16s rDNA NGS. Les résultats seront comparés entre le groupe probiotiques cocktail et le groupe placebo pour l'évaluation de l'effet de décolonisation des ERV par les probiotiques.