Étude du carcinome hépatocellulaire chez les patients cirrhotiques (CIRCE ProSpec)

Le projet est basé sur une étude cas-témoin incluant des patients cirrhotiques avec (200 cas) et sans (400 témoins) carcinome hépatocellulaire. La détermination de la taille des échantillons dans les études protéomiques ou spectroscopiques doit être adaptée au réglage de haute dimension. L'analyse protéomique sera réalisée par la Plateforme d'Innovation Clinique Protéomique de Dijon. Deux approches seront utilisées dans l'étude protéomique : Une approche globale basée sur la comparaison des profils de spectres protéomiques obtenus après analyse par spectrométrie de masse (MALDI-TOF). La particularité de cette étude par rapport aux études précédentes est : les procédures utilisées pour purifier les sous protéomes (Cinq méthodes automatisées incluant fractionnement par déplétion et purification seront appliquées), la qualification des données générées avec la mise en place de contrôles qualité, le nombre élevé d'échantillons inclus dans l'étude. La seconde approche BIA-MS (Biomolecular interaction analysis mass spectrometry) est une approche ciblée qui permet la capture, la quantification et la caractérisation des protéines.

Les contrôles qualité permettent de quantifier les différentes sources de variabilité et de valider que la variabilité biologique est supérieure à la variabilité technique. Tous les échantillons seront traités et analysés avec les mêmes protocoles, 100 échantillons seront utilisés pour valider le marqueur et les modèles statistiques développés après analyse des 500 premiers échantillons. L'analyse par spectroscopie infrarouge sera réalisée par l'équipe MéDIAN, CNRS UMR 6237 de l'université de Reims. Les 300 premiers échantillons, après sélection des caractéristiques des spectres de référence, sont classés en différentes classes au moyen de méthodes de classification mathématique telles que les processus statistiques multivariés de reconnaissance de formes, les réseaux de neurones, les machines à vecteurs de support et les méthodes de classification par cas ou d'apprentissage automatique, les algorithmes génétiques ou méthodes de programmation évolutive. L'analyse d'un second jeu d'échantillons (300) validera les différentes méthodes mathématiques de classification développées.

Dans l'étude globale, les chercheurs vont démêler la relation entre les données protéomiques, spectroscopiques et métaboliques/nutritionnelles. La description de ces relations utilisera plus généralement l'analyse canonique et l'analyse multi-blocs. Le but de ces méthodes est d'explorer les relations qui peuvent exister entre plusieurs groupes de variables quantitatives observées sur un même ensemble d'individus.