Estudo do Carcinoma Hepatocelular em Pacientes Cirróticos (CIRCE ProSpec)

O projeto é baseado em um estudo de caso-controle incluindo pacientes cirróticos com (200 casos) e sem (400 controles) carcinoma hepatocelular. A determinação de tamanhos de amostra em estudos proteômicos ou espectroscópicos deve ser adaptada ao ambiente de alta dimensão. A análise proteômica será conduzida pela Clinical Innovation Proteomic Platform de Dijon. Duas abordagens serão utilizadas no estudo proteômico: Uma abordagem global baseada na comparação de perfis de espectros proteômicos obtidos após análise por espectrometria de massa (MALDI-TOF). A particularidade deste estudo em relação a estudos anteriores é: os procedimentos usados ​​para purificar os subproteomas (serão aplicados cinco métodos automatizados incluindo fracionamento por depleção e purificação), a qualificação dos dados gerados com a introdução de controles de qualidade, o alto número das amostras incluídas no estudo. A segunda abordagem BIA-MS (espectrometria de massa de análise de interação biomolecular) é uma abordagem direcionada que permite a captura, quantificação e caracterização de proteínas.

Os controlos de qualidade permitem quantificar as várias fontes de variabilidade e validar que a variabilidade biológica é superior à variabilidade técnica. Todas as amostras serão tratadas e analisadas com os mesmos protocolos, 100 amostras serão utilizadas para validar o marcador e os modelos estatísticos desenvolvidos após análise das primeiras 500 amostras. A análise por espectroscopia infravermelha será realizada pela equipe MéDIAN, CNRS UMR 6237 da Universidade de Reims. As primeiras 300 amostras após os espectros de referência de seleção de recursos são classificadas em diferentes classes por meio de métodos de classificação matemática, como processos estatísticos multivariados de reconhecimento de padrões, redes neuronais, máquinas de vetores de suporte e métodos de classificação baseada em casos ou aprendizado de máquina, algoritmos genéticos ou métodos de programação evolutiva. A análise de um segundo conjunto de amostras (300) validará os diferentes métodos de classificação matemática desenvolvidos.

No estudo global, os investigadores irão desvendar a relação entre dados proteômicos, espectroscópicos e metabólicos/nutricionais. A descrição dessas relações usará análise canônica e análise multi-bloco de uma forma mais geral. O objetivo desses métodos é explorar as relações que possam existir entre vários grupos de variáveis ​​quantitativas observadas no mesmo conjunto de indivíduos.