Studio del carcinoma epatocellulare nei pazienti cirrotici (CIRCE ProSpec)

Il progetto si basa su uno studio caso-controllo che include pazienti cirrotici con (200 casi) e senza (400 controlli) carcinoma epatocellulare. La determinazione delle dimensioni del campione negli studi proteomici o spettroscopici deve essere adattata all'impostazione dimensionale elevata. L'analisi proteomica sarà condotta dalla Clinical Innovation Proteomic Platform di Dijon. Nello studio della proteomica verranno utilizzati due approcci: Un approccio globale basato sul confronto dei profili degli spettri proteomici ottenuti dopo analisi di spettrometria di massa (MALDI-TOF). La particolarità di questo studio rispetto agli studi precedenti è: le procedure utilizzate per purificare i sub proteomi (verranno applicati cinque metodi automatizzati tra cui il frazionamento di deplezione e la purificazione), la qualificazione dei dati generati con l'introduzione di controlli di qualità, l'elevato numero dei campioni inclusi nello studio. Il secondo approccio BIA-MS (Biomolecular interaction analysis mass spectrometry) è un approccio mirato che consente la cattura, la quantificazione e la caratterizzazione delle proteine.

I controlli di qualità consentono di quantificare le varie fonti di variabilità e di validare che la variabilità biologica è superiore alla variabilità tecnica. Tutti i campioni saranno trattati e analizzati con gli stessi protocolli, 100 campioni saranno utilizzati per validare il marcatore ei modelli statistici sviluppati dopo l'analisi dei primi 500 campioni. L'analisi della spettroscopia infrarossa sarà condotta dal team MéDIAN, CNRS UMR 6237 dell'università di Reims. I primi 300 campioni dopo gli spettri di riferimento per la selezione delle caratteristiche, sono classificati in diverse classi mediante metodi di classificazione matematica come processi statistici multivariati di pattern recognition, reti neuronali, macchine vettoriali di supporto e metodi di classificazione basata su casi o apprendimento automatico, algoritmi genetici o metodi di programmazione evolutiva. L'analisi di una seconda serie di campioni (300) convaliderà i diversi metodi di classificazione matematica sviluppati.

Nello studio globale i ricercatori sveleranno la relazione tra dati proteomici, spettroscopici e metabolici/nutrizionali. La descrizione di queste relazioni utilizzerà l'analisi canonica e l'analisi multiblocco in misura più generale. L'obiettivo di questi metodi è esplorare le relazioni che possono esistere tra diversi gruppi di variabili quantitative osservate sullo stesso insieme di individui.