Biomarqueurs plasmatiques et radiologiques de la réponse à l'ECP chez les receveurs de transplantation pulmonaire atteints de CLAD

I. Traitements par ECP La décision de prescrire l'ECP est indépendante de l'étude et sera déterminée par le médecin traitant du sujet. Les traitements par ECP seront effectués au centre de transplantation pulmonaire respectif du sujet selon le régime de traitement par ECP standard du centre participant et ne seront pas modifiés aux fins de cette étude. Typiquement, les procédures sont réalisées selon un calendrier de traitement comprenant un total de 24 procédures sur 6 mois. Deux procédures sont effectuées chaque semaine pendant sept semaines (mois 1 et 2), suivies de procédures appariées toutes les deux semaines pour le mois 3, puis une fois par mois pour les mois 4, 5 et 6.

II. Visites d'étude pour la collecte d'échantillons sanguins et paramètres à mesurer Lorsque les sujets se présentent pour leur premier traitement par ECP dans leur centre de transplantation pulmonaire respectif, un formulaire de consentement éclairé rempli sera confirmé pour la participation à l'étude. Des échantillons sanguins seront prélevés par le centre effectuant les traitements par ECP du sujet à trois moments au cours des 6 mois d'un cycle de traitement par ECP : 1) immédiatement avant le premier traitement par ECP, 2) immédiatement avant le 15e traitement par ECP au début du mois 3, et 3) immédiatement avant le dernier traitement par ECP d'un cycle complet de traitement par ECP.

a. Procédures i. Collecte d'échantillons sanguins : Des échantillons sanguins (jusqu'à 25 ml de sang veineux, 15 ml pour l'analyse dd-cfDNA et 10 ml pour les études Treg) seront collectés par ponction veineuse ou au moment de la mise en place/accès du cathéter intraveineux. Les échantillons non cliniques seront étiquetés avec un numéro d'étude uniquement pour préserver la confidentialité des patients.

ii. Analyse dd-cfDNA : Des échantillons de sang total seront collectés dans des tubes cfDNA BCT (Streck Inc., Omaha, NE), et le plasma sera isolé. Le cfDNA sera isolé en utilisant un protocole personnalisé et contrôlé qualitativement par qPCR. L'ADN génomique (gDNA) sera extrait, fragmenté et contrôlé qualitativement. Des bibliothèques de cfDNA plasmatique seront préparées pour le séquençage shotgun et séquencées sur Illumina HiSeq. Les lectures de séquences brutes seront tronquées, filtrées et alignées sur le génome humain pour rechercher des SNP uniques du donneur et du receveur afin de calculer le % dd-cfDNA.

iii. Analyse de la méthylation du cfDNA : Le cfDNA ou le gDNA sera traité au bisulfite, des bibliothèques seront construites et séquencées avec Illumina NovaSeq. La qualité des lectures de séquences brutes sera vérifiée, les lectures seront tronquées puis alignées sur un génome de référence humain. Après déduplication, les signaux de méthylation de la cytosine seront extraits. La composition cellulaire pour les origines du cfDNA plasmatique sera déconvoluée en utilisant l'algorithme de l'atlas de méthylation des types cellulaires humains.

iv. Analyse Treg : Les caractéristiques, la fonction et la réponse des Treg avant, pendant et après l'ECP seront analysées. Dix (10) mL de sang total seront collectés dans des tubes héparinés à des moments spécifiés dans chaque centre chez les sujets subissant l'ECP. Les cellules mononucléées du sang périphérique (PBMC) seront isolées et les populations Treg seront triées et enrichies pour des analyses fonctionnelles et phénotypiques en aval, y compris des évaluations de la capacité suppressive, de la production de cytokines et de l'expression des marqueurs de surface.

III. Visites d'étude par IRM-DCE et paramètres à mesurer Les sujets seront dépistés pour s'assurer qu'ils répondent aux critères d'inclusion/exclusion de base de l'étude et n'ont pas de contre-indications à l'administration de gadolinium ou à l'IRM. Les femmes en âge de procréer subiront un test de grossesse urinaire avant chaque examen IRM pour confirmer l'éligibilité. Tous les patients seront invités à remplir un formulaire de dépistage IRM avant toute IRM de recherche. Le poids sera mesuré.

IRM : L'IRM du thorax sera réalisée à deux moments : 1) avant le premier traitement par ECP et 2) après le dernier traitement par ECP, idéalement dans les 2 semaines suivant le dernier traitement par ECP mais pas plus de 4 semaines plus tard.

Spirométrie : La spirométrie sera effectuée le jour de l'IRM et avant celle-ci. Si une spirométrie a été obtenue dans les 4 semaines précédentes pour les soins cliniques, la spirométrie peut ne pas être répétée à la date de l'IRM.

1. Médicaments à utiliser Chaque sujet recevra une dose unique de gadotérate méglumine (Dotarem®), un agent de contraste IRM à base de gadolinium approuvé par la FDA. Le gadotérate méglumine sera administré à une dose de 0,05 mmol/kg en une seule administration intraveineuse.
2. Appareils à utiliser Les images IRM seront acquises à l'aide de scanners 3 Tesla commerciaux approuvés par la FDA en utilisant des séquences conventionnelles approuvées par la FDA et/ou en cours de développement pour l'acquisition d'images.
3. Procédures

i. Administration du contraste IRM : Un cathéter intraveineux sera placé, et les sujets recevront du gadotérate méglumine (Dotarem®) en une seule injection intraveineuse de 0,05 mmol/kg, soit la moitié de la dose recommandée, à un débit de 4 cc/seconde suivi de 20 cc de sérum physiologique. Le gadotérate méglumine est un agent de contraste IRM à base de gadolinium approuvé par la FDA. Un médecin du personnel de l'étude sera présent pendant l'administration du contraste pour surveiller les signes et symptômes d'hypersensibilité et d'hypotension.

ii. Protocole d'IRM pulmonaire : Des images IRM centrées sur le thorax seront acquises à l'aide de scanners 3 Tesla commerciaux approuvés par la FDA en utilisant des séquences conventionnelles approuvées par la FDA et/ou des séquences en cours de développement pour l'acquisition d'images, qui peuvent inclure, sans s'y limiter, des séquences dynamiques avec contraste, ventilation/perfusion et diffusion, ainsi que des séquences principalement utilisées pour évaluer les informations anatomiques. Avant la numérisation, il sera demandé aux sujets de retirer les objets métalliques (y compris les bijoux, etc.) de leurs vêtements et de leur personne. Les sujets porteront des bouchons d'oreille pour protéger leur audition pendant la numérisation. Les sujets resteront immobiles en position couchée sur le dos dans le scanner, la tête confortablement posée sur un oreiller pendant toute la durée de l'étude. Les sujets seront en communication avec le(s) investigateur(s) via un interphone bidirectionnel à tout moment pendant l'étude d'imagerie. Les sujets seront encouragés à communiquer immédiatement tout sentiment d'inconfort à l'investigateur. Périodiquement pendant la durée de l'examen IRM, les investigateurs confirmeront que le sujet est à l'aise et souhaite continuer. La séance d'imagerie entière peut durer jusqu'à 60 minutes. Un médecin du personnel de l'étude sera présent pendant l'acquisition des images IRM.

iii. Analyse des images IRM : Les investigateurs effectueront des analyses de la cinétique du contraste pour mesurer les changements dans le microvasculaire et l'espace extracellulaire extravasculaire. Des analyses supplémentaires peuvent être ajoutées en fonction des séquences obtenues. Toutes les constatations ci-dessus peuvent être comparées à l'imagerie thoracique qui a été obtenue cliniquement chez les patients post-transplantation.

Les images ne seront pas systématiquement examinées par un radiologue. Si lors de l'analyse des images, une anomalie potentielle est détectée, une consultation formelle par un radiologue sera demandée. Si la présence d'une anomalie est confirmée, le sujet sera contacté par l'un des investigateurs médecins. L'investigateur médecin informera le sujet de l'anomalie, répondra à toutes les questions et recommandera un suivi ou des tests supplémentaires si nécessaire. L'investigateur médecin demandera également la permission au sujet de contacter son médecin traitant ou son pneumologue, le cas échéant. La documentation de l'anomalie IRM pourra être placée dans le dossier médical du sujet.

III. Collecte de données En plus des informations obtenues à partir des analyses de cfDNA et des images IRM comme détaillé ci-dessus, les investigateurs examineront et enregistreront les données cliniques des sujets inscrits à l'étude. Cela inclut l'examen des rapports d'anatomopathologie des biopsies pulmonaires. Les informations collectées nous permettront de déterminer la relation, le cas échéant, entre les résultats du cfDNA et de l'IRM pulmonaire avec les résultats. Ces données seront stockées dans une base de données REDCap (Research Electronic Data Capture) protégée par mot de passe. Pour cette étude, les investigateurs enregistreront les données démographiques de base (âge, sexe, genre, race/ethnicité), les données cliniques (y compris les rapports d'anatomopathologie, autres diagnostics, médicaments, antécédents tabagiques), ainsi que les mesures de la fonction pulmonaire (capacité de diffusion du monoxyde de carbone, VEMS, CVF, capacité pulmonaire totale, performance au test de marche de 6 minutes) et divers marqueurs sanguins ou sérologiques mesurés régulièrement dans la prise en charge clinique des receveurs de transplantation pulmonaire, selon disponibilité. Les investigateurs peuvent également enregistrer les résultats des examens d'imagerie pulmonaire obtenus cliniquement pour surveiller la progression de la maladie pulmonaire et/ou des tests supplémentaires (comme un échocardiogramme ou un test d'effort cardiopulmonaire) qui auraient pu être effectués. En plus d'enregistrer les données ci-dessus à l'entrée dans l'étude (ligne de base), les investigateurs accéderont également aux dossiers médicaux électroniques du patient périodiquement pour enregistrer les résultats ultérieurs des tests de fonction pulmonaire (TFP) et d'autres données de suivi pertinentes, telles que les hospitalisations et l'état vital, environ tous les trois mois jusqu'à une durée indéterminée après la fin de l'étude.