ヒト、ツツガムシ、げっ歯類における発疹チフスの臨床疫学

研究デザイン:

このプロジェクトは、発疹チフスの危険にさらされている 1 つの人間のコミュニティとその環境の詳細な調査を行います。

ツツガムシ、げっ歯類、生息地の研究:

ツツガムシとげっ歯類の種の空間分布を決定する多様な生息地を横断します。 これは、年に 3 回実行されます。

高解像度の生息地マッピング。 試行された WGS を使用して、異なる環境で検出された O. tsutsugamushi のゲノムの比較。

村のコホート研究:

村人のコホートを 2 年以上追跡し、発疹チフスについてすべての熱性患者をスクリーニングし、セロコンバージョン率を決定し、O. tsutsugamushi 遺伝子型に感染します。

手順:

• ダニ:

エコロジー/GIS の協力者と協力して、コミュニティの環境がマッピングされ、コミュニティが使用する多様な生息地にトランセクトが配置されます。 自由生活ダニは、黒いプラスチック プレートと黒い布で収集されます21、ベルレーズ漏斗を使用して土壌から、およびげっ歯類から。 Trombiculid ダニは属に分類され、サブセットは種に分類されます。

個々のツツガムシから DNA を抽出し、O. tsutsugamushi 陽性の qPCR スクリーニングを行います (47kDa 遺伝子をターゲットとするリアルタイム PCR)。 確認された陽性者の一部は、試行された全ゲノム配列決定 (WGS) によるジェノタイピングを受けます。

• げっ歯類:

げっ歯類は、トランセクトに沿って生きたまま捕獲され、モンペリエ大学と共同で識別されます24。 すべてのダニをげっ歯類から除去し、げっ歯類を殺し、げっ歯類の脾臓と肝臓を O. tsutsugamushi qPCR スクリーニング用に収集します。 O. tsutsugamushi 陽性サンプルの一部は、試行された WGS または拡張 MLST 分析によるジェノタイピングを受けます。

• 人間のコホート:

コミュニティ内のすべての人 (10 歳以上) にアプローチし、参加の同意を求めます。 登録された全員が発疹チフス ELISA/IFA (指を刺したろ紙の血液スポットから) を 2 年間にわたって 4 か月ごとに実行し、セロコンバージョンの速度とダイナミクスを推定します。 参加者が過去4か月間に熱性疾患を患っていたかどうかを判断するために、訪問ごとに簡単なアンケートが実施されます。

地元の医療施設に熱性疾患を呈している患者は、臨床的に評価され、現場で発疹チフス IgM 迅速診断検査 (RDT) が実施されます。 RDT 陽性患者を研究に募集し、ELISA、qPCR、および BSL3 培養のために LOMWRU にペアの急性/回復期サンプルを送った後、WGS によるジェノタイピングを試みます。 募集された患者にアンケートを実施して、記録された症状およびバイタルサインを判断します。

疫学と生態学:

正確なサンプル収集場所と生息地の詳細が記録されます。

ゲノム解析:

複数の菌株/遺伝子型感染宿主における非常に多様な O. tsutsugamushi 遺伝子型間の関係を特徴付けるために、qPCR 陽性の割合 (約 480 サンプル) は、オックスフォードの WTCHG で全ゲノム配列決定によって分析されます。