ARDS COVID-19患者のメタゲノミクスによって研究されたコロナウイルス (COMETS)
集中治療中の ARDS COVID-19 患者における宿主トランスクリプトミクスによる炎症反応とメタゲノミクスによる同時感染の特徴付けと予後への影響
パンデミック SARS-CoV-2 (COVID-19) 呼吸器感染症は、主に (67%) 急性呼吸窮迫症候群 (ARDS) に続発する 4,000 人以上の死亡の原因です。 ARDS の死亡率は通常約 40% ですが、SARS-CoV-2 に感染した患者の死亡率は 61% に達します。 ARDS 患者には 2 つのエンドタイプが報告されています。 2つ目はわずかに炎症性(免疫麻痺)で、死亡率がはるかに低い(19%)。 COVID-19 患者では、明確な免疫応答プロファイルも観察されています。 一部の患者は、重度のリンパ球減少症および/または重複感染のより頻繁な発生に関連するウイルス排泄の長期化を示します(ウイルスの+ 29%、細菌の+ 23%、真菌の+ 10%)。 後者のグループは、死亡率の面でリスクが高い可能性があります。 したがって、炎症反応および/または微生物の同時感染の強度は、SARS-CoV-2 に感染した患者の重症度および死亡率の危険因子として現れ、疾患の経過を決定します。 初期の最適な治療管理を疾患の各形態に適応させるには、微生物学的および炎症性レベルでこれらのプロファイルを特徴付けることが不可欠です。
イル ド フランスの東部と北部にある 6 つの集中治療室の献身的なネットワークにより、180 人の ARDS 患者と SARS-CoV-2 に感染した患者が登録されています。 これらの患者については、鼻咽頭スワブが包含時に収集されます。その後、重複感染の調査と SARS-CoV-2 のウイルス量のモニタリングのために、D28 まで週に 1 回、新しい鼻咽頭スワブと深呼吸サンプルを採取します。 これらの各サンプルの残りは、調査のために収集されます。 並行して、通常は集中治療のコンテキストで収集される臨床データが CRF で収集されます。 SOFA などのリスク スコアを計算できます。
調査の概要
状態
状態
条件
条件
介入・治療
介入・治療
詳細な説明
臨床メタゲノミクスは、トランスクリプトミクスとすべての微生物の同時感染によって宿主の炎症反応を調査する能力を持つ技術です。 このために、標準 15189 に従って認定され、複雑な感染症の調査のための診断ルーチンで使用される方法が使用されます。 実際には、サンプルは事前に抽出され(化学的、酵素的および機械的溶解)、QiaSymphony(Qiagen)を使用して抽出されます。 ライブラリーは、DNA 用の Nextera XT キットと Stranded TruSeq Total RNA (Illumina) によって共同で調製され、NovaSeq (Illumina) によって配列決定されます。 メタゲノムおよびトランスクリプトーム解析は、SARS-CoV-2 の遺伝的変異性と経時的なそのダイナミクスの解析のために最近追加された特定のモジュールが追加された MetaMIC ソフトウェアによって実行されます。 最後に、教師なしデータマイニング分析が実行され、「過炎症」グループと「免疫麻痺」グループの存在が確立され、それらのクラスタリングを導く決定要因の分析が可能になります。 各グループは、特定の予後マーカーを決定するために、その臨床的、生物学的およびウイルス学的データに従って分析されます。
したがって、提案されたプロジェクトは、リスクの高い患者のプロファイルを検出することを目的として、SARS-CoV-2 感染のダイナミクス、炎症プロファイル、ARDS における COVID-19 患者の微生物学的文書をメタゲノミクス / トランスクリプトミクスによって包括的に評価します。重度の疾患のメカニズムと、予後のより正確で早期の評価、および管理の適応を可能にします。
研究の種類
研究の種類
入学 (予想される)
入学
連絡先と場所
研究場所
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Créteil、フランス、94000
- CHU Henri Mondor
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参加基準
適格基準
適格基準
就学可能な年齢
健康ボランティアの受け入れ
受講資格のある性別
サンプリング方法
調査対象母集団
説明
包含基準:
- SARS-CoV-2 で文書化された ARDS (ベルリンの定義) の集中治療室に入院した患者
- 主な患者(18歳以上)
- 患者またはその支援者、家族または親しい友人の非反対のコレクション(ニュースレター)
除外基準:
- 未成年の患者
- 研究への参加の拒否
- 法律で保護された患者
- 囚人
研究計画
研究はどのように設計されていますか?
デザインの詳細
- 観測モデル:コホート
- 時間の展望:回顧
この研究は何を測定していますか?
主要な結果の測定
主要な結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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2 つのエンドタイプ (過炎症性および同時感染) を特定し、SARS-Cov2 に感染した ARDS の治療を受けている患者の短期死亡率 (28 日目) に関して、それらの予後的価値を定量化します。
時間枠:0日目から28日目(縦断研究)
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コホートにおける 2 つの異なるグループの患者の存在を調査するための教師なしトランスクリプトーム分析。
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0日目から28日目(縦断研究)
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二次結果の測定
二次結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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特定されたさまざまなクラスターにおけるウイルス、細菌、および真菌の同時感染の性質
時間枠:0日目~28日目
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疾患の重症度に関連するウイルス、細菌、真菌、寄生虫を調査するための呼吸器サンプルのショットガン メタゲノミクス分析
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0日目~28日目
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特定されたさまざまなクラスターにおけるSARS CoV-2ウイルス複製ダイナミクスの比較
時間枠:0日目~28日目
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経時的なメタゲノミクスに基づく定量化
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0日目~28日目
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4. 特定されたさまざまなクラスターで時間をかけて選択されたウイルスの遺伝的決定基の特徴付け
時間枠:0日目~28日目
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疾患の重症度における変異(準種)の役割を評価するためのウイルスゲノム比較と機械学習
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0日目~28日目
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協力者と研究者
捜査官
捜査官
- 主任研究者:Christophe Rodriguez, PharmD, PhD、Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
研究記録日
主要日程の研究
研究開始 (実際)
研究開始
一次修了 (実際)
一次修了
研究の完了 (予想される)
研究の完了
試験登録日
最初に提出
最初に提出
QC基準を満たした最初の提出物
QC基準を満たした最初の提出物
最初の投稿 (実際)
最初の投稿
学習記録の更新
投稿された最後の更新 (実際)
投稿された最後の更新
QC基準を満たした最後の更新が送信されました
QC基準を満たした最後の更新が送信されました
最終確認日
最終確認日
詳しくは
本研究に関する用語
キーワード
追加の関連 MeSH 用語
その他の研究ID番号
その他の研究ID番号
- APHP200418
医薬品およびデバイス情報、研究文書
米国FDA規制医薬品の研究
米国FDA規制機器製品の研究
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