症候性肥満の被験者の表現型および遺伝子型の特徴付け：エクソームシーケンシング（OBEXOME）による新しい候補遺伝子の特定 (OBEXOME)

エクソンの配列決定 :

今日まで、症候性肥満のほとんどは解明されていません。 しかし、関連する分子異常の同定が欠如しているため、再発のリスクと患者の最適なサポートに関する家族への情報は限られています。

エクソン（「エクソーム」）の配列決定、またはタンパク質をコードするゲノムの標的配列決定サブセットと呼ばれる新しい分子生物学ツールは、まれな疾患の原因となる突然変異を特定する力を示しました。 実際、このツールは、滲出性硝子体網膜症の 23 人の被験者で遺伝子 TSPAN12 (テトラスパニン 12) の 2 つの変異を特定するのに役立ちました。遺伝子ANGPTL3（アンギオポエチン様3）のナンセンス変異、家族性複合性低脂血症患者2人、RBM10遺伝子（RNA結合モチーフ10）の変異、症候群型の口蓋裂（TARP症候群）患者3人、または膵臓癌患者における遺伝子PALB2（BRCA2のパートナーおよびローカライザー）。 研究者は、このツールが症候性肥満患者の新しい分子異常を特定できると考えています。 表現型データの詳細な分析により、臨床的および生物学的表現型を共有し、この手法が使用される肥満患者のグループ (少なくとも 10 人) を特定できます。

エクソームシーケンシングは、表現型から選択された被験者で実施されますが、追加の識別能力を提供するために、その親戚（両親2人と兄弟1人）の間でも実施されます。 肥満患者および影響を受けていない近親者のホモ接合状態で見つかったすべての新しいバリアントは、候補変異のリストからすぐに除外されます。 逆に、患者に見られるが両親と兄弟の両方に存在しないバリアントは、潜在的な de novo 変異です。 バリアント候補の存在は、さまざまなエクソーム公開データベース (dbSNP、1000 ゲノム、Exome Variant Server) で検索されます。リストにないバリアントの場合は、一般的な肥満児と非肥満児のコホートで遺伝子型を特定することができます。 -肥満の頻度を決定し、症候性肥満表現型への潜在的な関与に関する追加情報を提供します。 臨床像におけるバリアント遺伝子の役割を検証する最後のステップは、タンパク質に対する機能的影響の in vitro 分析と、動物モデルにおける in vivo 分析です。

選択された 40 人の被験者 (両親と非肥満兄弟の両方を持つ 10 人の発端者) のすべてのエクソン (「エクソーム」) の配列決定は、新しいタイプのジェネレーションシーケンサー Illumina HiSeq 2000 を使用してゲノムプラットフォームで実行されます。 これを行うには、サンプルあたり 3 μg の DNA (200 ng/uL までの濃度 15 μL) が必要で、2 x 75 bp で「ペアエンド」タイプのシーケンスを行います。 生成されたシーケンスは、BWA ソフトウェアを使用して参照ゲノム (ビルド hg19) と整列されます。 重複 (PCR 重複 ' および '光学的重複') は、ペアになっておらず、整列していない配列 (Q スコア <20) として除外されます。 生成されたシーケンスは、GATK ソフトウェアによって再調整され、そのようなバリエーションの挿入/削除の検出が改善されます。 バリアントの検出はツール ソフトウェアを使用して実行され、注釈は annovar ソフトウェアを使用します。 分析は、少なくとも 10 倍の深さで検出された亜種に焦点を当てます。 研究者は、患者のホモ接合状態および両親とのヘテロ接合状態で見つかったバリアントを選択します (劣性仮説)。 影響を受けていない近親者の間でホモ接合体であることが判明したバリアントも、候補のリストから除外されます。 患者に見られるが両親に存在しないバリアントも、de novoの場合の潜在的な候補である可能性があります.研究者は、この戦略が診断を容易にするだけでなく、病理学におけるこのバリアントの役割の検証後、再発のリスクを評価する.必要に応じて出生前診断を提供することにより、家族。 また、プラダー・ウィリー症候群の子供たちの医学的、心理的、社会的ケアのように、これらの子供たちにできるだけ早くサポートを提供します. 実際、表現型に関与する遺伝子診断の存在は、患者に適応した特定のライフプロジェクトの開発を可能にし、参照センターと障害者の部門別ホーム（MDPH）との協力を通じて障害の開発援助を促進します。 最後に、これらの肥満のメカニズムを理解する進歩は、最も一般的な肥満の病態生理学をよりよく理解し、管理を改善するのに役立つ可能性があります.

患者の選択 :

症候性肥満の子供と大人の場合、完全な臨床的および生物学的評価を行うために、通常のケアで日帰り入院が体系的に計画されています。 入院中の各種検査については、診察時に説明します。 遺伝学的研究が提案されます これは、患者、子供、大人、およびその家族へのこの相談中に提案されました。 入院日は通常、受診の翌月です。

含まれるもの - 患者の日帰り入院 :

通常のケアの一環として、正確な表現型の特徴付けが研究者の日帰り入院によって行われます。家族の体重履歴、個人の体重履歴の遡及的分析、臨床検査、人体測定、食事相談、体組成の測定、および休息の消費エネルギー、食物および身体活動アンケート、内分泌と代謝のバランス。

この研究は、遺伝子研究のために追加の 20 mL の血液サンプルで構成され、同意に署名した後、肥満の被験者で実施されます。 分析可能なサンプルがすでに DNA バンク No. DC2009-957 に保存されている患者については、再度サンプルを採取することはありません。