Fenotypische en genotypische karakterisering van proefpersonen met syndromale obesitas: identificatie van nieuwe kandidaat-genen door exome-sequencing (OBEXOME) (OBEXOME)

Sequentiebepaling van exons:

Tot op heden zijn de meeste syndromale obesitas niet opgehelderd. Maar het gebrek aan identificatie van betrokken moleculaire afwijkingen beperkt de informatie aan families over het risico op herhaling en optimale ondersteuning van de patiënt.

Een nieuwe tool voor moleculaire biologie, genaamd sequencing van exons ("exome") of gerichte sequencing-subset van het genoom die codeert voor eiwitten, toonde zijn vermogen om mutaties te identificeren die verantwoordelijk zijn voor zeldzame ziekten, bij een klein aantal individuen die niet verwant waren. Deze tool hielp inderdaad bij het identificeren van twee mutaties in het gen TSPAN12 (Tetraspanin 12) bij 23 proefpersonen met exsudatieve vitreo-retinopathie, 3 mutaties in het gen PRRT2 (prolinerijk transmembraaneiwit 2) in 8 Chinese families met kinesigene paroxysmale dyskinesie, 2 nonsense mutaties in het gen ANGPTL3 (angiopoëtine-achtig 3) bij 2 proefpersonen met familiale gecombineerde hypolipidemie, een mutatie van het gen RBM10 (RNA-bindingsmotief 10) bij 3 patiënten met een syndromale vorm van gespleten gehemelte (TARP-syndroom) of een mutatie van de gen PALB2 (partner en localizer van BRCA2) bij een patiënt met alvleesklierkanker. De onderzoekers zijn van mening dat deze tool nieuwe moleculaire afwijkingen zou kunnen identificeren bij personen met syndromale obesitas. De gedetailleerde analyse van fenotypische gegevens zou een groep zwaarlijvige patiënten (minstens 10) kunnen identificeren die een klinisch en biologisch fenotype delen en waarin deze techniek zou worden gebruikt.

De exome-sequencing zal worden uitgevoerd bij proefpersonen die worden geselecteerd op basis van hun fenotype, maar ook bij hun familieleden (2 ouders en een broer of zus) om extra onderscheidend vermogen te bieden. Elke nieuwe variant die in homozygote toestand wordt gevonden bij zwaarlijvige patiënten en onaangetaste familieleden, wordt onmiddellijk uitgesloten van de lijst met kandidaat-mutaties. Omgekeerd is elke variant die bij patiënten wordt gevonden maar afwezig is bij beide ouders en broer of zus een potentiële de novo-mutatie. De aanwezigheid van een variantkandidaat zal worden gezocht in de verschillende openbare exome-databases (dbSNP, 1000 Genomes, Exome Variant Server) en, in het geval van een niet-geregistreerde variant, zal het mogelijk zijn om te genotypen in cohorten van kinderen met veelvoorkomende obesitas en niet -zwaarlijvigheid om de frequentie ervan te bepalen en zo aanvullende informatie te geven over de mogelijke betrokkenheid bij het fenotype van syndromale obesitas. De laatste stap die de rol van het variantgen in het klinische beeld zal valideren, is in vitro analyse van de functionele gevolgen op het eiwit en vervolgens in vivo in diermodellen.

De sequentiebepaling van alle exons ("exomes") van de 40 geselecteerde proefpersonen (10 probands met beide ouders en niet-zwaarlijvige broer of zus) zal worden uitgevoerd op een genomisch platform met behulp van een nieuw type generatie-sequencer Illumina HiSeq 2000. Om dit te doen, is DNA 3μg (15μL concentratie tot 200 ng/uL) nodig per monster met vervolgens sequencing van het type "paired-end" op 2 x 75bp. De gegenereerde sequenties zullen worden uitgelijnd met het referentiegenoom (build hg19) met behulp van de BWA-software. Duplicaten (PCR-duplicaten' en 'optische duplicaten') worden geëlimineerd als niet-gepaarde en verkeerd uitgelijnde sequenties (Q-score <20). De gegenereerde sequenties worden vervolgens opnieuw gekalibreerd door GATK-software om de detectie van dergelijke variaties bij invoeging/verwijdering te verbeteren. Het detecteren van varianten zal worden uitgevoerd met behulp van tools-software en annotatie zal de annovar-software gebruiken. Analyses zullen zich richten op gedetecteerde varianten met een diepte van minimaal 10x. De onderzoekers zullen elke variant selecteren die in de homozygote toestand bij de patiënt en in de heterozygote toestand bij zijn ouders wordt aangetroffen (recessieve hypothese). Varianten die ook homozygoot zijn bevonden onder de niet-aangetaste familieleden, worden uitgesloten van de kandidatenlijst. Elke variant die bij patiënten wordt gevonden, maar afwezig is bij beide ouders, kan ook een potentiële kandidaat zijn in geval van de novo. families door indien nodig prenatale diagnostiek aan te bieden. Het zal deze kinderen ook zo vroeg mogelijk ondersteunen, zoals de medische, psychologische en sociale zorg voor kinderen met het Prader-Willi-syndroom. Het bestaan ​​van een genetische diagnose die verantwoordelijk is voor het fenotype maakt de ontwikkeling mogelijk van een specifiek levensproject aangepast aan de patiënt en vergemakkelijkt de ontwikkelingshulp voor handicaps via de referentiecentra en de samenwerking met de afdelingshuizen voor gehandicapten (MDPH). Ten slotte kan de vooruitgang in het begrijpen van de mechanismen van deze zwaarlijvigheid helpen om de pathofysiologie van de meest voorkomende vormen van zwaarlijvigheid beter te begrijpen en het beheer ervan te verbeteren.

Patiënt Selectie:

Voor kinderen en volwassenen met syndromale obesitas wordt systematisch daghospitaalopname gepland in de gebruikelijke zorg om een ​​volledige klinische en biologische beoordeling uit te voeren. Tijdens een consultatie wordt de informatie gegeven over de verschillende onderzoeken die tijdens de opnamedag worden uitgevoerd. De genetische studie zal worden voorgesteld Tijdens dit overleg werd voorgesteld aan patiënten, kinderen en volwassenen, en hun families. De opnamedatum is meestal in de maand volgend op de consultatie.

Inclusie - patiëntendagopname :

Als onderdeel van de gebruikelijke zorg wordt een nauwkeurige fenotypische karakterisering uitgevoerd door de onderzoeker bij dagopname in het ziekenhuis: gewichtsgeschiedenis van de familie, retrospectieve analyse van de persoonlijke gewichtsgeschiedenis, klinisch onderzoek, antropometrie, voedingsadvies, metingen van de lichaamssamenstelling en het energieverbruik van rust, voedsel en vragenlijsten over lichaamsbeweging, endocrien en metabolisch in balans.

Het onderzoek zal bestaan ​​uit een bloedmonster van 20 ml extra voor de genetische studie en zal worden uitgevoerd bij zwaarlijvige proefpersonen na ondertekening van een toestemming. Patiënten van wie al analyseerbare monsters zijn opgeslagen in de DNA-bank nr. DC2009-957 zullen niet opnieuw worden bemonsterd.