Fenotypisk og genotypisk karakterisering av personer med syndromisk fedme: Identifisering av nye kandidatgener ved eksomsekvensering (OBEXOME) (OBEXOME)

Sekvensering av eksoner:

Til dags dato er det meste av syndromisk fedme ikke blitt belyst. Men mangelen på identifisering av involverte molekylære abnormiteter begrenser informasjon til familier om risikoen for tilbakefall og optimal støtte til pasienten.

Et nytt molekylærbiologisk verktøy kalt sekvensering av eksoner ("exome") eller målrettet sekvenseringsundergruppe av genomet som koder for proteiner, viste sin kraft til å identifisere mutasjoner som er ansvarlige for sjeldne sykdommer, hos et lite antall individer oppnådd uten slekt. Dette verktøyet hjalp faktisk til å identifisere to mutasjoner i genet TSPAN12 (Tetraspanin 12) hos 23 personer med eksudativ vitreo-retinopati, 3 mutasjoner i genet PRRT2 (prolinrikt transmembranprotein 2) i 8 kinesiske familier med kinesigen paroksysmal dyskinesi, 2 nonsensmutasjoner i genet ANGPTL3 (angiopoietin-lignende 3) hos 2 personer med familiær kombinert hypolipidemi, en mutasjon av genet RBM10 (RNA-bindingsmotiv 10) hos 3 pasienter med syndromisk form for ganespalte (TARP-syndrom) eller en mutasjon av genet PALB2 (partner og lokalisator av BRCA2) hos en pasient med kreft i bukspyttkjertelen. Etterforskerne mener at dette verktøyet kan identifisere nye molekylære abnormiteter hos personer med syndromisk fedme. Den detaljerte analysen av fenotypiske data kan identifisere en gruppe overvektige pasienter (minst 10) som deler klinisk og biologisk fenotype og hvor denne teknikken vil bli brukt.

Eksomsekvenseringen vil bli utført i emner valgt fra deres fenotype, men også blant deres slektninger (2 foreldre og et søsken) for å gi ytterligere diskriminerende kapasitet. Hver ny variant funnet i homozygot tilstand hos overvektige pasienter og upåvirkede slektninger vil umiddelbart bli ekskludert fra listen over kandidatmutasjoner. Motsatt er enhver variant funnet hos pasienter, men fraværende hos både foreldre og søsken, en potensiell de novo-mutasjon. Tilstedeværelsen av en hvilken som helst variantkandidat vil bli søkt i de forskjellige offentlige databasene (dbSNP, 1000 Genomes, Exome Variant Server), og i tilfelle av en unotert variant vil det være mulig å genotype i kohorter av barn med vanlig fedme og ikke-oppført - overvektig for å bestemme frekvensen og dermed gi tilleggsinformasjon om dens potensielle involvering i fenotypen syndromisk fedme. Det siste trinnet som vil validere rollen til variantgenet i det kliniske bildet vil være in vitro analyse av de funksjonelle konsekvensene på proteinet og deretter in vivo i en dyremodell.

Sekvenseringen av alle eksoner ("eksomer") av de 40 utvalgte forsøkspersonene (10 probander med både foreldre og ikke-overvektige søsken) vil bli utført på genomisk plattform ved å bruke en ny type generasjonssekvenser Illumina HiSeq 2000. For å gjøre dette vil DNA 3μg (15μL konsentrasjon til 200 ng/uL) være nødvendig per prøve med deretter sekvensering av typen "paret ende" på 2 x 75bp. De genererte sekvensene vil bli justert med referansegenomet (bygg hg19) ved å bruke BWA-programvaren. Duplikater (PCR-duplikater og 'optiske duplikater') vil bli eliminert som ikke-parede og feiljusterte sekvenser (Q-score <20). De genererte sekvensene vil deretter bli rekalibrert av GATK-programvare for å forbedre deteksjon av slike variasjoner innsetting/sletting. Oppdaging av varianter vil bli utført ved hjelp av verktøyprogramvare og annotering vil bruke annovar-programvaren. Analyser vil fokusere på oppdagede varianter med en dybde på minst 10x. Undersøkerne vil velge hvilken som helst variant som finnes i homozygot tilstand hos pasienten og i heterozygot tilstand med foreldrene hans (recessiv hypotese). Varianter som også er funnet homozygote blant de upåvirkede slektningene vil bli ekskludert fra kandidatlisten. Enhver variant funnet hos pasienter, men fraværende hos begge foreldrene, kan også være en potensiell kandidat i tilfelle de novo. Etterforskerne mener at denne strategien kan lette diagnosen, men også, etter validering av rollen til denne varianten i patologien, vurdere risikoen for tilbakefall for familier ved å tilby prenatal diagnose om nødvendig. Det vil også gi støtte så tidlig som mulig til disse barna, som medisinsk, psykologisk og sosial omsorg for barn med Prader-Willi syndrom. Faktisk tillater eksistensen av en genetisk diagnose ansvarlig for fenotypen utviklingen av et spesifikt livsprosjekt tilpasset pasienten og letter utviklingshjelpen for funksjonshemninger gjennom referansesentrene og samarbeid med avdelingshjem for funksjonshemmede (MDPH). Til slutt kan fremgangen i å forstå mekanismene til disse overvektene bidra til bedre å forstå patofysiologien til de vanligste formene for fedme og forbedre behandlingen.

Pasientvalg:

For barn og voksne med syndromisk overvekt planlegges daginnleggelse systematisk i vanlig omsorg for å utføre en fullstendig klinisk og biologisk vurdering. Informasjonen om de ulike undersøkelsene som gjøres i løpet av innleggelsesdagen gis i løpet av en konsultasjon. Den genetiske studien vil bli foreslått. Den ble foreslått under denne konsultasjonen til pasienter, barn og voksne, og deres familier. Innleggelsesdatoen er vanligvis i måneden etter konsultasjonen.

Inkludering - pasient dagsykehusinnleggelse:

Som en del av vanlig pleie utføres en presis fenotypisk karakterisering av etterforskeren dagsykehusinnleggelse: familievekthistorie, retrospektiv analyse av personlig vekthistorie, klinisk undersøkelse, antropometri, kostholdskonsultasjon, mål på kroppssammensetning og energiforbruk av hvile, mat og fysisk aktivitet spørreskjemaer, endokrine og metabolske balansert.

Forskningen vil bestå av en blodprøve på 20 ml ekstra for den genetiske studien og vil bli utført på overvektige personer etter å ha signert et samtykke. Pasienter som allerede er lagret analyserbare prøver for i DNA-bank nr. DC2009-957, vil ikke bli tatt prøver igjen.