Caracterización fenotípica y genotípica de sujetos con obesidad sindrómica: identificación de nuevos genes candidatos mediante secuenciación del exoma (OBEXOME) (OBEXOME)

Secuenciación de exones:

Hasta la fecha, la mayoría de las obesidades sindrómicas no han sido aclaradas. Pero, la falta de identificación de las anormalidades moleculares involucradas limita la información a las familias sobre el riesgo de recurrencia y el soporte óptimo del paciente.

Una nueva herramienta de biología molecular llamada secuenciación de exones ("exoma") o subconjunto de secuenciación dirigida del genoma que codifica proteínas demostró su poder para identificar mutaciones responsables de enfermedades raras, en un pequeño número de individuos logrados sin relación. De hecho, esta herramienta ayudó a identificar dos mutaciones en el gen TSPAN12 (Tetraspanina 12) en 23 sujetos con vitreorretinopatía exudativa, 3 mutaciones en el gen PRRT2 (proteína transmembrana rica en prolina 2) en 8 familias chinas con discinesia paroxística cinesigénica, 2 mutaciones sin sentido en el gen ANGPTL3 (angiopoyetin-like 3) en 2 sujetos con hipolipidemia familiar combinada, una mutación del gen RBM10 (RNA vinculante motivo 10) en 3 pacientes con forma sindrómica de paladar hendido (síndrome TARP) o una mutación del gen PALB2 (socio y localizador de BRCA2) en un paciente con cáncer de páncreas. Los investigadores creen que esta herramienta podría identificar nuevas anomalías moleculares en personas con obesidad sindrómica. El análisis detallado de los datos fenotípicos podría identificar un grupo de pacientes obesos (al menos 10) que comparten fenotipo clínico y biológico y en los que se utilizaría esta técnica.

La secuenciación del exoma se realizará en sujetos seleccionados por su fenotipo, pero también entre sus familiares (2 padres y un hermano) para proporcionar una capacidad discriminatoria adicional. Cada nueva variante encontrada en estado homocigoto en pacientes obesos y familiares no afectados será inmediatamente excluida de la lista de mutaciones candidatas. Por el contrario, cualquier variante encontrada en pacientes pero ausente en ambos padres y hermanos es una potencial mutación de novo. Se buscará la presencia de cualquier variante candidata en las diferentes bases de datos públicas de exomas (dbSNP, 1000 Genomes, Exome Variant Server) y, en el caso de una variante no listada, se podrá genotipar en cohortes de niños con obesidad común y no -obese para determinar su frecuencia y así aportar información adicional sobre su posible implicación en el fenotipo de obesidad sindrómica. El último paso que validará el papel del gen variante en el cuadro clínico será el análisis in vitro de las consecuencias funcionales sobre la proteína y luego in vivo en modelos animales.

La secuenciación de todos los exones ("exomas") de los 40 sujetos seleccionados (10 probandos con ambos padres y hermanos no obesos) se realizará en una plataforma genómica utilizando un nuevo tipo de secuenciador de generación Illumina HiSeq 2000. Para ello, se necesitarán 3 μg de ADN (concentración de 15 μL a 200 ng/uL) por muestra y luego una secuenciación de tipo "paired-end" en 2 x 75 pb. Las secuencias generadas se alinearán con el genoma de referencia (compilación hg19) utilizando el software BWA. Los duplicados (duplicados de PCR y 'duplicados ópticos') se eliminarán como secuencias no emparejadas y desalineadas (puntuación Q <20). Las secuencias generadas luego serán recalibradas por el software GATK para mejorar la detección de dichas variaciones de inserción/eliminación. La detección de variantes se realizará mediante herramientas informáticas y la anotación mediante el software annovar. Los análisis se centrarán en las variantes detectadas con una profundidad de al menos 10x. Los investigadores seleccionarán cualquier variante que se encuentre en estado homocigoto en el paciente y en estado heterocigoto con sus padres (hipótesis recesiva). Las variantes que también se encuentren homocigóticas entre los familiares no afectados serán excluidas de la lista de candidatos. Cualquier variante encontrada en pacientes pero ausente en ambos padres también puede ser un candidato potencial en caso de novo Los investigadores creen que esta estrategia podría facilitar el diagnóstico pero también, después de la validación del papel de esta variante en la patología, evaluar el riesgo de recurrencia para familias ofreciendo diagnóstico prenatal si es necesario. También brindará un apoyo lo más temprano posible a estos niños, como la atención médica, psicológica y social de los niños con síndrome de Prader-Willi. En efecto, la existencia de un diagnóstico genético responsable del fenotipo permite el desarrollo de un proyecto de vida específico y adaptado al paciente y facilita la ayuda al desarrollo de la discapacidad a través de los centros de referencia y la colaboración con los hogares departamentales de personas con discapacidad (MDPH). Finalmente, el progreso en la comprensión de los mecanismos de estas obesidades puede ayudar a comprender mejor la fisiopatología de las formas más comunes de obesidad y mejorar el manejo.

Selección de pacientes:

Para niños y adultos con obesidad sindrómica, se planifica sistemáticamente el ingreso de día en la atención habitual para realizar una evaluación clínica y biológica completa. La información sobre los diversos exámenes realizados durante el día de la hospitalización se dan durante una consulta. Se propondrá el estudio genético Se propuso durante esta consulta a pacientes, niños y adultos, y sus familias. La fecha de hospitalización suele ser en el mes siguiente a la consulta.

Inclusión - hospitalización de día del paciente:

Como parte de la atención habitual, el investigador realiza una caracterización fenotípica precisa del hospital de día: antecedentes de peso familiar, análisis retrospectivo del historial de peso personal, examen clínico, antropometría, consulta dietética, medidas de composición corporal y gasto energético de descanso, alimentación y Cuestionarios de actividad física, equilibrio endocrino y metabólico.

La investigación consistirá en una muestra de sangre de 20 mL extra para el estudio genético y se realizará en sujetos obesos previa firma de un consentimiento. Los pacientes para los que ya se hayan almacenado muestras analizables en el banco de ADN n.º DC2009-957 no se volverán a tomar muestras.