Fænotypisk og genotypisk karakterisering af forsøgspersoner med syndromisk fedme: Identifikation af nye kandidatgener ved exome-sekventering (OBEXOME) (OBEXOME)

Sekvensering af exoner:

Til dato er det meste af syndromisk fedme ikke blevet belyst. Men manglen på identifikation af involverede molekylære abnormiteter begrænser information til familier om risikoen for tilbagefald og optimal støtte til patienten.

Et nyt molekylærbiologisk værktøj kaldet sekventering af exoner ("exome") eller målrettet sekventeringsundersæt af genomet, der koder for proteiner, viste sin styrke til at identificere mutationer, der er ansvarlige for sjældne sygdomme, hos et lille antal individer, som ikke er relateret. Faktisk hjalp dette værktøj med at identificere to mutationer i genet TSPAN12 (Tetraspanin 12) hos 23 forsøgspersoner med eksudativ vitreo-retinopati, 3 mutationer i genet PRRT2 (prolinrigt transmembranprotein 2) i 8 kinesiske familier med kinesigen paroxysmal dyskinesi, 2 nonsensmutationer i genet ANGPTL3 (angiopoietin-lignende 3) hos 2 forsøgspersoner med familiær kombineret hypolipidæmi, en mutation af genet RBM10 (RNA-bindingsmotiv 10) hos 3 patienter med syndromisk form for ganespalte (TARP-syndrom) eller en mutation af gen PALB2 (partner og lokalisator af BRCA2) hos en patient med kræft i bugspytkirtlen. Forskerne mener, at dette værktøj kunne identificere nye molekylære abnormiteter hos personer med syndromisk fedme. Den detaljerede analyse af fænotypiske data kunne identificere en gruppe af overvægtige patienter (mindst 10), der deler klinisk og biologisk fænotype, og hvor denne teknik vil blive brugt.

Exome-sekventeringen vil blive udført i emner udvalgt fra deres fænotype, men også blandt deres slægtninge (2 forældre og en søskende) for at give yderligere diskriminerende kapacitet. Hver ny variant fundet i homozygot tilstand hos overvægtige patienter og upåvirkede slægtninge vil øjeblikkeligt blive udelukket fra listen over kandidatmutationer. Omvendt er enhver variant fundet hos patienter, men fraværende hos både forældre og søskende, en potentiel de novo-mutation. Tilstedeværelsen af ​​en hvilken som helst variantkandidat vil blive søgt i de forskellige exome offentlige databaser (dbSNP, 1000 Genomes, Exome Variant Server), og i tilfælde af en unoteret variant vil det være muligt at genotype i kohorter af børn med almindelig fedme og ikke-børn. -fedme for at bestemme dets hyppighed og dermed give yderligere information om dets potentielle involvering i den syndromiske fedmefænotype. Det sidste trin, der vil validere variantgenets rolle i det kliniske billede, vil være in vitro analyse af de funktionelle konsekvenser på proteinet og derefter in vivo i en dyremodeller.

Sekvenseringen af ​​alle exoner ("exomer") af de 40 udvalgte forsøgspersoner (10 probander med både forældre og ikke-overvægtige søskende) vil blive udført på genomisk platform ved hjælp af en ny type generation af sekvenser Illumina HiSeq 2000. For at gøre dette kræves DNA 3μg (15μL koncentration til 200 ng/uL) pr. prøve med derefter sekventering af typen "parret ende" på 2 x 75bp. De genererede sekvenser vil blive justeret med referencegenomet (build hg19) ved hjælp af BWA-softwaren. Dubletter (PCR-duplikater' og 'optiske dubletter') vil blive elimineret som ikke-parrede og fejljusterede sekvenser (Q-score <20). De genererede sekvenser vil derefter blive rekalibreret af GATK-software for at forbedre detektion af sådanne variationer, indsættelse/sletning. Detektering af varianter vil blive udført ved hjælp af værktøjssoftware, og annotering vil bruge annovar-softwaren. Analyser vil fokusere på detekterede varianter med en dybde på mindst 10x. Efterforskerne vil udvælge enhver variant fundet i den homozygote tilstand hos patienten og i den heterozygote tilstand med hans forældre (recessiv hypotese). Varianter, der også findes homozygote blandt de upåvirkede slægtninge, vil blive udelukket fra listen over kandidater. Enhver variant fundet hos patienter, men fraværende hos begge forældre, kan også være en potentiel kandidat i tilfælde af de novo. Efterforskerne mener, at denne strategi kunne lette diagnosen, men også, efter validering af denne variants rolle i patologien, vurdere risikoen for tilbagefald for familier ved at tilbyde prænatal diagnose, hvis det er nødvendigt. Det vil også yde støtte så tidligt som muligt til disse børn, såsom medicinsk, psykologisk og social pleje af børn med Prader-Willi syndrom. Faktisk muliggør eksistensen af ​​en genetisk diagnose, der er ansvarlig for fænotypen, udvikling af et specifikt livsprojekt tilpasset patienten og letter udviklingshjælpen til handicap gennem referencecentrene og samarbejde med afdelingshjem for handicappede (MDPH). Endelig kan fremskridtene i forståelsen af ​​mekanismerne bag disse fedme bidrage til bedre at forstå patofysiologien af ​​de mest almindelige former for fedme og forbedre behandlingen.

Patientvalg:

For børn og voksne med syndromisk fedme planlægges dagindlæggelse systematisk i sædvanlig pleje for at udføre en komplet klinisk og biologisk vurdering. Oplysningerne om de forskellige undersøgelser foretaget i løbet af indlæggelsesdagen gives under en konsultation. Den genetiske undersøgelse vil blive foreslået. Det blev foreslået under denne høring til patienter, børn og voksne og deres familier. Indlæggelsesdatoen er normalt i måneden efter konsultationen.

Inklusion - patientens dagindlæggelse:

Som en del af den sædvanlige pleje udføres en præcis fænotypisk karakterisering af investigator dagindlæggelse: familievægtanamnese, retrospektiv analyse af den personlige vægthistorie, klinisk undersøgelse, antropometri, kostrådgivning, mål for kropssammensætning og energiforbrug til hvile, mad og fysisk aktivitet spørgeskemaer, endokrin og metabolisk afbalanceret.

Forskningen vil bestå af en blodprøve på 20 ml ekstra til den genetiske undersøgelse og vil blive udført i overvægtige personer efter at have underskrevet et samtykke. Patienter, for hvilke analyserbare prøver allerede er lagret i DNA-banken nr. DC2009-957, udtages ikke igen.