血液中の循環腫瘍マーカーの分析 4 - ALCINA 4 (ALCINA4)

手術後の残存疾患の検出は、腫瘍学において極めて重要です。この検出により、残存疾患の存在に基づいて術後治療を個別化できる可能性があるためです。

研究室は、浅い全ゲノム配列決定による循環 DNA 内の転座フラグメントの認識に基づいて、循環腫瘍 DNA を検出するための新しい技術を開発したいと考えています。 これは独自のアプローチであり、私たちの知る限り、想定されているバイオインフォマティクスアプローチではこれまでテストされておらず、局所的な（非転移性）乳がんの外科的切除後の残存疾患を検出するために現在使用されている技術よりも感度が高い可能性があります。

したがって、分析は腫瘍染色体転座の検索に焦点を当て、腫瘍染色体転座は考えられる生殖系列染色体転座と区別する必要がある。 したがって、このコホートでは体質的 DNA の収集が計画されています。

このコホートの目的は、循環腫瘍 DNA の変異が化学免疫療法中の反応に関連するマーカーとして持つ可能性のある役割を研究することです。

突然変異プロファイリング分析（血液中の循環腫瘍 DNA を追跡するために使用されます）には、新鮮な生検（その後冷凍保存）が必要です。 さらに、現在認識されている化学免疫療法に対する応答の生物学的組織因子 (PD-L1 標識、変異負荷など) を分析し、循環腫瘍 DNA 変異との関連の可能性を特定するためにも使用されます。

構成 DNA 分析は、腫瘍内に存在する点突然変異 (構成レベルで存在する多型と区別するため) を決定するために必要です。これらの突然変異の決定は循環腫瘍 DNA を監視するために不可欠であり、したがって収集されるからです。

このコホートの目的は、例えば循環腫瘍 DNA の染色体転座の検出に基づく新しい血漿検査の開発です。

仮説は、これらの検査により、トリプルネガティブ乳がん患者の再発の検出、治療効果の予測、および計画的なネオアジュバントを伴う非転移段階のがんのさまざまな段階での治療効果のモニタリングが可能になるというものです。治療中、または転移期にあります。 これら 2 つの集団 (ネオアジュバント集団と転移集団) 間の封入体の数は、一方のグループに対する過度の不均衡を避けるために運用レベルで監視されます。

以前の結果に基づくこのコホートの目的は次のとおりです。

1. 腫瘍制御性 T (Treg) 上の標的遺伝子の発現レベルをタンパク質レベルで定量化し、
2. キュリー研究所で治療を受けた乳がんまたは卵巣がんの患者の血液および腫瘍サンプルに対してマルチパラメトリック FACS 分析を実行し、これらの標的が疾患のバイオマーカーとしての可能性を理解する。

この ALCINA-4 コホート n°4 の文脈では、乳房および卵巣患者の場合、40 ml の血液が採取され、手術 (乳房患者 50 人) または治療上必要な生検 (卵巣患者 30 人) から腫瘍断片が得られます。 このプロトコルでは、治療プロセスに属するもの以外の追加の生検は実行されません。 十分な材料が入手可能な場合には、標準治療の一環として生検が行われます。

このコホートの目的は、早期トリプルネガティブ乳がん (TNBC) に対して化学免疫療法による術前治療を受けた患者の手術前後の血液中の循環腫瘍 DNA (ctDNA) の検出率を測定することです。

術前補助療法をまだ開始していない患者 (サブコホート 1) と術前補助療法をすでに開始している患者 (サブコホート 2) の 2 つのサブグループがあります。

腫瘍病変の生検は術前補助療法の開始前に行われます（サブコホート 1 の場合のみ）。 このコホートでは、構成的 DNA、血漿、および循環腫瘍 DNA の収集がさまざまな時点で計画されています。

この探索的コホートの主な目的は、T-DXd による治療を必要とする HER2 低転移性乳がん患者に対する、T-DXd (トラスツズマブ デルクステカン) による治療前および治療中の ctDNA の検出率を特徴付けることです。

腫瘍生検は、少なくとも 30 人の患者に対して、サイクル 1 の 1 日目の治療開始前に組み込まれます。 構成的 DNA の収集は、このコホートでさまざまな時点で計画されています。T1 と T2 (治療開始前) は、液体バイオマーカーの患者内再現性を評価するために重要です。 T3 は治療に対する反応を調査し、T4 は耐性メカニズムに焦点を当てます。

このコホートの目的は、乳がん補助療法で CDK4/6 阻害剤の投与を受けている患者における循環腫瘍 DNA の検出とモニタリングの予後への影響を判定することです。

異なる時点（4 時点）での循環バイオマーカーの研究のために、構成 DNA および血漿用に 50 ml の血液が EDTA チューブに収集されます。

このコホートの目的は、無症候性患者の転移再発を早期に検出するために、追跡調査中の早期乳がん患者における ctDNA 検出の発生率を推定することです。

ctDNA 解析は、標準治療の一部として行われる腫瘍組織の解析の有無にかかわらず、次世代シーケンシング (NGS) を含むさまざまな技術を使用して実行されます。

40 ml の血液サンプルが次の 4 つの時点で収集されます。

• 登録、
• 6 か月 (+/- 15 日)、
• 12 か月 (+/- 15 日)、
• 組み込み後 18 か月 (+/- 15 日)。

このコホートの目的は次のとおりです。

• 化学免疫療法中の循環腫瘍 DNA のレベルと性質に関するデータを生成します。
• 全身化学免疫療法下での循環免疫応答の進展をモニタリングします。

腫瘍生検は、組み込み後、治療開始前に行われます。

50 ml の血液サンプルが次の 4 つの時点で収集されます。

• 組み入れ時、ネオアジュバント治療開始前
• 術前補助療法のサイクル 3 (C3J1) の開始時
• 手術時（術前補助療法後）
• モニタリングの開始時、つまり手術後 3 か月 (+/- 1 か月)。

このコホートの目的は次のとおりです。

• R0/R1手術後の無再発生存期間（RFS）を評価する

• ブドウ膜黒色腫転移患者に対する手術に伴うテベンタフスプの有効性を評価します。

  3つのサブコホート:

• サブコホート 1: HLA-A*02:01 陽性患者、R0 手術および Tebentafusp の対象となる患者 (n=20)
• サブコホート 2: HLA-A*02:01 陰性患者、次回再発時に R0 手術および免疫療法の対象となる患者 (n=20)
• サブコホート 3: HLA-A*02:01 陽性患者、R0 手術には適格ではないが、Tebentafusp には適格である (n=20)。

腫瘍生検は、手術中 (サブコホート n°1 および 2)、または包含後 (サブコホート n°3) に行われます。

4 つの時点でのバイオマーカーの研究のために、血漿中の構成 DNA および循環 DNA を調べるために 40 ml の血液が EDTA チューブに収集されます。

このコホートの目的は：

• CDK4/6阻害剤治療中のctDNAの動態を特徴づけること。
• ctDNAと一般的な血清マーカーとの関連を研究すること。

• ctDNAと代謝イメージングから得られるマーカーとの関連を研究すること。

  40〜50mlの血液をSTRECKチューブに採取し、異なる時点でのバイオマーカー研究のために血漿中の構成的DNAと循環DNAを調べます。

このコホートの目的は、乳がんから確立された患者由来異種移植片（PDX）の分子分析と循環バイオマーカーを相関させることです。

10 mlの血液を、登録時にEDTAチューブで体質DNA用に採取します。

腫瘍組織サンプル（PDX用）は、PDX確立のために登録時に採取されます。