Analýza cirkulujících nádorových markerů v krvi 4 - ALCINA 4 (ALCINA4)

Detekce reziduální nemoci po operaci je v onkologii naprosto klíčová, protože tato detekce by mohla umožnit personalizaci pooperační léčby na základě přítomnosti reziduální nemoci.

Laboratoř si přeje vyvinout novou techniku ​​detekce cirkulující nádorové DNA, založenou na rozpoznávání translokačních fragmentů v cirkulující DNA pomocí mělkého sekvenování celého genomu. Jedná se o originální přístup, který podle našich znalostí nebyl dosud testován s předpokládaným bioinformatickým přístupem a mohl by být potenciálně citlivější než techniky v současnosti používané k detekci reziduálního onemocnění po chirurgickém odstranění lokalizovaného (nemetastatického) karcinomu prsu.

Analýza se proto zaměří na hledání nádorových chromozomálních translokací, které bude nutné odlišit od možných zárodečných chromozomálních translokací. V této kohortě je proto plánován odběr konstituční DNA.

Cílem této kohorty je studovat roli, kterou mohou mít variace v cirkulující nádorové DNA jako marker spojený s odpovědí během chemoimunoterapie.

Pro analýzu mutačního profilování (která bude použita ke sledování cirkulující nádorové DNA v krvi) je nutná čerstvá biopsie (následně skladovaná zmrazená). Kromě toho bude sloužit k analýze v současnosti uznávaných biologických tkáňových faktorů odpovědi na chemoimunoterapii (značení PD-L1, mutační zátěž, ...) ak identifikaci možných souvislostí s variacemi cirkulující nádorové DNA.

Konstituční analýza DNA je nezbytná pro stanovení bodových mutací přítomných v nádoru (k odlišení od polymorfismů přítomných na konstituční úrovni), protože stanovení těchto mutací je nezbytné pro sledování cirkulující nádorové DNA, a proto budou odebírány.

Cílem této kohorty je vývoj nových plazmatických testů, například založených na detekci chromozomálních translokací cirkulující nádorové DNA.

Hypotézou je, že tyto testy by umožnily detekci relapsu, predikci účinnosti léčby a sledování účinnosti léčby v různých stádiích karcinomu u pacientek s triple negativním karcinomem prsu, a to buď v nemetastatické fázi s plánovanou neoadjuvantní léčbou. léčbě, nebo v metastatické fázi. Počet inkluzí mezi těmito 2 populacemi (neoadjuvantní a metastatické) bude monitorován na operační úrovni, aby se zabránilo nadměrné nerovnováze vůči jedné skupině.

Účelem této kohorty na základě předchozích výsledků je:

1. kvantifikovat úroveň exprese cílových genů na nádorových regulačních T (Tregs) na úrovni proteinů,
2. provádět multiparametrickou analýzu FACS na vzorcích krve a nádorů od pacientů léčených v Institutu Curie s rakovinou prsu nebo vaječníků a porozumět potenciálu těchto cílů jako biomarkerů onemocnění.

V kontextu této kohorty ALCINA-4 č. 4 bude pacientům s prsy a vaječníky odebráno 40 ml krve a získány fragmenty tumoru z chirurgického zákroku (50 pacientek s prsem) nebo terapeuticky požadované biopsie (30 pacientek z vaječníků). V tomto protokolu nebude provedena žádná další biopsie než ty, které patří k terapeutickému procesu. Biopsie provedené jako součást standardní péče budou použity, pokud je k dispozici dostatek materiálu.

Účelem této kohorty je stanovit míru detekce cirkulující nádorové DNA (ctDNA) před a po operaci v krvi pacientů, kteří podstoupili neoadjuvantní léčbu chemoimunoterapií pro časný triple-negativní karcinom prsu (TNBC).

Budou dvě podskupiny: pacienti, kteří ještě nezahájili neoadjuvantní léčbu (podskupina 1) a pacienti, kteří již neoadjuvantní léčbu zahájili (subkohorta 2).

Před zahájením neoadjuvantní léčby bude provedena biopsie nádorové léze (pouze u subkohorty 1). Odběr konstituční DNA, plazmy a cirkulující nádorové DNA jsou v této kohortě plánovány v různých časových bodech.

Hlavním cílem této explorativní kohorty je charakterizovat míru detekce ctDNA před a během terapie T-DXd (Trastuzumab deruxtecan) u pacientek s HER2-low metastatickým karcinomem prsu, které vyžadují léčbu T-DXd.

Biopsie nádoru bude provedena po zařazení a před zahájením léčby v cyklu 1 den 1 u nejméně 30 pacientů. Odběr konstituční DNA je v této kohortě plánován v různých časových bodech: T1 a T2 (před zahájením léčby) jsou kritické pro hodnocení intra-pacientské reprodukovatelnosti tekutých biomarkerů. T3 bude zkoumat odpověď na terapii, zatímco T4 se zaměří na mechanismy rezistence.

Účelem této kohorty je určit prognostický dopad detekce a monitorování cirkulující nádorové DNA u pacientek užívajících inhibitor CDK4/6 v adjuvantní léčbě karcinomu prsu.

50 ml krve bude odebráno do EDTA zkumavek pro konstituční DNA a plazmu pro výzkum cirkulujících biomarkerů v různých časových bodech (4 časové body).

Účelem této kohorty je odhadnout incidenci detekce ctDNA u pacientek s časným stádiem karcinomu prsu během sledování s cílem včasněji detekovat metastatický relaps u asymptomatických pacientek.

Analýza ctDNA bude provedena pomocí různých technik, včetně sekvenování nové generace (NGS), s analýzou nádorové tkáně nebo bez ní, což je součást standardní péče.

40 ml vzorků krve bude odebráno ve čtyřech časových bodech:

• zápis,
• 6 měsíců (+/- 15 dní),
• 12 měsíců (+/- 15 dní),
• 18 měsíců (+/- 15 dní) po zařazení.

Účelem této kohorty je:

• Generovat údaje o hladinách a povaze cirkulující nádorové DNA při chemoimunoterapii.
• Monitorujte vývoj cirkulující imunitní odpovědi při systémové chemoimunoterapii.

Po zařazení a před zahájením léčby bude provedena biopsie nádoru.

50 ml vzorků krve bude odebráno ve čtyřech časových bodech:

• Při zařazení, před zahájením neoadjuvantní léčby
• Na začátku cyklu 3 (C3J1) neoadjuvantní léčby
• V době operace (po neoadjuvantní léčbě)
• Na začátku sledování, tj. 3 měsíce (+/- 1 měsíc) po operaci.

Účelem této kohorty je:

• Vyhodnoťte přežití bez recidivy (RFS) po operaci R0/R1

• Posuďte účinnost přípravku Tebentafusp spojeného s chirurgickým zákrokem u pacientů s metastázami uveálního melanomu.

  3 podskupiny:

• Podskupina 1: HLA-A*02:01-pozitivní pacienti, způsobilí pro operaci R0 a Tebentafusp (n=20)
• Podskupina 2: HLA-A*02:01-negativní pacienti, způsobilí k operaci R0 a imunoterapii při dalším relapsu (n=20)
• Podskupina 3: HLA-A*02:01 pozitivní pacienti, nevhodní pro operaci R0, ale způsobilí pro Tebentafusp (n=20).

Biopsie nádoru bude provedena během operace (podskupiny č. 1 a 2) nebo po zařazení (podskupina č. 3).

40 ml krve bude odebráno do EDTA zkumavek pro konstituční DNA a cirkulující DNA v plazmě pro výzkum biomarkerů ve 4 časových bodech.

Účelem této kohorty je:

• Charakterizovat kinetiku ctDNA během léčby inhibitorem CDK4/6.
• Studovat vazby mezi ctDNA a běžnými sérovými markery.

• Studovat vazby mezi ctDNA a markery odvozenými z metabolického zobrazování.

  Pro výzkum biomarkerů v různých časových bodech bude odebráno 40 až 50 ml krve do STRECK zkumavek pro konstitucionální DNA a cirkulující DNA v plazmě.

Cílem této kohorty je korelovat cirkulující biomarkery s molekulární analýzou xenograftů odvozených od pacientů (PDX) vytvořených z karcinomů prsu.

Při zařazení bude odebráno 10 ml krve do zkumavek s EDTA pro konstitutivní DNA.

Vzorky nádorové tkáně (pro PDX) budou odebrány při zařazení pro založení PDX.