Veressä kiertävien kasvainmerkkien analyysi 4 - ALCINA 4 (ALCINA4)

Leikkauksen jälkeen jäännössairauden havaitseminen on ehdottoman tärkeää onkologiassa, koska tämä havaitseminen voi mahdollistaa leikkauksen jälkeisten hoitojen personoinnin jäännössairauden esiintymisen perusteella.

Laboratorio haluaa kehittää uutta tekniikkaa kiertävän kasvain-DNA:n havaitsemiseen, joka perustuu kiertävän DNA:n translokaatiofragmenttien tunnistamiseen matalalla kokogenomisekvenssillä. Tämä on alkuperäinen lähestymistapa, jota tietojemme mukaan ei ole toistaiseksi testattu suunnitellulla bioinformatiikan lähestymistavalla ja saattaa olla herkempi kuin tällä hetkellä käytetyt tekniikat jäännössairauden havaitsemiseksi paikallisen (ei-metastaattisen) rintasyövän kirurgisen poiston jälkeen.

Analyysi keskittyy siksi kasvaimen kromosomaalisten translokaatioiden etsimiseen, jotka on erotettava mahdollisista ituradan kromosomaalisista translokaatioista. Perustuslaillisen DNA:n kerääminen on siksi suunniteltu tässä kohortissa.

Tämän kohortin tavoitteena on tutkia roolia, joka kiertävän kasvain-DNA:n vaihteluilla voi olla merkkinä, joka liittyy vasteeseen kemoimmunoterapian aikana.

Mutaatioprofilointianalyysiä varten (jota käytetään veressä kiertävän kasvain-DNA:n seuraamiseen) tarvitaan tuore biopsia (myöhemmin säilytetty pakastettuna). Lisäksi sitä käytetään analysoimaan tällä hetkellä tunnistettuja biologisia kudostekijöitä vasteen kemoimmunoterapiaan (PD-L1-leimaus, mutaatiokuormitus, ...) ja tunnistamaan mahdollisia assosiaatioita kiertävien kasvain-DNA-muunnelmien kanssa.

Perustuslaki-DNA-analyysi on välttämätön kasvaimessa olevien pistemutaatioiden määrittämiseksi (jotka on erotettava perustuslaillisella tasolla esiintyvistä polymorfismista), koska näiden mutaatioiden määrittäminen on välttämätöntä kiertävän kasvain-DNA:n seuraamiseksi, ja siksi ne kerätään.

Tämän kohortin tavoitteena on kehittää uusia plasmatestejä, jotka perustuvat esimerkiksi kiertävän kasvain-DNA:n kromosomitranslokaatioiden havaitsemiseen.

Oletuksena on, että nämä testit mahdollistaisivat uusiutumisen havaitsemisen, hoidon tehokkuuden ennustamisen ja hoidon tehokkuuden seurannan syövän eri vaiheissa potilailla, joilla on kolminkertaisesti negatiivinen rintasyöpä, joko ei-metastaattisessa vaiheessa suunnitellun neoadjuvantin kanssa. hoidossa tai metastaattisessa vaiheessa. Näiden kahden populaation (neoadjuvantti ja metastaattinen) välisten inkluusioiden määrää seurataan operatiivisella tasolla liiallisen epätasapainon välttämiseksi yhden ryhmän suhteen.

Tämän kohortin tarkoitus on aikaisempien tulosten perusteella:

1. kvantifioida kohdegeenien ilmentymistaso kasvaimen säätely-T:ssä (Tregs) proteiinitasolla,
2. Suorita moniparametrinen FACS-analyysi veri- ja kasvainnäytteistä Institut Curiessa hoidetuilta potilailta, joilla on rinta- tai munasarjasyöpä, ja ymmärtää näiden kohteiden mahdollisuudet taudin biomarkkereina.

Tämän ALCINA-4-kohortin n:o 4 yhteydessä rinta- ja munasarjapotilaista kerätään 40 ml verta ja kasvainfragmentteja saadaan leikkauksesta (50 rintapotilasta) tai terapeuttisesti vaaditusta biopsiasta (30 munasarjapotilasta). Tässä protokollassa ei suoriteta muita biopsioita kuin ne, jotka kuuluvat terapeuttiseen prosessiin. Normaalihoidon osana tehtyjä biopsioita käytetään, jos materiaalia on riittävästi.

Tämän kohortin tarkoituksena on määrittää kiertävän kasvain-DNA:n (ctDNA) havaitsemisnopeus ennen leikkausta ja sen jälkeen niiden potilaiden veressä, jotka ovat saaneet neoadjuvanttihoitoa kemoimmunoterapialla varhaisen kolminkertaisen negatiivisen rintasyövän (TNBC) vuoksi.

On kaksi alaryhmää: potilaat, jotka eivät ole vielä aloittaneet neoadjuvanttihoitoa (alakohortti 1) ja potilaat, jotka ovat jo aloittaneet neoadjuvanttihoidon (alakohortti 2).

Kasvainleesion biopsia tehdään ennen neoadjuvanttihoidon aloittamista (vain alakohortille 1). Perustuslaillisen DNA:n, plasman ja kiertävän kasvain-DNA:n kerääminen suunnitellaan tähän kohorttiin eri ajankohtina.

Tämän tutkivan kohortin päätavoitteena on karakterisoida ctDNA:n havaitsemisnopeus ennen T-DXd-hoitoa (trastutsumabderukstekaani) ja sen aikana potilailla, joilla on matala HER2-metastaattinen rintasyöpä ja jotka tarvitsevat T-DXd-hoitoa.

Tuumoribiopsia tehdään sisällyttämisen jälkeen ja ennen hoidon aloittamista syklin 1 päivänä 1 vähintään 30 potilaalle. Perustuslaillisen DNA:n kerääminen suunnitellaan tässä kohortissa eri ajankohtina: T1 ja T2 (ennen hoidon aloittamista) ovat kriittisiä arvioitaessa nestemäisten biomarkkerien potilaan sisäistä toistettavuutta. T3 tutkii vastetta hoitoon, kun taas T4 keskittyy resistenssimekanismeihin.

Tämän kohortin tarkoituksena on määrittää kiertävän kasvain-DNA:n havaitsemisen ja seurannan prognostinen vaikutus potilailla, jotka saavat CDK4/6-inhibiittoria adjuvanttirintasyövän hoidossa.

EDTA-putkiin kerätään 50 ml verta konstitutiivista DNA:ta ja plasmaa varten kiertävien biomarkkerien tutkimukseen eri ajankohtina (4 aikapistettä).

Tämän kohortin tarkoituksena on arvioida ctDNA:n havaitsemisen ilmaantuvuus varhaisvaiheen rintasyöpää sairastavilla potilailla seurannan aikana metastaattisen relapsin havaitsemiseksi aikaisemmin oireettomilla potilailla.

ctDNA-analyysi suoritetaan käyttämällä erilaisia ​​tekniikoita, mukaan lukien seuraavan sukupolven sekvensointi (NGS), joko kasvainkudosanalyysin kanssa tai ilman, osana normaalia hoitoa.

40 ml verinäytteitä kerätään neljänä ajankohtana:

• ilmoittautuminen,
• 6 kuukautta (+/- 15 päivää),
• 12 kuukautta (+/- 15 päivää),
• 18 kuukautta (+/- 15 päivää) sisällyttämisen jälkeen.

Tämän kohortin tarkoitus on:

• Luo tietoa kiertävän kasvain-DNA:n tasoista ja luonteesta kemoimmunoterapian aikana.
• Seuraa kiertävän immuunivasteen kehitystä systeemisen kemoimmunoterapian aikana.

Kasvainbiopsia tehdään sisällyttämisen jälkeen ja ennen hoidon aloittamista.

50 ml verinäytteitä kerätään neljänä ajankohtana:

• Käyttöönoton yhteydessä ennen neoadjuvanttihoidon aloittamista
• Neoadjuvanttihoidon syklin 3 (C3J1) alussa
• Leikkaushetkellä (neoadjuvanttihoidon jälkeen)
• Seurannan alussa, eli 3 kuukautta (+/- 1 kk) leikkauksen jälkeen.

Tämän kohortin tarkoitus on:

• Arvioi uusiutumisvapaa eloonjääminen (RFS) R0/R1-leikkauksen jälkeen

• Arvioi Tebentafuspin tehokkuus leikkauksen yhteydessä potilailla, joilla on uveal-melanoomaetäpesäkkeitä.

  3 alaryhmää:

• Alakohortti 1: HLA-A*02:01-positiiviset potilaat, jotka ovat kelvollisia R0-leikkaukseen ja Tebentafuspiin (n=20)
• Alakohortti 2: HLA-A*02:01-negatiiviset potilaat, jotka ovat kelvollisia R0-leikkaukseen ja immuunihoitoon seuraavan uusiutumisen yhteydessä (n=20)
• Alakohortti 3: HLA-A*02:01-positiiviset potilaat, jotka eivät ole kelvollisia R0-leikkaukseen, mutta kelvollisia Tebentafusp-hoitoon (n=20).

Kasvainbiopsia tehdään leikkauksen aikana (alakohortit n:o 1 ja 2) tai sisällyttämisen jälkeen (alakohortti nro 3).

40 ml verta kerätään EDTA-putkiin perus-DNA:ta ja plasmassa kiertävää DNA:ta varten biomarkkerien tutkimukseen 4 ajankohdassa.

Tämän kohortin tarkoitus on:

• Karakterisoida ctDNA:n kinetiikkaa CDK4/6-inhibiittorilla hoidon aikana.
• Tutkia yhteyksiä ctDNA:n ja yleisten seerumin merkkiaineiden välillä.

• Tutkia yhteyksiä ctDNA:n ja aineenvaihduntakuvantamisesta johdettujen merkkiaineiden välillä.

  40–50 ml verta kerätään STRECK-putkiin perustuslaillisen DNA:n ja plasmassa kiertävän DNA:n tutkimiseksi biomarkkereiden osalta eri aikapisteissä.

Tämän kohortin tarkoituksena on korreloida kiertäviä biomarkkereita potilailta peräisin olevien rintasyöpätransplantaattien (PDX) molekyylianalyysin kanssa.

10 ml verta kerätään EDTA-putkiin perustuslaillista DNA:ta varten sisällyttämisen yhteydessä.

Syöpäkudoksenäytteet (PDX:ää varten) otetaan sisällyttämisen yhteydessä PDX:n perustamista varten.